Заводские испытания МиГ-9М, завершившиеся 26 апреля 1948 года прошли удовлетворительно, но государственные (ведущий летчик-испытатель В.Г. Иванов) он не выдержал. Причин было несколько. Среди них – низкое качество гермокабины, самопроизвольное выключение двигателей при залповой стрельбе из всех орудий, установка которых была недостаточно отработана, с большим трудом открывался фонарь кабины летчика, а замок выпущенного положения основных опор шасси не обеспечивал их надежную фиксацию, да и сама концепция самолета морально устарела. Правда, работа над двигателями РД-21 не пропала даром, поскольку они устанавливались на некоторых серийных машинах «ФС».
Был построен, но не испытывался самолет И-305 «ФЛ» с двигателем ТР-1А Архипа Люльки. Установка этого ТРД позволяла облегчить самолет до 4500 кг, что заметно улучшило бы его маневренность в горизонтальной и вертикальной плоскостях, снизило бы посадочную скорость на 15 км/ч. Не увидел свет и самолет «ФН» с двигателем РД-45.
И-308 («ФР») с двигателями РД-21 так и остался в опытном экземпляре
В 1949 году ОКБ-155 предписывалось доработать механизацию крыла истребителя (увеличить угол отклонения закрылков) чтобы облегчить заход на посадку и сократить разбег на 200 метров.
Согласно приказу МАП от 14 августа 1948 года Микояну надлежало разработать и к 1 июля 1949 года построить на заводе № 155 летающую лабораторию СДК-9А, предназначенную для испытаний системы наведения фронтовой крылатой ракеты ФКР-1, созданной на базе авиационной «Комета». Одновременно ОКБ-155 предписывалось разработать к 1 декабря эскизный проект самолета-снаряда «Комета» и проработать вопрос об использовании в качестве авиаматки самолетов Ту-2, Ту-14 и Ту-4.
С МиГ-9 сняли вооружения, в районе «редана» расположили кабину экспериментатора, расположив его спиной по полету, а в носовой части и на киле – антенны аппаратуры наведения ракеты на цель. Полеты летающей лаборатории, оснащенной автопилотом АП-24, начались в июне 1949 года и продолжались около четырех лет.
В 1946 году, одновременно с постройкой опытной машины, на заводе № 1 развернулась подготовка к его массовому производству. Серийные машины, получившие в ОКБ обозначение «ФС» (И-301), укомплектованные двигателями РД-20А2 с ресурсом 50 часов, внешне практически не отличались от опытных, разве что небольшими форкилями.
За годы серийной постройки было выпущено 610 машин. Из них 10 – в 1946-м и 292 – в 1947 г.
В соответствии с письмом главного инженера ВВС Маркова от 25 декабря 1947 года заместитель министра авиапрома П. Дементьева в январе следующего года дал указание о производстве МиГ-9, начиная с машины № 450, по образцу самолета 17-й серии выпуска 1947 года с тормозными щитками по типу УТИ МиГ-9. В том же году планировалось устанавливать, начиная с самолета № 380, на стволы пушек приспособления для отвода пороховых газов, на самолетах с № 400 – бронестекол, комбинированные указатели скорости, указатель числа М и индикаторы топлива в баках, а с № 450 —воздушные тормоза.
В 1948 году завод № 1 стал осваивать производство МиГ-15. В связи с этим выпуск МиГ-9 ограничили. В 1948 году планировалось построить 250 боевых машин и 50 УТИМиГ-9 по образцу прошедшему государственные испытания. Однако этому не суждено было сбыться. В 1948 году серийный завод построил 302 МиГ-9, но в боевом исполнении.
Самолет «ФК» – летающая лаборатория для отработки системы наведения крылатой ракеты «КС» («Комета»)
Как уже говорилось, освоение МиГ-9 в ВВС началось летом 1947 года и уже на этом этапе на новых самолетах дали знать о себе конструктивно-производственные дефекты. Так, при подготовке к воздушному параду в Тушино 3 августа на нескольких машинах сорвало в полете щитки, прикрывавшие купола колес основных опор шасси. Щитки усилили, но как оказалось недостаточно, поскольку про подготовке к параду 7 Ноября 1947 года на самолетах Курсов усовершенствования младших авиационных специалистов, передислоцированных с аэродрома Сейма в подмосковное Раменское (аэродром ЛИИ), щитки продолжали отваливаться на скорости 760–780 км/ч. К тому же военные испытатели посчитали, что запас прочности самолета недостаточен.
На самолетах до 14-й серии пришлось усиливать обшивку крыла в районе хвостика нервюры № 11. Имели место случаи разрушения лопаток турбин двигателя. Все это негативно сказывалось на боеготовности частей и отношения к самолетам летного состава.