А в сентябре 1944 г. МБР-2 пришлось вывозить английский экипаж «Ланкастера», участвовавшего в операции «Параван» (удар по «Тирпицу»). При перелете из Великобритании экипаж флаинг-офицера Кили не дотянул до аэродрома Ягодник под Архангельском и после выработки топлива посадил свой самолет на «брюхо» прямо в болото в районе деревни Та-лаги. Чтобы вытащить англичан из этой глухомани, пришлось сбрасывать на парашюте проводника, который вывел их к ближайшему озеру, где их и ждал МБР.
Свою лепту в победу на Севере внесли и «амбарчики» ГВФ. В первые дни войны в Архангельске была создана Карело-Финская особая авиагруппа ГВФ, в ноябре 1942 г. ставшая 5-м отдельным авиаполком ГВФ в составе ВВС Карельского фронта. Еще один, 4-й полк ГВФ, находился в составе ВВС Ленинградского фронта. В составе обоих полков воевало более 10 гидросамолетов МП-1 и МП-1 бис. Их основной задачей стало поддержание связи с партизанами. Летающие лодки сотни раз вылетали во вражеский тыл и, садясь на многочисленные северные озера, доставляли партизанам боеприпасы, оружие, продовольствие, медикаменты. МП-1, пилотируемый С. Скоренко, был первым самолетом, доставившим 28 июня 1944 г. представителей штаба Карельского фронта в только что освобожденный Петрозаводск.
К лету 1941 г. ВВС КБФ имели 151 МБР-2, входивших в состав 15-го морского разведывательного авиационного полка (мрап) и 15-й, 41-й, 43-й, 44-й, 58-й, 81-й отдельных морских разведывательных эскадрилий (омраэ).
Летающие лодки были основными самолетами-разведчиками ВВС КБФ и практически единственными, оснащенными аэрофотоаппаратами. Однако летно-технические характеристики МБР-2 уже никак не соответствовали требованиям времени. Тем не менее самолет был неплохо освоен в частях, и экипажи имели достаточный, в том числе и боевой, опыт. Например, в 15-м мрап перед войной все экипажи имели опыт полетов в сложных метеоусловиях, а более половины — еще и ночью, что наложило специфический отпечаток на применение МБР-2, не раз делая его «самолетом для плохой погоды».
Балтийский флот с 19 июня 1941 г. находился в оперативной готовности № 2, и МБР-2 вели воздушную разведку районов, прилегающих к нашим территориальным водам. Поэтому именно летающие лодки первыми вступили в начавшуюся войну. 22 июня в 3 ч 30 мин два МБР-2 с экипажами старшего лейтенанта Трунова и лейтенанта Пучкова из 44-й омраэ, базировавшейся в Таллине, обнаружили во время разведки в Финском заливе группу неизвестных кораблей. Снизившись до 600 м, самолеты взяли курс на них, но были встречены огнем. Это был отряд немецких минных заградителей, возвращавшихся в базу после постановки мин.
С первых дней войны летающие лодки были использованы для поддержки сухопутных войск. 22 и 23 июня 1941 г. МБР-2 43-й отдельной эскадрильи, базировавшейся на озере Дурбе в 40 км от Либавы, помимо обеспечения развертывания подводных лодок из Либавы в Балтику и прикрытия минных постановок, совершили более 100 вылетов на поддержку войск оборонявших город. Сил 43-й эскадрильи оказалось явно недостаточно, но это было все, что мог выделить флот. К исходу 23 июня, когда немцам удалось замкнуть кольцо вокруг Либавы и немецкие танки вышли к озеру Дурбе, 43-й эскадрилье пришлось срочно перебазироваться на озеро Киш вблизи Риги. Там летчики 43-й омраэ совместно с экипажами МБР-2 41-й морской отдельной разведывательной эскадрильи продолжали наносить удары по наступающим немецким войскам вплоть до оставления Риги 30 июня. Оперативная обстановка на Ленинградском направлении продолжала ухудшаться, и для того, чтобы задержать немцев, на поддержку сухопутных частей бросили не только разведывательную, но и большую часть бомбардировочной и минно-торпедной авиации Краснознаменного Балтийского флота.
Господство в воздухе принадлежало противнику, поэтому каждый вылет МБР-2 на воздушную разведку днем сопровождался потерями. 1 июля финские Фоккеры D.XXI сбили пару МБР в районе острова Гогланд. 6 июля пара МБР-2 15-й эскадрильи (ведущий — экипаж командира звена лейтенанта Куликова, ведомый — экипаж лейтенанта Бондаренко) при возвращении из разведки на подходе к Ирбенскому проливу была перехвачена четверкой истребителей. Самолет ведущего сбили сразу, и он упал в море. Самолет Бондаренко загорелся от попадания в бензобак. Раненый летчик все же сумел посадить горящий самолет на воду, но в конце пробега МБР-2 взорвался. Летчика и штурмана взрывом выбросило из кабины, стрелок-радист погиб. 8 июля «мессершмитты» сбили над Ирбенами еще пару МБР. Впрочем, иногда доставалось и немцам. 27 июня в воздушном бою с МБР-2 получил ранение пилот Ju-88 из 1./KGr806, а Аг-196 из 2./SAGr.125 4 июля вообще был сбит у Либавы (его экипаж остался невредим). Поскольку применение тихоходных МБР-2 днем без прикрытия истребителей вело к большим потерям, с 20 июля «амбарчики» начали использоваться как ночные бомбардировщики.