Доводка самолета и переделка руля направления продолжались почти месяц. С 17 февраля испытания продолжились. Была сделана одна рулежка с пробежкой и три полета. Но полоса неприятностей на этом не закончилась. При зарядке воздушных баллонов системы запуска двигателя из-за неправильной тарировки редукционного клапана системы произошел их взрыв, разрушивший часть борта самолета под центропланом.
Этот взрыв имел далеко идущие последствия. 26 февраля по распоряжению директора завода № 31 заводские испытания МДР-5 были прекращены, а сама машина законсервирована. После долгих разбирательств, в том числе и по линии «компетентных органов», 13 мая заводские летные испытания разрешено было продолжить, но второй прототип тоже следовало переоборудовать из амфибии в летающую лодку.
До 22 мая были проведены необходимые работы по устранению повреждений и дефектов. Сухопутное шасси было снято, а ниши под колеса заделаны. На самолете была установлена необходимая контрольно-записывающая аппаратура: самописцы углов отклонения руля высоты, руля поворота и элеронов, инклинограф, самописцы наддува, самописец скорости и давления, термобарограф, воздушный термометр и спиртовой уклономер.
22 мая летчик-испытатель Н.П. Котяков провел первые рулежки и пробежки, а 25 мая второй прототип впервые полетел с воды.
Первые же полеты с воды показали, что на разбеге брызговые струи забрызгивают фонарь кабины пилотов и попадают на винты и мотогондолы. 1 июня это привело к тому, что были загнуты концы лопастей, и винты пришлось менять. Поэтому испытания возобновились, только 14 числа. От заливания винтов и фонаря смогли избавиться, только удлинив нос лодки на 568 мм, что и было сделано в период с 9 сентября по 1 октября.
Вообще, следует сказать, что испытания МДР-5 шли, как говорится, «не шатко ни валко». Свою роль тут сыграло то обстоятельство, что как раз в этот период завод был загружен освоением производства гидросамолета ГСТ (лицензионного варианта «модели 28-2»), поэтому цеха выполняли работы, связанные с МДР-5 далеко не в первую очередь. К этому следует добавить, что Котяков параллельно участвовал в испытаниях МБР-7, тоже проходивших не слишком гладко и, наконец, в отчете по испытаниям встречаются, и такие записи: «Полетов не производилось, не было доставлено горючее».
Все это, вместе взятое, привело к тому, что заводские испытания продолжались целый 171 день, закончившись 21 октября. Причем на собственно полеты из них пришлось всего 29 дней, за которые МДР-5 налетал 31 час 58 минут.
В своем заключении Котяков отмечал:
«1. При полете на одном моторе самолет допускает развороты в любую сторону, как в сторону остановленного мотора, так и в сторону работающего мотора, давления на штурвал и педали нормальные.
2. На планировании моторы стынут при закрытых створках юбок капотов, поэтому длительное планирование с полностью убранным газом невозможно.
3. Полеты на всех режимах при центровках от 26,6 % САХ до 33 % САХ самолет допускает перемещение экипажа.
4. Вибрации крыла и хвостового оперения на скоростях от 160 км/ч до максимальной не наблюдалось.
5. В перегрузочном варианте (9150 кг) при выходе на редан попадают брызги на левую часть фонаря летчика, правую часть фонаря не забрызгивает.
6. Техника пилотирования самолетом требует квалификации не ниже средней».
В целом отмечалось, что МДР-5 вполне удовлетворяет заданным тактико-техническим требованиям (см. таблицу).
Вооружение, электро-, радио- и фотооборудование на заводских испытаниях работало нормально. Выявленные на испытаниях конструктивные и производственные дефекты были большей частью устранены. В заключении было отмечено, что «по основным летно-тактическим данным и летно-пилотажным свойствам самолет удовлетворяет тактико-техническим требованиям, поэтому может быть допущен к военным испытаниям».
Впрочем, военные испытания, к тому времени, были уже во многом формальностью, поскольку МДР-6 Четверикова уже прошел в июле 1939 г. государственные испытания, и в августе было принято решение о его строительстве на таганрогском заводе № 31.