Сперва на лодку было спущено тело Бута в деревянном ящике из-под пушечных ядер, затем — огромный железный шар с тяжелыми цепями. Наконец туда спустились и сами военные и, оттолкнувшись от судна, поплыли вниз по течению.
Наблюдавшая с берега толпа любопытствующих сделала именно то, что и ожидали сотрудники секретной службы: толкаясь между собой, они двинулись вдоль берега с громкими криками, упорно пытаясь выследить место, где будет утоплено тело убийцы. На протяжении первых двух милей они шли рядом с лодкой, но после заката тучи закрыли небо, и река погрузилась в глубокую темноту, где даже самый острый глаз не смог бы заметить уплывающую лодку посреди течения.
Дойдя до Гисборо, одного из самых безлюдных мест вдоль Потомака, полковник Бейкер окончательно убедился, что им удалось уйти от посторонних глаз, и спрятал лодку у огромного болота, которое брало свое начало с тех мест. Это была большая зловонная территория, покрытая зарослями и лесами, где военные хоронили своих павших лошадей и сдохших ослов. В этом мрачном местечке детективы выждали несколько часов: прислушиваясь к каждому звуку, они пытались понять, нет ли кого-то поблизости. Но единственным шумом было кваканье лягушек и журчанье воды сквозь камыши.
К полуночи детективы начали обратный путь вверх по течению. В мертвой тишине они боялись даже шептаться, настораживаясь от скрипа весел и биения волн. Спустя несколько часов они были у стен старой тюрьмы. Вблизи берегов реки специально для них был прорублен вход сквозь толстую кирпичную стену. Прошептав секретный пароль встречавшему их офицеру, двое прибывших пронесли внутрь белый деревянный гроб с надписью «Джон Уилкс Бут» на крышке, которая всего через полчаса была захоронена в небольшой яме на юго-западном углу огромного хранилища правительственного арсенала, заполненного боеприпасами. После захоронения поверхность ямы была тщательно обработана, чтобы выглядела так, как и другие части грязного пола.
Уже к рассвету огромное количество заинтересованных лиц с якорями в руках слонялись вдоль Потомака, разгребая и выкапывая скелеты погибших животных с болот вблизи Гисборо. У миллионов людей по всей стране был лишь один вопрос: что сделали с телом Бута, ответ на который знали только восемь человек — восемь преданных людей, поклявшиеся никогда не раскрывать эту тайну. И на фоне всей этой мистики начали появляться нелепые слухи, которые газеты тут же разносили по всей стране: «Вашингтон адвертайзер» написал, что голова и сердце Бута были замурованы в музее военной медицины в Вашингтоне, другие газеты объявили, что тело было утоплено в море, а третьи и вовсе уверяли, что тело сожжено. В одном из известных еженедельников была даже опубликована статья очевидца, который якобы видел, как в полночь тело спустили на дно Потомака.
Посреди всей этой суматохи появились новые, еще более шокирующие слухи: солдаты ошиблись, застрелив другого человека, а Бут спасся бегством. И скорее всего причиной этому было то, что мертвый Бут вообще не был похож на Бута живого. Среди людей, которых Стэнтон послал на борт «Монтаука» для опознания тела, был доктор Джон Фредерик Мей — известный вашингтонский врач. И вот что он написал о том самом опознании:
«Когда покрывающий тело брезент был убран, к моему огромному удивлению, я увидел там человека, очертания которого не имели ничего общего с тем, кого я знал при жизни. Я был настолько уверен в этом, что сразу же сказал генералу Барнсу: „Этот труп не имеет никаких сходств с Бутом, и я не могу поверить, что это он“. Затем, по моей просьбе, мертвеца посадили и после долгого осмотра я в конце концов приблизительно опознал в нем Бута. Еще никогда в моей практике мне не доводилось видеть такие изменения во внешности человека после его смерти: желтая и бледная кожа, грязные и неухоженные волосы и вид, полностью выражающий голод и мучения, которым он подвергался».