Получив телеграмму, Халлек тут же отозвал военные части Гранта и, что поразительно, на самом деле посадил его под арест. После содеянного он уселся в своем кресле и уже с особым удовлетворением продолжил чесать свои локти. В итоге спустя год после начала войны единственный генерал, добывший для Севера хоть какую-то значимую победу, сидел под стражей публично опозоренным.
К счастью, позже Грант был восстановлен в должности, но сразу же после этого потерпел сокрушительное поражение у Силома. И если бы во время той битвы командующий конфедератов генерал Джонстон не был смертельно ранен, то наверняка вся армия Гранта была бы захвачена противником. В свое время битва при Силоме стала величайшей на континенте, и потери Гранта были просто ужасающими — тридцать тысяч убитых. Он действовал глупо, и его застали врасплох. Критика в этом случае была заслуженной, и она не заставила себя ждать: были даже несправедливые обвинения, что во время битвы Грант был пьян, и миллионы поверили в это. Волна общественного недовольства охватила всю страну, и люди стали требовать его отставки, но Линкольн не разделял эти настроения: «Я не могу пренебречь этим человеком, он умеет бороться». А когда ему сказали, что Грант пьет очень много виски, в ответ президент спросил: «Какой именно марки? Я хочу послать пару бочек такого же и другим моим генералам».
В январе Грант возглавил поход на Виксберг. Военная кампания против этой естественной крепости, возвышающейся на холме в двести футов над Миссисипи, обещала быть долгой и мучительной. Форт был отлично укреплен, и поставленные у реки пушки были не в состоянии нанести ему хоть какой-то вред. Для атаки Гранту было необходимо поставить свою армию как можно ближе. Сначала он вернулся обратно, к истокам реки, и попытался приблизиться к форту с востока, но этот план провалился. Затем вычистил заросшую реку и, загрузив солдат на лодки, попытался проплыть через болота, чтобы приблизиться с севера, и снова неудача. Потом выкопал огромный канал, чтобы сменить русло реки, но с этим тоже ничего не получилось. На носу была весна, дожди почти не прекращались, и река затопила всю долину. Солдаты Гранта таскались по многокилометровым болотам, заросшим лесам и затопленным берегам рекипо пояс в грязи. Они были вынужден есть и спать в этой же среде. И вскоре вспыхнули эпидемии малярии, оспы и кори. О санитарии и речи быть не могло: количество смертей было ужасающим. Повсюду стали говорить об окончательном провале виксбергской кампании: трагический поход, который был последствием преступной глупости. Так считали даже собственные генералы Гранта — Шерман, Макферсон, Логан и Уилсон, смирившись с тем, что все они кончат тут бесславно. Критика в прессе была особенно жестокой, и народ снова стал требовать немедленной отставки Гранта. Но, несмотря на всю эту оппозицию, Линкольн был непоколебим: «Едва ли у Гранта остался хоть один друг, кроме меня», — говорил он. И за свою веру президент был щедро вознагражден: 4 июля, в тот самый день, когда нерешительный Мид позволил Ли спастись у Геттисберга, Грант вступил в Виксберг. Причем сделал это сидя верхом на лошади, захваченной с плантаций Джефферсона Дэвиса. Это была величайшая победа, которую одержал американский генерал со времен Вашингтона.
После долгих месяцев отчаянных неудач ему все же удалось захватить Виксберг с сорока тысячами пленных, тем самым расколов Юг и подарив Северу весь Миссисипи. По всей стране новость была встречена с огромным энтузиазмом. Конгресс издал специальный указ, позволяющий Гранту стать генерал-лейтенантом: после Вашингтона еще никто не был удостоен такой чести. А Линкольн позвал Гранта в Белый дом и, выступив с короткой речью, назначил его командующим всех союзных армий.