На самолете было установлено усовершенствованное пилотажно-навигационное оборудование, фотоаппарат АФА-27 и радиостанция РСРМ. Оборонительное вооружение состояло из двух огневых точек с пулеметами LUKAC. Бомбы общим весом до 400 кг подвешивались на подкрыльевых бомбодержателях. Экипаж состоял из двух человек — летчика и штурмана.
МБР-7 имел меньшие размеры, чем МБР-2, да и чисто внешне выглядел куда изящнее.
Первый прототип был готов и выкачен из цеха завода № 31 24 марта 1939 г. На борту серибристого самолета, в духе эпохи, красовалась надпись красными буквами: «Подарок XVIII съезду ВКП (б)». Летчиком-испытателем новой летающей лодки стал Н.П. Котяков.
Летные испытания первого МБР-7 начались 9 апреля, и сразу же (чего не было с МБР-2) начались проблемы. Первые же пробежки показали, что реактивный момент винта валит машину на левое крыло. Временные меры, такие, как загрузка балласта в правый подкрыльевой поплавок, результата не дали. В результате к поплавкам, имевшим каплевидную форму, были приделаны скуловые накладки, а сами поплавки были опущены вниз с одновременным увеличением угла их установки.
Кроме того, самолет на разбеге имеет тенденцию к развороту вправо, причем на скоростях, близких к взлетным, одним отклонением руля поворота, самолет на прямой не удерживался. Для решения этой проблемы носок воздушного киля был повернут вправо по полету на 40°, а у второго редана лодки был установлен управляемый водяной руль. Серия пробежек, проведенных после этих доработок, показала, что самолет стал глиссировать устойчиво без продольных колебаний.
Казалось, что все позади, и вот 30 апреля Н.П. Котяков наконец поднял МБР-7 в воздух, но, как выяснилось, проблемы и неприятности только начинались. Сразу же после отрыва от воды самолет стал резко кабрировать, и летчику пришлось отдавать ручку управления от себя. Сам отрыв происходил с выбрасыванием самолета из воды. При посадке МБР-7 «барсил», выбрасываясь из воды на 2–3 метра. Стало ясно, что предстоит долгая работа по улучшению взлетно-посадочных характеристик новой летающей лодки.
Помимо гидродинамиков ЦКБ к доводке МБР-7 привлекли и специалистов из второго отдела ЦАГИ. По их рекомендации первый редан был перенесен на 320 мм вперед. Проведенные после этого испытательные полеты показали, что поведение самолета на взлете стало вполне нормальным, однако посадка самолета нисколько не улучшилась. МБР-7 продолжал «барсить» при посадке, независимо от состояния водной поверхности.
Решение возникшей проблемы стали искать в увеличении поперечной килеватости носовой части днища лодки и изменении формы первого редана. Одновременно в гидроканале ЦАГИ на динамически-подобных моделях самолета начали поиск наиболее оптимальных обводов лодки. В этом поиске двигаться пришлось на ощупь, и днище лодки фактически переделывалось (с изменением формы и расположения обоих реданов) несколько раз, увеличивалась поперечная килеватость днища, менялись углы установки стабилизатора. Только с восьмым вариантом обводов при посадке выбросов самолета из воды больше не наблюдалось до окончания заводских испытаний.
Правда, в отчете честно отметили, что «по данным испытаний трудно выделить одно из конструктивных мероприятий, как наиболее эффективное, которое устранило выбрасывание самолета из воды при посадке, пожалуй, правильнее будет считать, что этот дефект самолета устранила вся сумма осуществленных мероприятий».
Вполне естественно, что из-за доводок заводские испытания затянулись до глубокой осени и закончились 16 октября 1939 г. Кроме Н.П. Котякова в испытаниях МБР-7 участвовал летчик-испытатель М.В. Цепилов. Кроме того, летающую лодку облетывали летчики-испытатели ЛИИ авиации РКВМФ С.А. Коровицкий и Д.И. Вовк, а также заводские летчики А.И. Смоловик и В.Д. Созинов. Но всеми признавалось, что полностью «укрощать» машину удавалось только Котякову.
Котяков же давал и летно-пилотажную оценку самолета. В ней он отметил, что:
«а) поперечная устойчивость самолета на всех режимах полета хорошая,
б) при переходе от моторного полета в безмоторный разворот самолета влево вызовет некоторые затруднения в слепом полете,
в) вибрации на всех режимах полета отсутствуют,
г) винтомоторная группа при всех испытаниях самолета работала хорошо и безотказно,
д) техника пилотирования самолетом требует средней квалификации летчика».
В целом же в отчете было осторожно отмечено, что «самолет отвечает тактико-техническим требованиям и может быть допущен к военным испытаниям».