Возвращение кораблей из южных портов прошло с разной степенью успеха. В Бергене «Кенигсберг» и «Бремве», поврежденные во время высадки, не смогли выйти в море 9-го, а «Карл Петерс» с моторными торпедными катерами остался там согласно плану. «Кельн» с эскортом из двух торпедных катеров, отчаливший ночью 9-го, был замечен британскими самолетами, но сумел укрыться в маленьком фьорде, вышел в море на следующий день и благополучно прибыл в Вильгельмсхафен в 17.00 11-го числа. 10-го, когда британские бомбардировщики наземного базирования атаковали Берген, «Кенигсберг» получил два прямых попадания, перевернулся и затонул. «Карлсруэ», ночью 9-го вышедший из Кристиансанна с тремя торпедными катерами, был торпедирован при выходе из порта и впоследствии затоплен собственным эскортом. Ситуация, сложившаяся в Осло, не позволила вернуться всем кораблям; приказ о немедленном возвращении получил лишь «Лютцов», которому все еще предстояло совершить рейд в Атлантику. «Лютцов» вышел из Хортена вечером 10-го. На следующее утро во время быстрого прохода вдоль шведского побережья британская подводная лодка выпустила в него торпеду, повредившую оба винта и руль, после чего корабль пришлось доставить в Киль на буксире.
Норвежская операция дорого обошлась германскому флоту. Он потерял один тяжелый крейсер, два легких крейсера, десять эсминцев; еще три крейсера получили сильные повреждения. Кроме того, 15 апреля во время эскортирования конвоя затонул учебный военный корабль «Бруммер». Часть потерь объяснялась тем, что во время подготовки к операциям «Уилфред» и «План R-4» британцы разместили на маршрутах немецких кораблей через Скагеррак и Каттегат шестнадцать подводных лодок.
Транспортировка боеприпасов и воинских частей
Из семи судов экспортного эшелона ни одно не прибыло вовремя: четыре затонули, одно было захвачено, одно из тех, которые шли к Нарвику, 11 апреля пришло в Берген, где было потоплено британским самолетом во время выгрузки, еще одно прибыло в Тронхейм 13 апреля. Из четырех танкеров нарвикской группы три были потоплены. Как было сказано выше, потери военных кораблей в этих портах оказались серьезными. «Хиппер», вынужденный возвращаться без дозаправки, прибыл в Вильгельмсхафен, имея запас топлива на два с половиной часа хода. Четыре танкера, отправленные в Осло, Ставангер и Берген, достигли портов вовремя.
1-й морской транспортный эшелон (15 судов), шедший без эскорта, потерял три судна. Еще одно было торпедировано, но могло передвигаться на буксире. 2-й морской транспортный эшелон (11 судов), шедший с конвоем, потерял два судна, а 3-й транспортный эшелон — одно. Остальные пять эшелонов совершили переход без потерь, но угроза со стороны подводных лодок сохранялась, а германские противолодочные меры оказались неэффективными — по крайней мере, в первые недели. После потери двух судов 2-го морского транспортного эшелона, которая привела к гибели 900 человек, штаб ВМФ приказал, чтобы войска больше не перевозились на медленных транспортах, а только на быстроходных небольших судах или военных кораблях. Впоследствии части доставлялись во Фредериксхавн на полуострове Ютландия, а оттуда перевозились в порты Южной Норвегии на небольших судах. После этого количество солдат, переправляемых таким способом, стало достигать 3000 в день, и за период с середины апреля до середины июня было без потерь перевезено 42 000 человек. Такие же меры были предприняты для перевозок провизии, амуниции и техники из Скагена в Южную Норвегию; небольшие суда использовались для того, чтобы уменьшить нагрузку на транспорты. С начала Норвежской кампании до 15 июня 1940 г. 270 судов и 100 траулеров (не считая военных кораблей) перевезли 107 581 офицера и солдата, 16 102 лошади, 20 339 средств транспорта и 109 400 тонн различных грузов. При этом двадцать одно судно было потеряно.
10 апреля, когда стало ясно, что транспортная группа снабжения потерпела неудачу, Гитлер приказал изучить вопрос об использовании подводных лодок в качестве транспортов. Между 12 и 16 апреля три подводные лодки, каждая из которых несла около 50 тонн провианта и боеприпасов, были посланы в Нарвик, но из-за неопределенности ситуации на севере сменили маршрут и остановились в Тронхейме. 27 апреля в Тронхейм были посланы еще три лодки с авиационным керосином и бомбами для самолетов. За Норвежскую кампанию подводные лодки выполнили в общей сложности восемь транспортных рейсов.