Параллельно, провели полную реорганизацию низовых партячеек КПК в Синьцзяне. Партийное руководство выпустило для Синьцзянского комитета партии специальное положение, запрещающее участие членов КПК в религиозной деятельности, а так же в распространении книг и других материалов религиозного характера. В случае обнаружения подобных фактов, такие члены КПК должны автоматически рассматриваться как пособники террористов со всеми вытекающими последствиями.
Власти Китая очень жестко ограничили контакты своих мусульман с зарубежными единоверцами – сократили число тех, кому разрешается отправляться на хадж в Мекку (теперь туда из Китая могут отправиться только люди весьма пожилого возраста), фактически вычистили всех граждан КНР, кто получил исламское религиозное образование за границей. Любопытный факт – лицу, получившему разрешение на хадж в Мекку, партийные власти СУАР официально предлагают заменить паломничество на бесплатную экскурсию в Пекин…
Естественно, власти КНР дополнительно перебросили в СУАР несколько армейских дивизий и существенно увеличили численность органов безопасности в регионе. В некоторых районах СУАР в период волнений или обострения межэтнической обстановки численность китайских солдат и полицейских даже превышал численность местного уйгурского населения. За несколько лет спецслужбы Китая арестовали, убили или вынудили бежать за границу наиболее активных лидеров сепаратистов и исламистов. По утверждениям уйгурских оппозиционеров, действующих за пределами Китая, спецслужбы КНР в лучших традициях агентурной работы создали и целую сеть подконтрольного им уйгурского подполья, провоцируя расколы в среде сепаратистов и невыгодные для них акции.
С 1999 года началось снижение интенсивности антикитайских выступлений уйгуров, особенно в их крайних формах. По итогам 2005 года китайские власти с удовлетворением констатировали, что за этот год на территории СУАР не произошло ни одного теракта.
Здесь явно сказалось сочетание самых жестких мер властей со стремительным улучшением социально-экономической жизни в Китае именно в эти годы. Впечатляющий рост китайской экономики, при всех его издержках, благотворно сказался и на Синьцзяне. К началу XXI века СУАР перестал считаться слаборазвитым и бедным регионом. В списке из 31 провинции и автономных образований Китая родина уйгуров стоит на двенадцатом месте по уровню ВВП на душу населения. Пекин активно способствует росту благосостояния СУАР – свободная экономическая зона и торговля со странами СНГ превратила Урумчи и другие города региона в процветающие центры промышленности и коммерции.
Здесь наиболее наглядно проявляется отличие китайской и российской борьбы с исламским сепаратизмом – в Китае, вместо прямых бюджетных вливаний и поощрения местного ислама, предпочли реальный рост экономики проблемного региона в сочетании с весьма жёстким контролем над этой религией.
Рост экономики и соответственно международного влияния Китая обеспечил и политическую изоляцию уйгурских сепаратистов. Все 90-е годы различные политические организации уйгуров беспрепятственно и практически открыто действовали в азиатских республиках бывшего СССР. Местные уйгурские диаспоры и слабость местной государственности дали уйгурским сепаратистам надёжную и удобную базу возле границ КНР. Подполью Синьцзяна удалось провести здесь целый ряд покушений на китайских дипломатов и экспроприаций китайских бизнесменов. Например, в 2000 году в столице Киргизии убили несколько китайских чиновников и сотрудничавшего с китайскими властями руководителя уйгурской общины. В том же году в центре Алма-Аты вооруженные автоматами уйгуры из Синьцзяна успешно грабили банки и устроили целый бой с полицией и военными Казахстана. В 2002 г. в Бишкеке члены подпольной «Организации освобождения Восточного Туркестана» застрелили консула КНР.
Но уже к началу XXI века ситуация кардинально поменялась – власти Казахстана, Узбекистана, Таджикистана, Киргизии и Туркмении не только укрепили свой полицейский аппарат, но и всё больше следуют в фарватере Пекина, от которого во многом зависит их экономические и политические благополучие. К тому же их интересы и цели КНР в борьбе с исламистским подпольем полностью совпадают. Как следствие, за последнее десятилетие во всех этих республиках прошло немало судебных процессов разной степени закрытости против уйгурских организаций и активистов. В итоге синьцзянские оппозиционеры на территории постсоветской Средней Азии оказались загнаны в столь же глубокое и безнадёжное подполье, как и в самом Китае.