Экипажи Панкратьева и Башко вылетали в хорошую погоду по очереди, а иногда и вместе, прикрывая друг друга от атак истребителей. Кроме бомбардировок отряд выполнял не менее важные задания. За несколько боевых вылетов были аккуратно «по ниточке» засняты на фотопленку все три линии неприятельских укреплений. Получилась великолепная, полная, подробная и точная карта. Для командования армии неоценимый подарок. Размноженные схемы были разосланы по участкам фронта, где успешно использовались при подготовке наступления и во время самого прорыва.
В мае 1916 г. началось брусиловское наступление русских армий. К этому времени в соответствии с приказом Главкома ЭВК была увеличена до 20 кораблей. В марте в состав 2-го отряда вошел экипаж ВК-X Констенчика. Вслед за ним в течение года постепенно вступали в строй экипажи «второй очереди» (от ВК-XI до ВК-XX). Многие из них уже очень скоро стали опытными бойцами. С конца лета 1916 г. стали формироваться уже и экипажи третьего десятка (от ВК-XXI до ВК-XXX). Стремительно росла мощь российской стратегической авиации.
К началу наступления 1-й отряд действовал в интересах Юго-Западного фронта, 2-й — Северо-Западного, Западный же фронт оставался без поддержки «Муромцев». В связи с этим Верховное Главнокомандование решило образовать 3-й боевой отряд. Командиром его назначили Башко. Сдав свой «Муромец» Соловьеву, Башко отправился в Псков формировать новый отряд. Теперь в 1-м отряде кроме командирского ВК-II значился ВК-XIII Соловьева. Этот экипаж встал на уровень лучших в Эскадре. Вскоре в боевые действия отряда включились экипажи ВК-XI и ВК-XV. С июля 1916 г. 1-й отряд перебазировался в Микулинцы, а потом в Ягельницы, где и оставался до распада фронта в 1917 г.
В состав 3-го боевого отряда кроме командирского «Киевского» вошли новые экипажи ВК-XII, ВК-XVI и ВК-XVII. В июне 1916 г. все они перебазировались на аэродром Станьково в 45 км южнее Минска. В этом же месяце отряд и начал боевую работу. Воздушные корабли летали на бомбежку и разведку, успешно отражали атаки истребителей, был открыт счет сбитым вражеским самолетам. 12 сентября 1916 г. немецким истребителям удалось сбить первый «Муромец». Им стал ВК-XVI Макшеева. Экипаж погиб. Произошла трагедия из-за неправильной организации командованием армейской авиации тактики применения смешных бомбардировочных групп. Это был первый и последний «Муромец», погибший в бою. Шидловский и Сикорский сделали правильные выводы, и трагедия больше не повторилась. Так закладывались основы группового использования тяжелых бомбардировщиков.
В Зегевольде продолжал действовать 2-й отряд под командованием Ларова. Немцы, опасаясь дневных бомбардировок, начали по ночам скрытно осуществлять переброску войск. Тогда и решил командир Зегевольдского отряда попробовать делать боевые вылеты ночью. По его указанию были изготовлены специальные санки, на которых разводились яркие костры-светильники. «Муромец» тоже был дорабатан. В частности, сделан подсвет приборов, самолет снабжался осветительными ракетами. 8 февраля состоялся первый ночной вылет «Муромца» на бомбардировку. Штурман Шокальский точно вывел машину на Митаву. Бомбы полетели на эшелоны с артиллерией и войсками.
С марта 1916 г. в боевых действиях 2-го боевого отряда стали принимать участие ВК-IV Шарова и ВК-X Констенчика. В апреле в отряд прибыл новый ВК-VI Головина и ВК-VIII под командованием сотника Лобова.
Эскадра взаимодействовала не только с наземными войсками. В августе 1916 г. Лавров получил телеграмму от командира дивизиона эсминцев, охранявших вход в Рижский залив, с просьбой воздействовать на немецкую базу гидросамолетов, располагавшуюся на озере Ангерн в 70 км от Риги. Лавров распорядился подготовить к вылету все четыре корабля — ВК-I, ВК-IV. ВК-VI и ВК-VIII. Это было великолепное зрелище, когда 23 августа четыре красавца в ясном безоблачном небе медленно кругами набирали высоту, а потом неторопливо ложились на курс. Исторический день — первый групповой вылет тяжелых кораблей.
На базе у немцев было 17 самолетов. При подходе «Муромцев» восьми удалось взлететь. Они смело пошли в атаку, но запала хватило только на один заход. Встречный огонь был настолько плотен, что два тут же кругами пошли вниз, остальные бросились врассыпную. По ангарам и стоянкам базы был нанесен прицельный удар. Было видно, как разбегаются по воде в разные стороны самолеты, пытаясь взлететь, как настигают их взрывы. Всего было сброшено более 70 бомб, большинство из них попало в цель. Выполнив задание, «Муромцы» благополучно вернулись на свой аэродром. Разрушения настолько значительные, что противнику понадобится несколько недель на восстановление базы.