С самого начала в оккупированных улусах, естественно, не было какого-либо организованного сопротивления, так что были предприняты меры для организации партизанского движения извне. С этой целью представители Центрального штаба партизанского движения Рыжиков и Шестаков основали в Астрахани 16 сентября 1942 года специальную партизанскую школу, в которой с сентября 1942 по январь 1943 г.г. прошли подготовку 380 агентов и диверсантов. После этого они с целью саботажа направлялись в немецкие тылы: 112 партизан в Сталинградскую и Ростовскую области а также в Осетию, 268 человек из оперативной группы обкома под руководством Касаткина и военного совета (штаб и политотдел) 28-й армии — часть из которых были калмыки — в оккупированные улусы КАССР. Здесь они столкнулись с «крайне тяжёлыми обстоятельствами». И причиной были не только климатические условия-огромная безводная степь, но и наличие антисоветских формирований, которые действовали в степи с большим успехом.
Решающим однако было отсутствие того обстоятельства, которое ещё Фридрих Энгельс назвал необходимым для ведения успешной партизанской войны: надёжную поддержку со стороны населения.
В отличие от отношения к антисоветским партизанам, большинство населения отрицательно относилось к советским партизанам и часто встречало их откровенно враждебно. Попытки перетянуть население на свою сторону путём пропаганды часто кончались для пропагандистов трагически. Без поддержки населения советские партизаны несли тяжёлые потери. По утверждению Скоробогатова «большинство участников этих патриотических подпольных групп» погибли.
Командир 16-й МПД также докладывал в начале 1943 года о том, что «все партизанские группы, действовавшие под Элистой, были практически полностью уничтожены за самое короткое время».
Решающую роль в обнаружении и ликвидации советских партизан играли калмыцкая местная полиция и конные эскадроны, и можно с полным правом сказать, что этот вид немецко-калмыцкого сотрудничества сделал невозможным «успешную работу вражеских шпионских и диверсионных групп».
По сообщению профессора фон Рихтгофена от 08.01.1943 г. «большинство партизанских групп задерживались и уничтожались в степи калмыцкими отрядами, иногда брались в плен или окружались до подхода немецкого подкрепления».
Уже в конце октября 1942 года один из калмыцких эскадронов уничтожил половину партизанского отряда под Улан Тугом южнее Юсты.
Самый известный партизанский отряд, отдельный 59-й под руководством Гермашева, действовавший на участке Элиста-Яшкуль, был разгромлен немцами в начале ноября под Бага Бурулом «при поддержке калмыцкого добровольческого эскадрона и полицейских из Элисты, Приютненского и Троицкого улусов».
Такая же судьба постигла и 53-ю группу под руководством Коломейцева; она была обнаружена калмыцким эскадроном под Адыком и преследовалась при поддержке полицейских из Яшкуля и Улан Эрге. Чуть позже командиру калмыков Сунгурчикову удалось окружить группу между Адыком и Уттой и, после безрезультатных призывов сложить оружие, уничтожить несмотря на отчаянное сопротивление.
Этот же эскадрон в середине ноября уничтожил под Адыком 74-й отряд «Юста» под руководством Очирова сразу же после прибытия отряда в район действий.
Точно так же при большом содействии калмыцких частей были уничтожены или разгромлены после актов саботажа и диверсий против немецких или румынских солдат или представителей местной администрации партизанские группы «Павел» под руководством Яковлева, «Старики» под рук. Чернышёва, «Мстители» Кравченко, «Кетченеры» Харцхаева, «Андрей» Потлова, «Манджи» Батаева.
В рамках отчаянного немецко-советского столкновения партизанская война была постоянным источником крайностей. В Калмыкии, где друг против друга воевали нерегулярные части, она быстро приняла черты гражданской войны. Акции советских партизан, естественно, ни по цели ни по содержанию не соответствовали нормам Гаагских соглашений, но и действия антисоветских групп были далеки от цивилизованных правил.
Естественно, что 16-я МПД и калмыцкие добровольцы стали после «освобождения» Калмыкии объектом тяжких обвинений по поводу политики, которую они проводили на занятой территории.
