Второй достопримечательностью Виттенберга был его университет. Он был основан в 1502 году как учреждение, угодное церкви, и вскоре отдан под надзор августинского ордена. Создавая его, курфюрст Фридрих никак не мог предполагать, что через двадцать лет эта вторая достопримечательность Виттенберга погубит первую; что из его стен выйдет учение, объявляющее поклонение святым реликвиям безбожным и варварским суеверием. Уже в 1520 году университет сделается центром новой немецкой образованности — гуманистической и августинианской (то есть антитомистской и антисхоластической). Поток паломников прекратится — польется поток студентов и школяров. По всей Германии отцы бюргерских семей станут мечтать о том, чтобы отправить своих сыновей в «знатные школы курфюрста Фридриха». В 30–40-х годах университет переживет трудные времена, но слава его не померкнет. Даже для XVII века он останется общеевропейским символом новой педагогики, умеющей соединять эрудицию с самостоятельным суждением и благочестие с пытливостью. Шекспировский Гамлет не случайно учился в Виттенберге: для эпохи Шекспира это слово значило больше, чем слова «Сорбонна» и «Оксфорд».
Мартин Лютер, которому Виттенбергский университет в первую голову обязан своим обновлением и известностью, переступил его порог в октябре 1508 года. Он занял здесь скромную, второстепенную кафедру моральной философии. Два раза в неделю он вел семинары по Никомаховой этике Аристотеля и трижды (по вечерам) руководил студенческими диспутами. Одновременно двадцатипятилетний священник был еще и виттенбергским студентом. Он слушал лекции Штаупитца и готовился к экзамену на степень бакалавра богословия (она была присуждена 9 марта 1509 года).
Первое пребывание Лютера в Виттенберге было недолгим. Осенью 1509 года он снова в Эрфурте, где со страстью отдается академическим занятиям: читает богословские сочинения, изучает древние языки и, судя по некоторым свидетельствам, вступает в новое, более тесное соприкосновение с эрфуртскими гуманистами. Молодой бакалавр теологии разделяет и достоинства и недостатки гуманистического мышления: он все более почтительно относится к ученой (в особенности — филологической) эрудиции и вместе с тем высокомерно судит о необразованной массе.
Летом 1509 года в Эрфурте начинаются народные волнения, вызванные ростом налогового бремени. Группы подмастерьев и поденщиков выступают с радикальными требованиями, но скоро оказываются орудием в чужих руках. Сначала богатеющие эрфуртские мастера используют восставшие низы для ниспровержения патрицианского городского совета, а спустя некоторое время майнцский епископ — феодальный покровитель Эрфурта — разгоняет с их помощью учрежденный самими мастерами «выборный комитет». Власть переходит в руки епископского наместника: Эрфурт вновь становится жертвой жестоких налогов и финансовой неурядицы.
Двадцатипятилетний монах-августинец был очень далек от понимания социальных конфликтов, определявших ход событий. Обоснованность народного недовольства также не была ему ясна. Как и другие представители образованного меньшинства, Лютер видел прежде всего разрушительные эффекты движения: 1509 год был для него годом пожара в Эрфуртском университете и разорения его богатой библиотеки, гордости тамошних эрудитов. Именно в это время в словарь Лютера прочно входит ироническое выражение Herr Omnes («господин по имени Все»), родившееся, по-видимому, в гуманистической среде. Оно имеет в виду массу как «слепую посредственность», как «чернь» и соседствует с выражениями «черные шайки» (объединения повстанцев) и «бешеные годы» (время народных волнений в Эрфурте). Священник Мартин все выше ценит уединенные нравственно-религиозные искания немецкого простолюдина и в то же время не доверяет простолюдинам, когда они сплачиваются, выходят на улицы и отстаивают свои насущные интересы. Кроме того, он еще слишком захвачен делами своего ордена, чтобы всерьез задуматься над мирскими тяготами, вызывающими народное возмущение.