Николай Петрович отвез Лидию и Николая в Ливны и устроил их на частной квартире, хотя в городе проживали родственники, в том числе дядя по материнской линии священник Введенской церкви Петр Сергеевич Аракин (он женился против воли родителей на простой крестьянке Валентине Васильевне Покровской, за что был лишен наследства).
Началась нелегкая школа самостоятельной жизни.
В духовное училище поступали дети с разной степенью подготовки, поэтому для того, чтобы «подтянуть» их до требуемого уровня, был устроен приготовительный класс. В первый же класс принимали после экзамена в основном учащихся учебных заведений. Дети священнослужителей обучались бесплатно.
Ливенское духовное училище входило в число 184 духовных училищ ведомства православного вероисповедания Синода, разбросанных по всей территории необъятной Российской империи. Они предназначались для подготовки нижнего клира, а также контингента поступающих в духовные семинарии. Современники неоднозначно оценивали роль духовных учебных заведений. Писатель Н. Г. Помяловский в «Очерках бурсы» описывал царившую там удушающую атмосферу тупой муштры, педагогики, основанной на насилии над личностью. Но в целом порядки в духовных учебных заведениях являлись отражением глубокого кризиса православной церкви и государства.
В Ливенском духовном училище сложился небольшой, но сильный педагогический коллектив. Его возглавлял кандидат богословия священник Петр Косьмич Виноградов, помощником (заместителем) заведующего был коллежский советник Иван Александрович Богданов. Русский и церковно-славянский языки преподавал В. Л. Поздев; латинский язык, чистописание и черчение — П. И. Анфимов; греческий язык, русскую церковную и гражданскую историю — В. А. Павловский; природоведение, географию, арифметику — П. А. Булгаков.
Николай учился упорно, старательно. В 1903 г. он был переведен в первый класс без экзамена с наградой. И в дальнейшем он учился так же хорошо, заканчивая каждый учебный год в числе первых по списку.
Обратимся снова к воспоминаниям Лидии Николаевны Поликарповой: «Коля вместе со мной жил на частной квартире. После занятий в училище мальчики обедали, играли, а затем с половины четвертого начинался «порядок» — готовили уроки. Коля обязательно шел на «порядок», готовил уроки сам и занимался со слабыми учениками, но только не с ленивыми. В семь часов утра перед занятиями опять был «порядок», когда повторяли уроки. Коля свои уроки не повторял, у него была прекрасная память, но проверял знания других. Колю очень любил инспектор И. А. Богданов, часто приглашал к себе в гости».
Близкие, доверительные отношения сложились у Николая с помощником смотрителя училища Иваном Александровичем Богдановым. Богданов, человек широких, прогрессивных взглядов, в 1891 г. окончил Московскую духовную академию со степенью кандидата богословия. Будучи сам сыном священника (его отец был епископом Тамбовским), он хорошо понимал, чего стоит сломать рамки сословных ограничений, найти свое место в жизни. В учебный дневник Николая в марте 1903 г. «в знак расположения, обусловленного хорошим поведением и успехами моего питомца, с пожеланием преуспевать в науках и укрепиться в добром поведении в будущее время» Богданов записал слова В. Г. Белинского: «Условные вехи, столбы и станции на бесконечной дороге жизни — в сущности, ничего не значат…, для каждого лично всего лучше измерять свое время объемом своей деятельности или хоть своих удач и своего счастья. Ничего не сделать, ничего не достигнуть, ничего не добиться, ничего не получить в продолжение целого года — значит потерять год, значит не жить в продолжение целого года. А сколько таких годов теряется у людей! Не делать — не жить, для мертвого это небольшая беда, но не жить живому — ужасно! И между тем так много людей живет, не живя». Николай Николаевич следовал этому завету всю свою жизнь.
Каникулы Николай проводил дома, в Георгиевском, помогал отцу по хозяйству. В свободное время зимой бегал на лыжах, катался на коньках, помогал устраивать елку для учеников сельской школы, а летом удил рыбу, играл в лапту. Как всегда, много читал, упражнялся с гирями.
Вихрем пронеслась по России революция 1905–1907 гг. Не прошла она и мимо Орловской епархии, где состоялась — неслыханное дело! — забастовка церковных старост.