Обвинения в жестокости стали самым мягким понятием, принятым в советской литературе по отношению к калмыцким частям, сражавшимся на стороне немцев.
Так «советский историк» называет командира 16-й МПД генерала графа фон Шверина «генералом-преступником», который якобы имеет на своей совести тысячи невинных жертв, Калмыцкий Кавкорпус именует не иначе как «карательный корпус», единственной целью которого было «уничтожение советских патриотов, партизан и всех тех, кто не склонил головы перед оккупантами».
По советским данным, только в Элисте «гитлеровцами и их пособниками» было убито 708 человек (первоначально речь была о 500-х, позднее о 800-х), в Яшалтинском улусе по официальным данным 190 человек. Людские потери за время оккупации оцениваются в 2000 «советских патриотов», причём непонятно, относятся ли сюда солдаты Красной Армии. Эти данные трудно воспринимать всерьёз, поскольку каких-либо доказательств, конечно, нет. И нельзя забывать, что к результатам расследований комиссий сталинских времён надо относиться осторожно, т. к. они слишком часто были уж слишком далеки от истины.
(Самый яркий пример — дело о расстреле тысяч польских офицеров в лесу под Катынью. Главный советский обвинитель генерал Руденко особо подчеркнул в Нюрнберге тот факт, что «варварское преступление немцев в Катыни было самым тщательным образом расследовано компетентной государственной комиссией. Результатом расследования стало заключение, что преступление в лесах под Катынью было совершенно немцами.» О том же заявил и полковник Покровский, представивший материал перед трибуналом 14.02.1946: «В качестве доказательства этого преступления я передаю суду официальные документы специальной комиссии… Комиссия работала по поручению чрезвычайной государственной комиссии.»)
Тем не менее не подлежит сомнению, что восставшие калмыки поначалу не пренебрегали актами возмездия, и естъ даже сообщения, что немцы иногда должны были вмешиваться, чтобы предотвратить акты «бессмысленной жестокости», которая не отвечала намерениям 16-й МПД.
Генерал граф фон Шверин подтверждает, что порой было совсем не легко сдерживать боевую ярость калмыков в разумных пределах. В актах однако отсутствуют доказательства того, что немецкие власти организовывали и осуществляли в Калмыкии какие-либо эксцессы. В том есть, правда, одно тяжкое исключение, которое относится к деятельности СС и СД.
Командир располагавшейся в Элисте — около 20 солдат-зондеркоманды 11а спецгруппы D («Зондеркоманда Астрахань») гауптштурмфюрер Маурер приказал в сентябре 1942 года расстрелять в степи за городом еврейское население Элисты общим числом от 80 до 100 человек-мужчин, женщин, детей.
К этой акции 16-я МПД не имела отношения, поскольку зондеркоманда СД входила в состав спецгруппы D, оперировавшей на юге России и Кавказе.
В историческом контексте подобные акции, естественно, не имели ничего общего с борьбой против партизан, которая не регулировалась Гаагской конвенцией. Командование Сухопутных сил тоже не сильно церемонилось с захваченными партизанами и агентами противника на предмет соответствия применяемых методов военному праву, как о том свидетельствует приказ по 40-му танковому корпусу от 13.10.1942 года, «независимо от возраста и пола». В этом корпусе расстрелу подлежали даже подростки, если они оказывались вражескими шпионами.
В Калмыкии, как правило, имело место точное расследование обстоятельств с заслушиванием свидетелей и составлением протокола, чем по меньшей мере выполнялся некий минимум международных норм.
С другой стороны за советских агентов часто заступались калмыцкие авторитетные лица, старосты и священники, если речь шла о родственниках или просто калмыках. Профессор фон Рихтгофен сообщает даже о случае, когда один из советских диверсантов был передан на рассмотрение калмыцкому «народному закону» — собранию буддийских священников. (Он же подчёркивает, что калмыцкие представители в целом не разделяли «жёстких немецких мер против большевицких шпионов и диверсантов».)