Действительно, командование ВВС РККА (в состав которой входила и морская авиация) без возражений утвердило Акт по Государственным испытаниям опытного самолета МБР-2 и рекомендовало его к принятию на вооружение морской авиации РККА и, соответственно, к запуску ее в серию. Этот вопрос рассматривался на совместном совещании представителей авиационной промышленности и морской авиации, и тут неожиданно будущее самолета вновь оказалось под вопросом. Выступивший на этом совещании А.Н. Туполев высказался категорически против запуска в серию этой, как он выразился, «деревяшки». Вместо МБР-2 Туполев предложил строить серийно свою цельнометаллическую летающую лодку МДР-2. Против его предложения высказались военные, так как, по результатам летных испытаний, гидросамолет Туполева оказался не удовлетворяющим требованиям морской авиации. В результате возникших разногласий вопрос о запуске в производство МБР-2 так и не был решен.
Следует сказать, что в результате принятого курса на всемерную концентрацию всех мощностей авиапромышленности в октябре 1931 г. ЦКБ ВАО в административном отношении подчинили ЦАГИ, после чего новая организация стала называться ЦКБ ЦАГИ. На этом преобразования не закончились, в мае 1932 г. ЦКБ ЦАГИ стало Сектором опытного строительства ЦАГИ. Г.М. Бериев попал в Конструкторский отдел опытного самолетостроения (КОСОС) под прямое начало А.Н. Туполева.
Естественно, что такая позиция Туполева, уже тогда обладавшего немалым влиянием, делала шансы МБР-2 попасть в серию весьма невысокими. Но тут в судьбу самолета, да и Г.М. Бериева снова вмешался Н.М. Харламов, ставший к этому времени начальником ЦАГИ. В состоявшейся на следующий день беседе он предложил Бериеву разработать пассажирский вариант МБР-2, поскольку, если эта машина заинтересует ГВФ, ее гораздо легче и скорее удастся запустить в серию. Не теряя времени, Н.М. Харламов вызвал к себе А.Н. Туполева и дал указание о проработке пассажирского варианта МБР-2. Туполев воспринял это распоряжение спокойно, только сказав Бериеву: «Я тебе выделю на эту работу конструкторов, машина твоя, так ты ею сам и занимайся», — что вполне устраивало Георгия Михайловича.
С выделенной группой конструкторов Г.М. Бериев в первую очередь принялся за полную переработку чертежей и эскизов, по которым строился опытный самолет, для возможной передачи на серийный завод, так как эта документация была в неупорядоченном состоянии. Сам пассажирский гидросамолет имел минимальные отличия от основного варианта морского разведчика. Основные доработки касались внутренней компоновки лодки, где на месте стрелка-радиста были установлены сиденья для пассажиров, а в палубе лодки вместо турели был сделан входной люк. Планировалось, что пассажирский вариант МБР-2 мог бы серийно строиться на заводе № 31 в Таганроге или заводе № 45 в Севастополе.
Но тут в судьбе самолета и самого Г.М. Бериева произошел очередной поворот. Во-первых, 13 января 1933 г. ЦКБ вновь обрело независимость от ЦАГИ и переместилось опять на опытный завод № 39, начальником ЦКБ стал С.В. Ильюшин. Г.М. Бериев стал начальником бригады № 5 (морские самолеты) ЦКБ.
Во-вторых, 14 марта 1933 г. штаб РККА вновь обсудил вопросы, связанные с развитием морской авиации. В принятом решении было записано: «Строительство морской авиации необходимо выдвинуть на первый план, и не за счет заграничных закупок (кроме образцов), а путем постройки заводов и создания новых конструкций гидросамолетов». Однако быстро выяснилось, что на этот момент единственным полностью отечественным гидросамолетом, не требующим покупки лицензии или комплектующих за границей и готовым для быстрого запуска в серию, оказался МБР-2.
В начале августа 1933 г. состоялось еще одно совещание, на этот раз в Кремле под председательством И.В. Сталина, посвященное состоянию морской авиации. Через несколько дней после него начальника ЦКБ С.В. Ильюшина и Г.М. Бериева вызвали в Реввоенсовет СССР и сообщили, что МБР-2 решением правительства принят на вооружение морской авиации. Ильюшин тут же поздравил Бериева с этим знаменательным событием, означавшим, что он официально признан как авиаконструктор.
Главным управлением авиационной промышленности (ГУАП) для серийного производства нового морского разведчика без колебаний был выбран таганрогский завод № 31. Севастопольский 45-й завод, бывший, по сути, большими авиаремонтными мастерскими, для постройки крупной серии не годился.