Заводские испытания машина проходила с 12 апреля по 10 мая 1945 года. На серийном Як-3 ВК-107А с мотор-пушкой Б-20М и одной синхронной Б-2 °C применили увеличенный маслорадиатор ОП-622, стальные тяги управления заменили дюралюминиевыми, обшивка элеронов стала металлической. Успешно пройдя заводские испытания, самолет предъявили в НИИ ВВС.
Государственные испытания Як-3 ВК-107А с металлическим крылом проходили с 21 мая по 9 июня 1945 года, и акт по их результатам утвердили 27 июня 1945 года.
Як-3 с двигателем ВК-107А и металлическим крылом (заводской № 70–03, выпущен заводом № 31), март 1945 года
Испытания показали, что внесенные в конструкцию самолета изменения не повлекли за собой увеличения полетного веса, а запас прочности металлического крыла оказался достаточным. Максимальные скорости серийной машины (604 км/ч – у земли и 706 км/ч – на второй границе высотности) оказались сопоставимы с опытным образцом (610 км/ч – у земли и 720 км/ч – на второй границе высотности мотора) и полностью удовлетворяли требованиям, заданным постановлением ГКО № 7233cc от 29 декабря 1944 года (600 км/ч – у земли и 700 км/ч – на второй границе высотности). Существенно уменьшили нагрузки в системе управления, устранили многие дефекты, выявленные в ходе испытаний опытного самолета. В то же время машине № 7003 были свойственны все недостатки предшественников, включая перегрев воды и масла в наборе высоты, а также в горизонтальном полете на боевой мощности и тряску мотора при его дросселировании. Отмечалась также недостаточная мощность огня из двух орудий, поскольку в 1945 году базовая модель Як-3 с ВК-105ПФ-2, а также Як-9У с ВК-107А по техническим требованиям ВВС должны были выпускаться с тремя огневыми точками калибра не менее 20 мм.
9 августа 1945 года нарком авиапромышленности подписал приказ «Об устранении дефектов на самолетах Як-9 с мотором ВК-107А» в кратчайшие сроки. Спустя 15 дней вышло постановление ГКО о приостановке выпуска самолетов Як-9 с моторами ВК-107А, которым заводу № 31 предписывалось устранить дефекты на Як-3 с ВК-107А, аналогичные выявленным на Як-9 с ВК-107А.
К концу августа 1945 года завод № 31 успел выпустить 36 машин, из которых шесть сдал военному представительству по готовности к бою. К октябрю для ВК-107А был разработан и испытан новый маслорадиатор № 700. На заводе № 115 его установили на головной серийный самолет Як-3 № 7003 и с 8 ноября по 3 декабря 1945 года провели летные испытания. На машине также изменили схему продува внутренних выхлопных коллекторов и добавили расходный бензобак. Это позволило обеспечить рабочие температуры системы охлаждения и смазки на всех режимах работы мотора ВК-107А в допустимых пределах. Но на повторные государственные испытания машину не передавали.
В марте 1945 года в инициативном порядке на заводе в Саратове началась подготовка к выпуску цельнометаллического крыла и сборка первого Як-3 с мотором ВК-107А, вооруженного тремя пушками Б-20. 30 апреля эту машину выкатили на аэродром. В мае на ней планировалась отработка топливной и масляной систем двигателя, отстрел вооружения и испытания в воздухе. 16 мая 1945 года первый серийный самолет Як-3 ВК-107А завода № 292 поднялся в воздух. До конца мая на самолете выполнили три полета, показав максимальную скорость у земли 594 км/ч и 707 км/ч – на второй границе высотности.
На втором самолете № 0201 провели цикл статических испытаний, а первый серийный экземпляр машины, после завершения заводских испытаний по определению летных данных и температурных режимов систем водо– и маслоохлаждения, передали на эксплуатационные испытания для проверки прочности ее агрегатов. Поскольку на самолете № 0101 было установлено не усиленное крыло, испытания проводились только на посадки. После 349-й посадки сорвалась с заклепок рубашка тормозного диска правого колеса, на 360-й – лопнула обойма внутреннего подшипника левого колеса. Испытания прекратили после 365-й посадки из-за обрыва 5-й группы шатунов двигателя ВК-107А.