В 1943 г. начался количественный и, наконец-то, качественный рост авиации флота. Но полярные ночи еще полностью принадлежали «амбарчикам». В ночь с 24 на 25 января 1943 г. в заполярном порту Киркенес прозвучал сигнал воздушной тревоги. Это с очередным «визитом вежливости» немцев посетили МБР-2 из 118-го орап. Всего за одну ночь 12 летающих лодок сделали 22 самолета-вылета на бомбардировку судов в порту, сбросив 40 ФАБ-100 и 200 осколочных АО-2,5.
Прямых попаданий в суда не было, но одна из бомб разорвалась вблизи борта стоявшего на рейде в ожидании разгрузки парохода «Rotenfels» (7854 брт). Этим бы все и закончилось, но от близкого разрыва воспламенилось сено, которое вместе с другими грузами находилось на борту, и огонь начал распространяться по судну. Несмотря на принятые меры, а на «Rotenfels» была срочно переброшена норвежская пожарная команда и двести советских военнопленных, которые должны были выбросить опасный груз в море, пожар продолжал усиливаться. Немцам, скрепя сердце, самим пришлось затопить судно. Хотя его вскоре подняли, было потеряно четыре тысячи тонны грузов, а сам пароход надолго встал в ремонт. Этот успех скромных «амбарчиков» тем более весом, поскольку «Rotenfels» оказался не только самым крупным судном, потопленным ВВС СФ в 1943 г., но и вообще самым крупным успехом советской морской авиации в этом году на всех театрах.
В 1943–1944 гг. накал борьбы на полярных коммуникациях все усиливался. Немецкие подводные лодки от одиночных атак перешли к своей знаменитой тактике «волчьей стаи». Гидросамолеты BV138 стали регулярно появляться в Карском море и вести воздушную разведку вплоть до пролива Вилькицкого. «U-боты» получили на вооружение новейшие акустические и маневрирующие торпеды, по опыту действий в Атлантике усиливалось и зенитное вооружение субмарин. Теперь «волки» Деница вполне могли отбиться от слабовооруженного МБР-2.
Разница в боевых возможностях МБР-2 и его противников была очень велика, поэтому эффективным противолодочным самолетом ни на одном из наших флотов МБР-2 так и не стал. Прежде всего из-за отсутствия радиолокационной станции (что, впрочем, вообще было «больным местом» советского ВМФ в годы войны), которая к 1943–1944 гг. стала непременным атрибутом самолета ПЛО. Тем не менее основную тяжесть противолодочной борьбы в 1943 г. вынесли именно МБР-2. Из 130 боевых вылетов в интересах ПЛО выполненных самолетами БВФ — 73 вылета (более половины!) на счету «амбарчиков».
Учитывая сложившуюся обстановку, МБР-2 в Арктике и Баренцевом море заменялись лендлизовскими «Каталинами», а за «амбарчиками» оставалось Белое море. Там они вели воздушную и ледовую разведку, проводили конвои, продолжали поиск подводных лодок, особенно в районах мысов Святой Нос и Канин Нос. К июню 1944 г. в составе военно-воздушных сил БВФ числилось 33 МБР-2, которые использовались достаточно интенсивно, в 1944 г. они выполнили 905, а в 1945 г. — 259 вылетов на воздушную разведку и поиск подводных лодок в Белом море. Одновременно начался закономерный процесс списания отработавших свое летающих лодок. Но экипажи МБР (имевшие к этому времени достаточный боевой опыт), несмотря на все недостатки своих изрядно устаревших машин, при случае могли доставить неприятные «сюрпризы» немецким подводникам.
Так, 22 октября 1944 г. два МБР-2 из 53-го смешанного полка ВВС Беломорской флотилии вылетели на поиск подводной лодки, 15 часов назад обнаруженной флотской радиоразведкой и после этого «отметившейся» безуспешной попыткой атаки траулера РТ-89. «Немка», а это была U-737, действительно находилась в указанном для поиска районе, и, обнаружив ее в надводном положении, гидросамолеты немедленно атаковали противника. Сначала «амбарчики» сбросили на немцев ПЛАБы (подводники назвали их сверхтяжелыми парашютными бомбами), а затем обстреляли погружающуюся лодку пулеметным огнем. В результате субмарина получила легкие повреждения, три члена экипажа были ранены. Лодка прервала боевой поход и вернулась в норвежский порт Гаммерфест.
Кроме рутинной боевой работы, случалось, на долю МБР-2 выпадали и не совсем обычные операции.
19 октября 1944 года летающая лодка BV-138C-1 из состава 3.(F.)/ SAGr130 (борт. 6J+CL) вылетела на разведку восточной части Баренцева моря. Около четырех часов утра следующего дня наблюдатели с острова Моржовец обнаружили летящий на большой высоте самолет, который выпустил серию цветных ракет и скрылся в западном направлении. Примерно около того же времени радиоразведка Северного флота зафиксировала в этом районе работу неизвестной самолетной радиостанции. В воздух были подняты гидросамолеты МБР-2 из состава 53-го авиационного полка ВВС Беломорской флотилии, которые утром 22 октября обнаружили севшую на воду немецкую летающую лодку в точке, отстоявшей на 27 миль к северу от Моржовца. МБРы установили непрерывное воздушное наблюдение за своими неудачливыми «коллегами» и навели на «блом унд фосс» гидрографическое судно «Мгла». «Гидрограф» прибыл к месту вынужденной посадки в 08.30 23 октября. «Спуск флага» и сдача экипажа немецкого дальнего разведчика в плен прошли достаточно мирно. Ценный трофей решили отбуксировать в базу. Этим занялся эсминец «Жгучий», принявший «приз» в два часа ночи 24 октября. К сожалению, вскоре погода начала портиться, летающая лодка стала заполняться водой и, несмотря на все усилия, в 10.23 того же дня затонула.