Однако Ельцин был недоволен работой ФСБ и уже давно искал замену возглавлявшему эту службу Н.Д.Ко-валеву. По словам Путина, он знал, что данная тема обсуждается, что ищут варианты, рассматривают кандидатов. Но с ним об этом никто никогда не говорил, его согласия никто не спрашивал. Просто однажды Юмашев попросил его встретить в аэропорту Кириенко, который в то время был премьер-министром страны и возвращался после встречи с Ельциным. И Кириенко, выходя из самолета, неожиданно для Путина, поздравил его с новой должностью. Приказ был уже подписан президентом.
Так в 1998 году Владимир Владимирович снова на какое-то время вернулся в органы, уже на пост их руководителя — директора ФСБ, а позднее — одновременно еще и секретаря Совета Безопасности.
Как рассказывал потом сам Путин, предложение его совсем не обрадовало. Не было желания второй раз входить в одну и ту же воду. Да и работа в спецслужбах — очень тяжелый крест. Он это уже хорошо знал. «…Я так интересно и разнообразно жил после увольнения из КГБ. И вот вхожу в кабинет директора ФСБ, меня встречает Николай Ковалев, мой предшественник в этой должности. Открывает сейф и говорит: «Здесь у меня — секретная тетрадь. Здесь — патроны». А я с тоской смотрю на все это…»
Как вспоминала потом Людмила Путина, «по поводу… ФСБ, я помню, мы говорили месяца за три до назначения, и он сказал, что ни в коем случае не согласится. Мы гуляли в Архангельском и говорили о его работе, и он тогда сказал, что вот куда бы ему точно не хотелось, так это в ФСБ. Я понимала почему. Это опять возвращение к закрытой жизни. Когда Володя работал в КГБ, это была вообще очень закрытая жизнь. Туда не ходи, это не скажи, с этим общайся, а с тем — нельзя. И потом, ему так нелегко далось решение уйти из КГБ, он уходил как бы навсегда.
Я была в отпуске на Балтийском море, когда он позвонил и сказал: «Ты там повнимательнее, потому что меня вернули туда, где я начинал». Я решила, что его вернули снова заместителем Бородина, понизили то есть. Никак не могла расшифровать его слова. Подумала, что пока отдыхала, в стране что-то произошло, как-то изменилась ситуация. А он повторил: «Меня вернули туда, где я начинал». Когда он сказал это в третий раз, до меня дошло. Вернувшись из отпуска, я спросила его, как же это произошло. Он ответил: «Назначили, и все». Вопросов у меня больше не было.
Когда Володя пришел в ФСБ, ему предложили стать генералом. Он остался на гражданской службе. Ведь не полковник командует генералами, а человек, который на это способен…»
Приняли бывшего сослуживца в спецслужбе настороженно. Оно и понятно — во-первых, в свое время из органов он ушел, то есть вроде бы изменил им, во-вторых, был не в больших чинах, не в тех, которые положено иметь руководителю службы. То, что сумел сделать «на гражданке» завидную карьеру, делающую честь любому генералу, в расчет не принималось. И то, что Путин пришел работать в ФСБ не как полковник, а как гражданское лицо, с должности первого заместителя главы администрации президента, тоже в заслугу ему не поставили. Напротив, когда полковник запаса Путин сменил генерала армии Николая Ковалева на его посту, многие офицеры госбезопасности подали рапорты об отставке. Однако он никого не удерживал. Как сообщают некоторые источники, «приход Путина был ознаменован сокращением центрального аппарата ФСБ с 6000 до 4000 человек, созданием на Лубянке новых структур: управления по работе с регионами, управления по защите Конституции и управления по компьютерной безопасности, а также переводом на руководящие должности в ФСБ бывших сослуживцев Путина по Санкт-Петербургу.
Сокращение аппарата ФСБ осуществлялось одним из самых радикальных способов — увольнялись все, кто по выслуге лет имел право на получение пенсии. Дело в том, что многие офицеры имели льготное исчисление лет (год за два и т. п.); получилось, что были уволены наиболее опытные специалисты, имеющие реальный опыт работы в боевых условиях» («Профиль», 1999, № 12).