К 22 июня 1941 г. на Черном море в 80-й ораэ находилось 11 ГСТ, на Севере, в 118-м орап, — 7. С началом войны летающие лодки сразу включились в повседневную боевую работу. Они вели разведку, осуществляли дневное и ночное бомбометание, перевозили людей и грузы, выполняли специальные задания.
На Севере ГСТ из 4-й эскадрильи 118-го орап использовались очень интенсивно именно благодаря большому радиусу действия со значительной бомбовой нагрузкой. Североморские летающие лодки летом 1941 г. использовались преимущественно в качестве дневных бомбардировщиков. Поучаствовали они в столкновениях с эскадренными миноносцами немецкой 6-й флотилии, совершивших летом 1941 г. несколько набегов на наши прибрежные коммуникации. Во время одной из таких операций, 24 июля, состоялся довольно необычный воздушный бой. Два ГСТ из 118-го орап, выполнявшие поиск немецких кораблей, были, по докладам летчиков, атакованы истребителем Ме-110 (фактически это был разведчик Ju-88 из 1.(F)/124). В завязавшемся бою ведомый ГСТ (№ 5) из звена управления 4-й эскадрильи получил серьезные повреждения и сел на вынужденную у о. Большой Олений. После посадки через многочисленные пробоины внутрь лодки хлынула вода, поэтому экипаж, сняв пулеметы и приемник радиостанции, на резиновой шлюпке добрался к рыбацкому поселку на берегу и позже был вывезен на ГСТ ведущего. Саму же летающую лодку расстреляли, подошедшие к месту вынужденной посадки немецкие эсминцы. Хотя «юнкере» ушел без видимых повреждений, стычка с ГСТ не прошла для него даром: при возвращении немецкий разведчик разбился на аэродроме Хебуктен.
В целом же за первые военные месяцы была потеряна большая часть ГСТ Северного флота, и на 1 января 1942 г. в строю 118-го орап осталось только две летающие лодки. К декабрю 1942 г. на Севере числился только один ГСТ (и тот небоеготовый), а летом следующего года этих гидросамолетов в ВВС СФ уже не осталось.
Для черноморских ГСТ, входивших в 80-ю отдельную аэ, основной задачей с началом войны стала воздушная разведка дальних морских коммуникаций противника и его военно-морских баз. Основными районами их действий были военно-морские базы и порты Констанца, Сулина, Варна, Бургас, Босфор, а также побережье Турции от Самсуна до Босфора и западная часть Черного моря.
Разведывательные полеты к побережью Румынии сопровождались жестким противодействием со стороны немецких и румынских истребителей и, как следствие, неизбежными потерями. С выходом немецких войск к главной базе черноморского флота — Севастополю важной задачей ГСТ 80-й аэ стали ночные бомбардировки войск противника. Оставшиеся в строю самолеты, а к ноябрю 1941 г. таких насчитывалось всего пять, вошли в состав 3-й Севастопольской авиагруппы, оставшейся для обороны города. Постепенно летающие лодки стали использоваться в основном для перевозки в осажденный город особо важных грузов и эвакуации раненых. В конце апреля три оставшихся ГСТ были перебазированы в Геленджик, откуда они продолжали летать в Севастополь до последних дней его обороны. После перебазирования на Кавказ дальняя морская разведка велась теперь только до меридиана Евпатории, дальше не позволял радиус действия ГСТ.
Из успехов при действиям по кораблям противника в море можно отметить только эпизод 2 апреля 1942 г., когда ГСТ совместно с бомбардировщиками из 63-й авиационной бригады атаковал отряд румынских кораблей при постановке минного заграждения юго-западнее мыса Олинька. В результате чего получили повреждения минный заградитель «Dacia» и миноносец «Sborul». Последний черноморский ГСТ закончил войну в сентября 1944 г., вместе с «Каталинами» высаживая десант в болгарском порту Варна.
ЛЕТАЮЩАЯ ЛОДКА МП-7 (СССР — Н275) ПОЛЯРНОЙ АВИАЦИИ
ГСТ Полярной авиации тоже поучаствовали в боевых действиях. В августе 1941 г. их вооружили по образцу летающих лодок флотской авиации. Несколько машин вошло в состав 2-й отдельной авиагруппы И.П. Мазурука. Кроме своих обычных задач — ледовой разведки и снабжения метеостанций и зимовок — самолеты авиагруппы вели патрулирование Баренцева и Карского морей и активно участвовали в проводке арктических конвоев. В августе 1941 г. именно на двух ГСТ полярной авиации была доставлена на Аляску группа М.М. Громова, отправленная в США для приемки боевых самолетов.
ГСТ Полярной авиации летали и после войны. В 1946 г. там еще эксплуатировалось четыре таких самолета, летавших вместе с полученными по ленд-лизу «Каталинами».