1-й боевой отряд располагался, как и в прошлом году, около Ягельницы. После перевода Панкратьева на должность помощника начальника Эскадры отряд возглавляли по очереди штабс-капитан Соловьев (ВК-XIII), штабс-капитан Никольской (ВК-XIV), ротмистр Середницкий (ВК-X) и временно капитан Клембовский (ВК-XV). Боевые действия с перерывами, но все же продолжались. Так, 24 апреля 1917 г. «Муромец» ВК-XV с командиром экипажа штабс-капитаном Клембовским разбомбил штаб 22-й турецкой дивизии, но по дороге домой подвергся нападению пяти истребителей, два из которых «завалил».
В апреле 1917 г. на аэродром под Гусятином перебазировался с Западного фронта 3-й боевой отряд под командованием капитана Башко. Он без посадки перелетел 6 апреля из Станьково в Винницу за 7 ч. 30 мин., что явилось для корабля со штатным экипажем и вооружением выдающимся достижением того времени. С июня по сентябрь отряд выполнял боевую работу вместе с 1-м в полосе действия 7-й ударной армии. «Муромцы» летали на бомбежку, разведку, отражали атаки истребителей. 19 июля «Киевский» подвергся нападению целой группы. Три истребителя противника ушли к земле.
4-й боевой отряд под командованием капитана Нижевского базировался с апреля 1917 г. на аэродроме в Болграде и действовал в интересах 6-й армии Румынского фронта. Изначально в него входили экипажи ВК-III, ВК-IV, ВК-V и ВК-IX.
Среди воздушных боев за всю войну один следует отметить особо. 18 июня 1917 г. ВК-IV под командованием одного из ветеранов Эскадры Шарова вылетел на бомбежку. Там его встретили три истребителя. При попытке атаковать два были сбиты. Третий походил сзади на безопасном расстоянии и отбыл восвояси. Вскоре появилось еще пять, которые попарно атаковали с разных направлений, но напоролись на ответный огонь. Два истребителя закувыркались вниз, третий стал снижаться кругами. Четвертый и пятый шарахнулись в сторону и отвалили. Этот тяжелый бой был уникален — из восьми нападавших истребителей сбить пять.
После провала июльского наступления Юго-Западный фронт развалился. Последняя надежда командования оставалась на «Муромцы». Это был заключительный аккорд в реквиеме по Эскадре, «лебединая песня» ЭВК. Мобилизовав все оставшиеся силы, перебазировавшиеся в Стриховицы, 1-й и 3-й боевые отряды подняли в воздух 20 августа семь воздушных кораблей во главе с подполковником Башко. Все они стали делать групповые налеты. В полосе фронта длиной в 30 и глубиной 15 верст было уничтожено все, что имело мало-мальски военное значение. После этого наступление немцев приостановилось.
В августе 1917 г. 4-й боевой отряд был переименован в 1-й, 1-й во 2-й, а 4-м стал именоваться запасной отряд на базе в Виннице. Но эти переименования уже не меняли дела. Несмотря на все старания летного состава, боевая активность ЭВК с каждым месяцем падала. 16 сентября 1917 г. состоялся последний боевой вылет в Эскадре. При подходе немцев к Виннице и реальной угрозе захвата «Муромцев» большая часть кораблей была сожжена. Так бесславно закончилась история создания и боевой работы первой в мире Эскадры Воздушных Кораблей. Эскадра была порождением великой страны, ей прочили большое будущее, но наступили трудные времена, и верное дитя вместе с Родиной-матерью разделило ее трагическую судьбу.
В апреле 1918 г. руководство Рабоче-Крестьянского Красного Военного Воздушного Флота решило на базе «Муромцев» создать свое соединение тяжелой авиации — Северную Группу Воздушных Кораблей. Для нее на «Авиабалте» под руководством Ярковского достраивались пять «Муромцев»-Г-3 (№ 239–242 и 245). Именно в это время был поставлен вопрос об использовании «Ильи Муромца» в полярной экспедиции 1919 г. для обеспечения проводки караванов судов по Северному морскому пути — предложения, сделанного в свое время Сикорским. Однако вскоре началась гражданская война, и стало не до экспедиций.
В июне 1918 г. корабли были готовы. В июле Группу переименовали в ЭВК. К осени пять машин были направлены в Липецк для обеспечения Южного фронта. Летали на «Муромцах» немногие бывшие офицеры. В ноябре 1918 г. ЭВК переименовали в Авиагруппу. Эффективность боевого применения Авиагруппы была невероятно низкой. Вскоре ее опять переименовали. Теперь она стала называться Дивизионом Воздушных Кораблей. В 1919 г. Дивизион получил 13 «Муромцев» из оставшегося на заводе задела. Это намечавшаяся к сдаче летом 1917 г. последняя серия в 13 ИМ-Г-3бис (№ 274–286). К ее завершению Главное Управление Рабоче-Крестьянского Красного Военно-Воздушного Флота приступило лишь в начале 1919 г. Проведенные по поручению Главвоздухфлота московскими учеными во главе с Н. Е. Жуковским расчеты подтвердили, что подвергать самолеты упрочнениям не обязательно. Краснозвездные «Муромцы» использовались против конницы Мамонтова, летали на бомбежку, разведку, на сбрасывание листовок. Потом часть машин направили на Западный фронт против поляков, а затем Врангеля. 21 ноября 1920 г. был совершен последний боевой вылет.