Тем не менее в январе 1948 года истребитель приняли на вооружение под обозначением МиГ-9. Выпуск МиГ-9 на заводе № 1 осуществлялся большими сериями, но качество самолета оставляло желать лучшего и первоначальные хвалебные высказывания в адрес машины сменились на противоположные. В правительство, Министерство авиационной промышленности, ОКБ посыпались всевозможные жалобы. Сообщалось о необходимости повышения запаса прочности планера, о срыве в воздухе щитков шасси, о повреждениях планера звеньями патронной ленты при стрельбе из пушек, частом выходе из строя стартеров двигателей, представлявших собой двухтактный поршневой двигатель, называвшийся немцами «риделем».
Венцом этой почты стала докладная записка главкома ВВС маршала К.В. Вершинина. В ней, в частности отмечалось, в некоторых частях не было ни одного самолета в летном состоянии. На докладную быстро отреагировал министр государственного контроля Л.З. Мехлис, подготовивший доклад «О поставке Министерством авиационной промышленности недоброкачественных самолетов». В докладе указывалось на плохие взлетно-посадочные свойства МиГ-9, на недоведенность оружия и отсутствие катапультных кресел, быстрый износ покрышек колес, течь топливных баков и деформацию планера, отсутствие бронестекол и низкий ресурс двигателя.
Вокруг МиГ-9 стали сгущаться тучи. Парадоксальная ситуация: ОКБ-155, разработавшее самый мощный в СССР реактивный истребитель, вложившее в него самые прогрессивные технические решения (правда, в пределах освоенных в стране технологических процессов), стало обвиняться в создании недоброкачественных самолетов, и кем – заказчиком, принявшим машину на вооружение. В ответ на развернувшуюся кампанию недоверия к самолету Министерство авиационной промышленности СССР в начале 1948 года подготовило своего рода протест, направленный министру иностранных дел М.В. Молотову, министру вооруженных сил Н.А. Булганину и заместителю председателя Совмина СССР М.З. Сабурову, в котором, в частности, говорилось: «МиГ-9 был запущен в серийное производство в сентябре 1948 г. по образцу опытного самолета, переданного на государственные испытания.
М. И. Гуревич, А. И. Микоян, Д. Н. Кургузов, А. Г. Брунов и Н. З. Матюк. Снимок сделан в конце 1940-х
Выпуск первых серий МиГ-9 производился в особых условиях экстренно для обеспечения воздушных парадов 7 ноября 1946 г. и 1 мая 1947 г. К концу 1946 г. промышленность выпустила лишь 10 боеготовых МиГ-9.
Для скорейшего освоения в серийном производстве запуск был произведен, не ожидая окончания государственных испытаний. Предполагалось, что доводка самолета и двигателя будет осуществляться в процессе производства, на основании опыта эксплуатации».
По существу конструктивных недоработок и производственных дефектов, указанных в письме Л. Мехлиса, П. Дементьев сообщал: «Доводка оружия, обеспечивающая стрельбу из пушек на высотах более 7000 метров, потребовала от главного конструктора дополнительных исследований и конструктивных доработок, что задержало передачу самолета на государственные испытания на 40 дней против установленного правительством срока.
Первые 48 МиГ-9 построены к первомайскому параду 1947 г., согласно решению правительства № 2698–1114 от 16 декабря 1946 г. по образцу самолета № 11 без оружия. Эти самолеты будут вооружены пушками НС-23К до 1 июня 1948 г. Установка пушек Н-37 на них невозможна.
Постановлением Совета Министров № 1626-434 от 20 мая 1947 г. было разрешено сдать ВВС 100 самолетов МиГ-9 без пушек Н-37 с последующей установкой их в частях в III-м и IV-м кварталах 1947 года, в связи с тем, что Министерство вооружений не организовало производство этих пушек. Фактически Министерством авиационной промышленности сдано без пушек 46 самолетов. Таким образом, все самолеты с июля 1947 г. выпускаются с пушками НС-23К, а с сентября и с пушками Н-37.
В соответствии с постановлением Совета Министров № 2733 от 2 августа 1947 года, начиная с 1 сентября, все самолеты выпускаются с фонарем, обеспечивающим установку бронестекла толщиной 65 мм.
Ресурс двигателя РД-20 увеличен с 25 до 75 часов, что подтверждено государственными испытаниями.
На 2 февраля 1948 г. 97 самолетов МиГ-9, находившиеся в частях ВВС, не были полностью укомплектованы пушками, т. е. оставались небоеспособными».
Чтобы как-то исправить положение и изменить отношение ВВС к самолетам, МАП направил в части бригады рабочих и отдельных «гонцов». Одним из них был инженер завода № 1 Зеленухин, сообщавший 19 февраля 1948 года начальнику 10-го главного управления МАП Ярунину, что «самолеты одной из частей 15-й Воздушной армии не эксплуатировались из-за непогоды. В настоящее время эта часть имеет 6 летных самолетов.