Эта традиционная иерархия приоритетов в структуре органов власти в СССР была изменена в мае 1941 года, когда Сталин занял также пост Председателя Совета Народных Комиссаров СССР, сделав прежнего главу правительства, Молотова, своим заместителем. К маю 1941 года было очевидно, что война с Германией неизбежна. Большая часть германской армии была уже сосредоточена на западной границе СССР. Сообщения разведки не оставляли сомнений в подготовке Гитлером нападения на СССР, спорными были лишь возможные сроки этого нападения.
В этих условиях прежняя структура власти, разделенная на директивные и исполнительные органы, уже не подходила. Любые принципиальные решения должны были приводиться в действие немедленно. Появление Сталина на посту Председателя СНК СССР сразу сделало именно этот пост главным в стране. Но теперь, при неизбежных отъездах Сталина из Москвы по тем или иным делам (на Конференцию глав союзных держав в Тегеране в ноябре 1943 года или на Ялтинскую конференцию в феврале 1945 года), он уже не оставлял в Москве одного лидера для выполнения всех своих функций. В Государственном Комитете Обороны, в Ставке Верховного Главнокомандующего, в СНК полномочия Сталина передавались его первому заместителю. Временное руководство партийными делами передавалось А. А. Жданову, который уже после XVIII съезда ВКП(б) выполнял функции второго секретаря ЦК ВКП(б). Но Политбюро, членами которого были 9 человек, в этот период уже не играло столь важную роль. Формальных заседаний Политбюро почти не было. Многие проблемы решались опросами по секретной связи.
Впервые вопрос о более долгосрочном преемнике Сталина на всех постах возник осенью 1945 года, когда он, также впервые, тяжело заболел после всех напряжений закончившейся войны. Дочь Сталина Светлана пишет в своих воспоминаниях, что в 1945 году она в последний раз встречалась с отцом в августе. «В следующий раз мы увиделись нескоро. Отец заболел и болел долго… Сказались напряжение и усталость военных лет и возраст — ему ведь было уже шестьдесят шесть лет»[49]. По журналам посетителей Сталина, опубликованным «Историческим архивом» в 1994–1997 годах, можно обнаружить, что Сталин был в Кремле 8 октября 1945 года, а затем отсутствовал до 17 декабря.
В 1949 году, когда Светлана стала женой Юрия Жданова, он рассказывал ей, что были дни, когда состояние Сталина было настолько критическим, что его отец, член Политбюро А. А. Жданов, проводил почти все время в Кремле, ожидая возможной передачи ему временных полномочий руководства партией и страной. Жданов действительно, по выбору самого Сталина, являлся в тот период вторым человеком в партии. Андрей Жданов, которому тогда исполнилось лишь 49 лет, был близким другом Сталина. В это время Жданов руководил идеологическим отделом ЦК ВКП(б) и одновременно выполнял много других партийных и государственных функций.
По линии правительства преемником Сталина, бесспорно, был В. М. Молотов. Перед войной Молотов уже был Председателем Совета Народных Комиссаров более десяти лет. В 1945 году он был первым заместителем Сталина на этом посту, а также наркомом иностранных дел.
Жданов был вполне убежденным сталинистом, консерватором и сторонником почти полной культурной изоляции СССР от капиталистического мира. Молотов и Жданов были активными участниками сталинского террора в 1930-е годы. (Террор и Ленинграде после убийства Кирова можно назвать «ждановским».) Поэтому никакие реабилитации жертв этого террора не были в их интересах. Смерть Жданова 31 августа 1948 года, некоторые обстоятельства которой и до сих пор остаются не вполне ясными, изменила расстановку сил в партии и в государстве. В конце 1948 года жена Молотова, занимавшая важные посты в Министерстве легкой промышленности и в общественных организациях, была обвинена в связях с сионистами и исключена из ВКП(б) на заседании Политбюро по докладу Берии. В начале 1949 года Полина Жемчужина-Молотова была арестована. Широкие партийные массы ничего об этом не знали, и Молотов по-прежнему считался вторым после Сталина лидером. Но это было уже не так.