В 1947 году постановлением правительства I Управление МГБ и Главное разведывательное управление при Генштабе Вооруженных Сил (ГРУ) были объединены и на их основе создан Комитет информации (КИ) при Совете Министров СССР. Возглавил его В. М. Молотов. Научно-техническая разведка как целостное подразделение вопреки логике вещей оказалась, наоборот, разъединенной и разбитой по трем самостоятельным управлениям КИ. Квасникову судьба на сей раз соблаговолила: он не только остался на месте, но и должность у него оказалась повыше — стал начальником отдела. В функции его отдела входили: обработка и реализация развединформации, поступавшей из других оперативных подразделений, поддержание деловых связей с отраслевыми министерствами и ведомствами, получение от них оценочных заключений и отслеживание хода выполнения заданий за рубежом.
Из резидентур США, Канады, Англии и Франции продолжали поступать ценные материалы и образцы по новым разработкам в химии, авиации, радиоэлектронике, металлургии, средствах связи, ЭВМ и ракетной технике.
Но больше всего разведку по-прежнему интересовало то, что было связано с делом «Энормоз». «Дайте нам атомную бомбу как можно быстрее. Вы знаете, что Хиросима и Нагасаки потрясли мир. Равновесие нарушилось. Дайте бомбу, и вы избавите нас от огромной опасности!» — этот призыв Сталина к ученым и специалистам был доведен и до атомных разведчиков. И они делали все зависящее от них даже в весьма неблагоприятных для ведения разведывательной работы условиях, когда в США начались разгул реакции, травля и открытые репрессии против прогрессивных американских граждан.
Многие ценные агенты в связи с закрытием американскими властями генконсульств в Нью-Йорке и Сан-Франциско были переведены на нелегальные формы работы, и потому сведения от них, несмотря ни на что, продолжали поступать в Центр. Об этом свидетельствуют и отзывы на материалы разведки академиков И. В. Курчатова и И. К. Кикоина. «Произведенное мной рассмотрение материала показало, что получение его имеет громадное, неоценимое значение для нашего государства и науки» — так отмечал руководитель советского атомного проекта Курчатов. А вот заключение Кикоина, направленное на имя заместителя Председателя Совнаркома СССР М. Г. Первухина: «Всякое умножение разведывательной информации по плутониевой бомбе было бы и впредь необычайно важно и оказало бы нам большую помощь…»
В 1948 году суперагент советской разведки Чарльз — доктор Клаус Фукс, на протяжении нескольких лет передававший Советскому Союзу самую точную информацию из Лос-Аламоса о разработках первой американской атомной бомбы, сообщил некоторые сведения о возможности создания нового ядерного оружия — водородной бомбы. Чтобы опять не оказаться в роли догоняющих, советские ученые во главе с А. Д. Сахаровым намного раньше, чем американцы, приступили к развертыванию работ по термоядерной проблеме. На этот раз Сталин не побоялся прослыть агрессором, как это было в 1938 году, когда он наложил вето на урановые исследования, а потом лишь через четыре года дал на них «добро».
Квасников, по службе в Нью-Йорке зная о том, что получаемые от Клауса Фукса материалы всегда отличались научностью, содержательностью и убедительностью, рекомендовал в связи с его переездом в Англию строить работу с ним с максимальной ответственностью, быть предельно внимательными к нему и, главное, заботиться о его безопасности. Инструктируя так выезжавшего в Лондон для работы с Фуксом опытного сотрудника разведки Александра Феклисова, мэтр атомного шпионажа строго наказывал встречаться с агентом только при полной уверенности в отсутствии слежки английских спецслужб, а для каждой последующей встречи разрабатывать и утверждать в Центре план ее проведения.
Клаус Фукс, являясь руководителем отдела теоретической физики Научно-исследовательского атомного центра в Харуэлле, продолжал передавать Советскому Союзу объемную и обстоятельную информацию вплоть до первого испытания отечественной плутониевой бомбы, взрыв которой был осуществлен 29 августа 1949 года.
Неожиданно быстрое создание в СССР атомной бомбы вызвало в правительственных кругах США и Англии предположение, что русские выкрали ядерные секреты. Американские спецслужбы, чувствуя свою вину за утечку информации, развернули бешеную деятельность по выявлению советских шпионов. В результате предательства Фукс был изобличен и арестован. Квасников, узнав о его аресте, поставил вопрос о немедленном выводе из США и Великобритании всех связей Фукса, однако к его голосу не прислушались, считая, что информационный поток в условиях сложной международной обстановки не должен снижаться. В итоге советская разведка потеряла тогда около сорока источников, находившихся на ключевых постах в госаппарате, различных министерствах и научных ведомствах США. Удобными «козлами отпущения» оказались и небезызвестные супруги Розенберг, которые не имели никакого отношения к секретам американской атомной бомбы.