Для уменьшения длины кабелей от антенны к основным блокам РЛС рабочее место оператора разместили ближе к носовой части лодки.
Бе-6ТР был закончен постройкой зимой 1949/50 гг. и передан на заводские летные испытания, которые проходили в Поти на базе 82-й ОМДРАЭ ВВС ЧФ (Отдельная морская дальняя разведывательная авиационная эскадрилья) и в Таганроге. В состав экипажа входили ведущий летчик-испытатель М.В. Цепилов, летчики-испытатели В.Ф. Соколов и А.А. Кукушкин, бортмеханики Д.Я. Чернецкий и С.И. Кондратенко, бортрадист П.Ф. Кирьянов, стрелок-радист В.П. Голев. Ведущим инженером по испытаниям был И.Г. Козельский.
В своем заключении М.В. Цепилов написал: «…Опытный гидросамолет транспортный и разведчик с двумя моторами ALU-73 по летно-пилотажным качествам доступен для эксплуатации его рядовым морским летчиком.
Гидросамолет по сравнению с другими типами гидросамолетов, например «ГСТ» и «Каталина», имеет преимущества по:
а) простоте управления самолетом, б) мореходности, в) устойчивости, г) безопасности полета на одном моторе, д) простоте взлета и посадки, е) неутомляемости экипажа при длительном полете, ж) вооружению самолета, з) универсальности применения…»
В отчете по результатам испытаний, утвержденном 31 августа 1950 г., был сделан вывод, что самолет удовлетворяет предъявленным требованиям и может быть передан на государственные испытания. Правда, радиолокатор и запросчик госопознования в полном объеме не испытывались, поскольку специалистами такого профиля ОКБ в то время еще не располагало.
Испытания гидросамолета Бе-6ТР уже близились к окончанию, когда военный заказчик в лице командования ВМС СССР счел его оборонительное вооружение недостаточным и 23 июня 1950 г. выдал новые тактико-технические требования (III). Тут следует отметить, что с 1950 по 1953 гг. Военно-морской флот был самостоятельным видом вооруженных сил и не входил в состав Министерства обороны, был организован в рамках Министерства ВМС и возглавлялся военно-морским министром. Собственно, флот входил в состав ВМС как один из видов боевых сил. После смерти И.В. Сталина Министерство ВМС ликвидировали, флот вернули в подчинение МО и переименовали опять в ВМФ. В период самостоятельности технику, в т. ч. и авиационную, заказывало не МО, а именно командование авиации ВМС. НИИ-15, или НИИ авиации ВМС, был аналогом ГК НИИ ВВС и дислоцировался в Риге. Согласно ТТТ и Постановлению СМ СССР № 2476-975 от 10 июня 1950 г. был разработан новый вариант летающей лодки, получивший обозначение в ОКБ Г.М. Бериева Бе-6М.
От предыдущей машины она отличалась усиленным вооружением, состоявшим из новых 23-миллиметровых пушек НР-23 с прицельными станциями ПС-48М. Для защиты с задней полусферы решили использовать хорошо зарекомендовавшую себя на Ил-28 кормовую установку Ил-Кб с двумя пушками НР-23 и прицелом АСП-ЗП. От бортовых огневых установок отказались вообще.
Радиолокационную станцию ПСБН заменили на ПСБН-М, при этом ее антенну для обеспечения кругового обзора перенесли из носовой части в шестой отсек лодки, где она выдвигалась во время полета через люк в днище. На самолете установили трансляционную приставку «Галс», служащую для передачи изображения с индикатора РЛС на береговые и корабельные командные пункты. Кабину радиста перенесли из шестого отсека в третий.
Самолет оборудовали новой фотоустановкой, сняли лодочные бензобаки, добавили два бака в крыле и в целом изменили схему питания горючим. В состав оборудования включили новейшие на то время пилотажно-навигационные приборы, в том числе автопилот АП-5, радиокомпас АРК-5, радиовысотомер РВ-2, радиостанции РСБ-5 и РСИУ, самолетное переговорное устройство СПУ-14.
В связи с внесенными изменениями пришлось значительно переделать корпус лодки, в том числе зашить грузолюк в третьем отсеке, который теперь занимали кабины радиста и оператора.
Заводские испытания Бе-6М, в который после соответствующей переделки превратился Бе-6ТР, проходили с 7 января по 12 февраля 1951 г. неподалеку от г. Поти на озере Палеостоми на базе 82-й ОМДРАЭ ВВС ЧФ. Самолет прибыл туда из Таганрога 4 декабря 1950 г.
Сроки окончания работы были очень жесткие, поскольку военные торопили с запуском самолета в серию и принятием его на вооружение. Испытания проводили специалисты, уже хорошо знакомые с машинами этого типа. Ведущим инженером остался И.Г. Козельский, экипаж в составе летчика-испытателя Г.И. Бурьянова, бортмеханика Д.Я. Чернецкого и С.И. Кондратенко, бортрадиста П.Ф. Кирьянова, стрелка-радиста М.И. Супрунова возглавил ведущий летчик-испытатель М.В. Цепилов. От ВМС в испытаниях принимали участие инженер-полковники P.M. Собченко и М.Н. Мишук.