Для получения сертификата летной годности требовалось провести дополнительные летные испытания на флаттер, сваливание, устойчивость и управляемость, сделать комплексную оценку надежности самолетных систем и безопасности полета.
Зарубежные нормы требовали и установку на борту самолета дополнительного оборудования, в частности, на приборной панели пилотов появился индикатор тяги двигателей, дополнивший указатели их оборотов. Путь Як-40 в зарубежные авиакомпании пролег и через сертификацию авиационного завода и смежных предприятий, а пойти на это, согласитесь, в советское время, когда существовал «железный занавес», было не просто.
Руководство сертификацией Як-40 возложили на А. А. Левинских, в прошлом одного из ведущих специалистов Научно-испытательного института ВВС.
За короткий срок были проведены не только необходимые тесты и сертификация производства, но подготовлена доказательная документация по самолету, его системам и силовой установке, разработаны руководства по летной эксплуатации и ремонту машины.
Значение этого для отечественного авиастроения нельзя недооценивать, поскольку сертификация Як-40 по международным нормам послужила поводом для создания отечественных авиационных правил АП-25 и открыла дорогу последующим типам отечественных авиалайнеров в зарубежные авиакомпании.
Первой страной, купившей Як-40, стала Италия, где машина в 1972 году получила необходимый для начала коммерческой эксплуатации сертификат летной годности и эксплуатировалась в авиакомпании «Аэртирена». Осенью того же года открылась авиалиния, связавшая Рим с Чампино и с Вилланова д’Албенья (Савона), которую обслуживали Як-40. Один из Як-40, пилотируемый итальянским экипажем, совершил демонстрационный полет из Рима в Австралию.
ОКБ совместно с внешнеторговым объединением «Авиаэкспорт» активно занималось рекламой самолета. Например, около трех месяцев, начиная с 25 января 1972 года, Як-40 (борт СССР-87791), пилотируемый экипажем во главе с летчиком-испытателем А. Колосовым, совершал показательные полеты по странам Латинской Америки. Як-40 видели над вершиной высочайшего из действующих вулканов планеты – Котопахи в Эквадоре и около священного озера древних перуанцев Титикака. Маршрут полетов проходил также по городам Аргентины, Боливии, Бразилии, Венесуэлы, Колумбии, Уругвая и Чили. В итоге 130 (или 125?) Як-40 поставили в 18 стран мира.
Спустя несколько лет А. С. Яковлев скажет: «Як-40 специально создавался как простой, нетребовательный к обслуживанию на земле самолет, приносящий с собой на местные линии высокие скорости и комфорт эпохи реактивной авиации». Время полностью подтвердило слова Александра Сергеевича, к тому же самолет постоянно совершенствовался.
В ходе модернизации Як-40 в 1980–1990 годы удалось увеличить его дальность до 2500 км за счет увеличения запаса топлива, а для сохранения коммерческой нагрузки взлетный вес машины довели до 17 200 кг. Тогда же был получен сертификат на соответствие требованиям главы 3 Приложения 16 ИКАО по шуму на местности.
На базе пассажирского самолета был создан его конвертируемый вариант Як-40К с большим грузовым люком. На этой машине в 1979–1980 годах чехословацкие пилоты установили 12 мировых рекордов. В 1999 году Як-40К получил соответствующий сертификат в Румынии, модернизируются и итальянские Як-40.
В 1992 году велись переговоры с американской двигателестроительной компанией «Текстрон Лайкоминг» о разработке двухдвигательного варианта самолета Як-40ТL с ТРДД LF507–1N тягой по 3180 кгс и авионикой фирмы «Рокуэлл Коллинз». Следует напомнить, что это была вторая попытка совместной работы американских компаний по Як-40. Впервые американцы заинтересовались советским самолетом в конце 1960-х годов, поскольку за рубежом, в том числе и в США, пассажирских самолетов для местных авиалиний не было. Як-40 в те годы был, по сегодняшним меркам, прорывным продуктом. Американцы тогда хотели взять готовый планер и оснастить его своими двигателями и оборудованием, но что-то им помешало.
На базе пассажирского самолета был создан также десантно-транспортный и санитарный Як-40ДТС, самолет для проверки работы наземных радиомаяков Як-40 «Калибровщик», летающие лаборатории Як-40 «Аква», «Лирос», «Метео», «Фобос», «Шторм», различные варианты для исследований и проверки радиоэлектронного оборудования и Як-40/М-602 – для испытаний чехословацкого двигателя М-602.
Як-40 выпускались серийно по 1981 год. Всего построили 1011 самолетов, из них 125 – на экспорт.
На рубеже ХХ и ХХI веков Як-40 стал пользоваться большой популярностью среди «новых русских». Большая дальность, достигающая 2500 км, в сочетании с высокой скоростью и VIP-интерьером, надежностью и экономичностью в эксплуатации делает Як-40 почти идеальным для деловых людей. Но и с ними случаются трагедии.