Всего с 1952 по 1957 г. в Таганроге было выпущено 19 серий Бе-6 общей численностью 123 экземпляра. На протяжении всего периода производства усилия заводчан были направлены на повышение качества выпускаемых машин. Предметом особых забот и своего рода «ахиллесовой пятой» самолета оставалась капризная система уборки антенны РЛС ПСБН-М, которая иногда отказывала. Так случилось и при облете одного из только что построенных Бе-6 на заводе в Таганроге. Инцидент грозил потерей самолета, однако, пока летающая лодка вырабатывала топливо, кружась в стороне от города, оператору РЛС капитану О.М. Терешко, удалось, разобрав механизм уборки, найти и устранить дефект. Полет завершился благополучно.
К совершенствованию Бе-6 в ОКБ-49 приступили сразу же после запуска машины в серию. Для того чтобы расширить возможности применения в зимнее время, в 1953 г. прорабатывалась возможность установки на серийные самолеты навесного амфибийного шасси.
Планировалось создать такую конструкцию, которая путем небольшой доработки серийных машин позволила бы значительно расширить возможности базирования самолетов Бе-6. Однако навесное шасси получилось громоздким и значительно ухудшало летно-технические данные самолета, поэтому от реальной разработки этого варианта достаточно быстро отказались.
Первой серьезной модификацией базового самолета стал поисково-спасательный вариант Бе-6, получивший обозначение Бе-6СС (спасательной службы). Работы над ним начались согласно ТЗ Авиации ВМФ и Постановлению СМ СССР № 1952–1047 от 26.11.1955 г. «О мерах по обеспечению спасения экипажей и пассажиров самолетов, терпящих бедствие в результате вынужденной посадки или аварии при полете над морем и в труднодоступной местности». До этого в советской морской авиации специализированных самолетов-спасателей не было, в этом качестве обычно использовались строевые МБР-2 и КОР-2.
В Бе-6СС был переделан серийный Бе-6 № 4601201. Модернизация производилась на опытном заводе ОКБ путем снятия носовой и палубной пушечных установок, рабочего места палубного стрелка, фотооборудования, койки на правом борту и сидений десанта на левом борту лодки в отсеке между шпангоутами № 19 и № 23.
Взамен снятого оборудования были установлены специальные радиотехнические средства поиска и обнаружения — приемное устройство «Штырь-А-4» (принимало сигналы аварийных радиостанций «Камелия») и приставка к радиокомпасу АРК-5У «Приток», средства подбора и приема на борт пострадавших и оказания им первой помощи.
Всего гидросамолет мог принять 15 человек, из которых 12 размещались на сидячих местах и трое — на подвесных койках. В состав экипажа вошел фельдшер, для которого установили сиденье, рабочий стол и специальный шкаф с набором необходимых инструментов и медикаментов.
Испытания спасателя проводились с 11 июня по 18 июля 1958 г. на базе 977-го ОДРАП ВВС ЧФ в г. Поти.
В целом военные оценили результаты испытаний положительно, так как летные характеристики самолета и техника пилотирования практически не изменились (см. таблицу), и рекомендовали Бе-6 в поисково-спасательном варианте к принятию на вооружение после устранения выявленных дефектов и недостатков.
Претензии заказчика относились в основном к составу, размещению и работоспособности поисково-спасательного и медицинского оборудования, Устранение этих замечаний затянулось, и в серию самолет не пошел, тем более что уже 22 декабря 1960 г. командование морской авиации утвердило новые тактико-технические требования к поисково-спасательному самолету. После этого работы по спасателю в ОКБ продолжались, но уже не столь быстрыми темпами. Полученный при переоборудовании Бе-6 в Бе-6СС опыт удачно пригодился при создании Бе-14 и Бе-12ПС.
Единственной же модификацией, дошедшей до серийного производства, стал созданный в 1954–1955 гг. специализированный противолодочный Бе-6ПЛО. На нем для обнаружения подводных лодок в подводном положении разместили первую отечественную систему радиогидроакустических буев (РГБ) «Баку», включавшую в себя самолетное приемное автоматическое радиоустройство СПАРУ-55 «Памир» и комплект из 18 ненаправленных пассивных буев РГБ-Н «Ива».
Первым подвергся переоборудованию самолет с серийным номером № 4601601.
Внешне Бе-6ПЛО отличались от базового варианта отсутствием кормовой огневой установки Ил-К6-53Бе, на месте которой стоял магниточувствительный блок авиационного магнитометра АМП-56 «Чита».