Столкновения «амбарчиков» с немногочисленными финскими истребителями были достаточно редкими, и куда больше, чем от финнов, МБР-2 досталось от своих же собственных истребителей. Упомянутая 41-я омбраэ по этой причине потеряла две машины. Всего с 30 ноября 1939 г. по 25 января 1940 г. ВВС КБФ потеряли 12 гидросамолетов МБР-2, из которых 3 числятся не вернувшимися с боевого задания по неизвестным причинам, а 9 разбились в авариях и катастрофах.
Гидросамолеты 118-го морского ближнеразведывательного авиационного полка Северного флота в «зимней войне» вели разведку коммуникаций до Тана-фьорда и Варангер-фьорда, разведку побережья Баренцева моря, обеспечение переброски войск морем в Петсамо, фотографирование финской территории, а также выполнение специальных заданий штаба флота, налетав в общей сложности 466 часов. Боевых столкновений у МБР-2 в Заполярье с финской авиацией не было из-за отсутствия у противника таковой на севере страны. Однако именно летающие лодки Северного флота понесли наибольшие потери в этой войне, когда зимой 1940 г. в загоревшемся из-за халатности одного из механиков ангаре погибло 14 самолетов МБР-2 (целая эскадрилья!).
Кроме флотских МБР-2 в боевых действиях приняли участие и МП-1 из Северного управления ГВФ, сведенные в Особую петрозаводскую авиагруппу. Причем один мобилизованный «амбарчик» (СССР-/12551) стал финским трофеем.
К началу Великой Отечественной войны в составе ВВС СФ насчитывалось 49 МБР-2 (из них 44 исправных), входивших в состав 118-го отдельного разведывательного авиационного полка (орап) и 49-й отдельной эскадрильи. 118-й орап, бывший основной разведывательной авиационной частью флота, имел 37 (32 исправных) гидросамолетов МБР-2 и семь (5 исправных) гидросамолетов ГСТ, базировавшихся на гидроаэродром в губе Грязная Кольского залива.
С началом войны самолеты полка начали ведение морской разведки в операционной зоне флота, однако очень скоро МБР-2 начали наносить бомбовые удары по наступавшим частям немецкого горнострелкового корпуса «Норвегия». Первый налет 29 июня 1941 г. пятерки гидросамолетов прошел успешно, но вот следующая тройка МБР-2 была перехвачена «мессершмиттами» и сбита. Из трех экипажей в живых остался только один, вынужденно посадивший свой гидросамолет в губе Титовка.
Кроме ведения разведки и нанесения ударов в интересах сухопутных войск, летом 1941 г. летчикам 118-го полка пришлось скрестить свое оружие с таким серьезным противником, как эсминцы немецкой 6-й флотилии, осуществивших несколько набеговых операций на советские прибрежные коммуникации.
13 июля гидросамолеты МБР-2 и ГСТ 118-го полка совершили 29 самолето-вылетов на поиск кораблей 6-й флотилии, потопивших в районе Териберки сторожевой корабль «Пассат» (мобилизованный рыболовный траулер «Валерий Чкалов») и спасательное судно РТ-67. Первыми на поиск противника вылетели 2 МБР-2 118-го орап, которые обнаружили немецкие корабли и сбросили на них несколько ФАБ-100. По докладу летчиков, восемь ФАБ-100 упали с перелетом в 10–20 м впереди головного эсминца Z10 «Hans Lody». Спустя час эсминцы были обнаружены еще одной парой МБР-2 из 2-го звена 2-й эскадрильи 118-го орап. Немцы продолжали отходить курсом на север. Из-за сложных метеоусловий (дождь и туман) удара по вражеским кораблям нанести не удалось. Кроме того, в этот день МБР-2 вылетали в бухту Гавриловскую для спасения экипажей потопленных судов и траулера «РТ-32», также входившего в состав разгромленного конвоя, которому удалось выброситься на берег. Собственные потери составили два «амбарчика».
Следующее столкновение МБР-2 118-го полка с немецкими эсминцами, вышедшими на свою третью набеговую операцию, произошло 22–24 июля. Скрытность противником была потеряна сразу после выхода в рейд, когда немецкие эсминцы были обнаружены в 95 милях к северу от Семи Островов воздушной разведкой Северного флота. Пара МБР-2 из 118-го омдрап атаковала противника, сбросив на него восемь бомб ФАБ-100. Отражая налет, немцы поставили дымовую завесу и начали маневрировать, поэтому атака успеха не имела. Ко всему прочему, воздушным разведчикам не удалось правильно определить элементы движения вражеских кораблей. 24 июля летающие лодки были подняты на поиск немцев, потопивших к тому времени в районе острова Харлов гидрографическое судно «Меридиан». Всего ВВС СФ совершили 28 самолето-вылетов на разведку и нанесение ударов по немецким эсминцам. В результате атаковать противника смогли 16 самолетов (8 МБР-2, 7 СБ, 1 Пе-2). Поскольку удары наносились с больших высот (до 2000 м МБР-2 и до 4000 м бомбардировщиками), то корабли противника понесли лишь незначительные повреждения. Как часто бывает в таких случаях, по возвращении летчики доложили о потоплении одного эсминца. Однако в действительности немцы потерь не имели. Впрочем, действия авиации заставили командира немецкой флотилии отказаться от продолжения похода и вернуться в базу. В свою очередь, с нашей стороны без потерь не обошлось, и в их числе были и «амбарчики». В полном составе погиб экипаж командира звена 2-й эскадрильи 118-го омдрап старшего лейтенанта В.В. Забродина. Еще один МБР-2 из-за аварии мотора, вследствие заводского дефекта, сделал вынужденную посадку в 2–3 милях севернее Териберки. Экипаж спасся на резиновой шлюпке и на следующий день прибыл в часть. Самолет еще через сутки нашли и отбуксировали в губу Грязная.