Таганрогский авиазавод № 86 с 1958 г. по 1961 г. сдал 27 серийных реактивных летающих лодок Бе-10. А ракеты К-12БС и Х-44 не дошли даже до стадии летных испытаний.
Изготовленные Бе-10 было решено использовать в качестве противолодочных и патрульных самолетов, и их даже оснастили специальной ядерной глубинной бомбой «Скальп». Но в этой роли они оказались неэффективны.
Превосходные летные качества Бе-10 были использованы Хрущевым для пропагандистских целей. Летающие лодки со стреловидным крылом неоднократно на бреющем полете пролетали на параде в Тушино, над Невой и в Севастополе. На Бе-10 было установлено 12 мировых рекордов для летающих лодок, в т. ч. скорость 912 км/ч и высота с грузом в 15 т — 11997 м.
С 1964 г. построенные Бе-10 ржавели на берегу, а в 1968 г. были сняты с вооружения.
Летом 1959 г. 2-я эскадрилья 977-го ОМДРАП приступила к переучиванию экипажей на реактивную летающую лодку Бе-10. Поскольку с озера Палеостоми не обеспечивались безопасные взлеты и посадки этих самолетов, эскадрилью перебазировали в Крым на гидроаэродром озера Донузлав.
С 1 декабря 1959 г. на базе 2-й эскадрильи 977-го полка была сформирована 270-я отдельная дальняя противолодочная авиаэскадрилья, местом дислокации которой стал поселок Мирный на озере Донузлав.
С 1 мая 1961 г. на основании приказа Минобороны СССР № 0028 от 20 марта 1961 г. 270-я ОПЛАЭ ДД была переименована в 270-ю отдельную противолодочную авиаэскадрилью дальнего действия.
В конце июля 1961 г. новые самолеты Бе-10 продемонстрировали широкой публике — они выполнили показательный полет четверкой над Невой на День ВМФ, а в августе того же года — на День воздушного флота над Тушино.
В сентябре 1961 г. на основании приказа Минобороны СССР от 23 апреля 1961 г. 270-я ОПЛАЭ ДД была преобразована в 318-й отдельный противолодочный Констанцский Краснознаменный авиаполк дальнего действия двуэскадрильного состава. На вооружении полка состояли реактивные летающие лодки Бе-10.
7 августа 1961 г. серийный самолет Бе-10 318-го полка, специально доработанный для рекордных полетов, пилотируемый полковником Н.И. Андриевским и летчиком- испытателем Г.И. Бурьяновым, выполнил рекордные полеты с гидроаэродрома Донузлав. Подобные полеты, но уже с экипажем летчиков-испытателей, выполнялись в сентябре того же года. Всего на данном самолете (под гражданским обозначением М-10) было установлено 12 мировых рекордов.
Для несения службы Бе-10 использовались лишь эпизодически. Тем не менее имели место катастрофы. Так, 26 мая 1961 г. на разбеге самолет резко увеличил угол атаки, на малой скорости оторвался от воды, потеряв управление, ударился о воду и разломился. Разлившееся по воде топливо загорелось. Летчик И.А. Занин и штурман Б.А. Головченко погибли, а стрелка-радиста подобрал катер. В 318-м ОМПЛАЛ также произошло три катастрофы, после которых недоверие к самолету резко возросло.
В итоге после 1964 г. на Бе-10 летать перестали. Они состояли на вооружении до 1968 г., а в 1968–1970 гг. были утилизированы.
Последним советским гидросамолетом (самолетом-амфибией) стал Бе-12.
Приказом Минобороны СССР от 29 ноября 1965 г. противолодочный самолет-амфибия Бе-12 был принят на вооружение морской авиации. До 1972 г. построили 142 самолета, преимущественно в противолодочном варианте. Крейсерская скорость Бе-12 составляла 440 км/ч, дальность — до 2700 км.
Первые два Бе-12 поступили в Очаков в мае 1965 г., и через два месяца 318-й ОМПЛАП дальнего действия ВМФ ЧФ приступил к переучиванию на новые машины. Переучивание происходило на аэродроме Евпаторийского АРЗ с грунтовой взлетно-посадочной полосы, а с 1966 г. — на аэродроме Саки. Сначала переучилась 3-я эскадрилья, в 1965–1966 гг. — 2-я, а в 1969–1970 гг. — и 3-я эскадрилья.
14 мая 1966 г. с Бе-12 310-го ОПЛАП дальнего действия было выполнено первое практическое торпедометание торпедой АТ-1.
Осенью 1968 г. полк перебазировался на свой аэродром Донузлав, где была построена бетонная ВПП длиной 1500 м и шириной 32 м.
19 августа 1968 г. три самолета Бе-12 из состава 318-го полка, проследовав по воздушной трассе через Венгрию и Югославию, выполнили посадку на аэродроме Каир-Вест и вошли в состав 90-й отдельной дальнеразведывательной авиаэскадрильи особого назначения. Позже их перебазировали на аэродром небольшого курортного городка Мерса-Матрух на побережье. Так Бе-12 стали первыми самолетами морской авиации, которые приступили к поиску подводных лодок в Средиземном море.
Из-за ограниченности поставок радиогидроакустических буев и их дороговизны противолодочные самолеты вылеты на поиск подводных лодок по плану боевой службы выполняли небольшими тактическими группами, используя для первичного обнаружения магнитометры.