В случае возникновения непредвиденных обстоятельств в бой с вражескими кораблями должны были вступить только подводные лодки. Согласно плану операции «Хартмут» субмарины должны были обеспечить защиту надводным кораблям во время этапа транспортировки и держать оборону против кораблей противника во время захвата приморских плацдармов. В общей сложности у Нарвика, Тронхейма, Бергена, Ставангера, в районе Оркнейских и Шетлендских островов и к западу от Скагеррака должно было находиться 28 подводных лодок. Некоторые лодки, направленные к Нарвику и Тронхейму, покинули базу еще 11 марта. Основные силы вышли в море между 31 марта и 6 апреля.
Группа XXI
Норвежская кампания, успех которой зависел от каждого из трех родов войск в равной степени, была первой совместной операцией германских вооруженных сил. Согласно «Директиве по делу „Везерюбунг“» от 1 марта 1940 г. штаб группы XXI подчинялся непосредственно Гитлеру, действовал в рамках ОКВ и получал инструкции как от Гитлера, так и от ОКВ. Начальник оперативного штаба ОКВ генерал Йодль и его подчиненный, начальник отделения государственной обороны полковник Вальтер Варлимонт участвовали в планировании и осуществляли функции координаторов в тех случаях, когда группе XXI требовалась помощь со стороны того или иного рода войск.
Объединенное командование (по крайней мере, в том, что касалось ВВС и сухопутных войск) было запланировано с самого начала, но, когда после протеста ВВС за ОКЛ было сохранено тактическое командование частями, принимавшими участие в операции «Везерюбунг», в ведении Фалькенхорста остались только сухопутные войска. ОКЛ и ОКМ вели собственное планирование в сотрудничестве с группой XXI и осуществляли тактическое командование отдельными частями. Представители ВВС и ВМФ в группе Кранке по-прежнему входили в штаб группы XXI, где отвечали за связь со своими ведомствами. Командование воздушными частями было передано X воздушному корпусу под командованием генерал-лейтенанта Ханса Гайсслера. Что же касается флота, то командование им осуществлял штаб ВМФ с помощью групп, которые командовали морскими операциями, — группы «Вест» (Северное море и Атлантическое побережье Норвегии) и группы «Ост» (Балтийское море, Каттегат и Скагеррак).
Планирование и управление операциями в Дании были поручены штабу XXXI корпуса под командованием генерала от авиации Леонхарда Каупиша. XXXI корпус должен был непосредственно подчиняться группе XXI еще в течение трех дней после дня «X», после чего возвращался в подчинение ОКХ.
Для осуществления связи после высадки был создан так называемый «домашний» штаб «Норд». Этот штаб, в который входило по одному офицеру от каждого ведомства, был прикреплен к ОКВ, где функционировал как связующее звено между группой XXI и ОКВ. Его главной задачей сразу после высадки был надзор и регулирование действий морских транспортов в операции «Везерюбунг-Норд».
В ходе самой операции командование должно было быть тройным. Фалькенхорст командовал сухопутными войсками. Из уважения к его коллегам из ВВС и ВМФ он считался «первым среди равных», но не имел прямой власти над частями двух других родов войск. ВМФ назначил: адмирала, командующего в Норвегии и полномочного представителя главнокомандующего ВМФ со штаб-квартирой в Осло; адмирала южного побережья Норвегии в Кристиансанне, которому подчинялись коменданты портов Осло и Кристиансанн; адмирала западного побережья Норвегии в Бергене, которому подчинялись коменданты портов Ставангер, Берген, Тронхейм и Нарвик. X воздушный корпус осуществлял полное командование всеми воздушными операциями. В середине апреля генерал Гальдер записал в своем дневнике, что у Фалькенхорста не было власти ни над одним самолетом. В ходе кампании было создано командование военно-воздушного округа, а 12 апреля командование и воздушного корпуса, и командование военно-воздушного округа было поручено командующему 5-м воздушным флотом генерал-полковнику Эрхарду Мильху.