В ходе второго этапа заводских испытаний изделия БКС имели не только стартовый двигатель ПРД-19М, но и маршевый двигатель от ракеты «Щука-Б». Системы наведения БКС не имели.
В ходе первого пуска 13 февраля 1956 г. произошел отказ в работе автопилота по каналу крена. Ракета приводнилась на 15,5-й секунде полета в 1640 м от места пуска. Последующие два пуска 24 и 27 февраля были более удачными: ракеты пролетели 5240 м за 34,8 с и 5190 м за 33,5 с.
Уже в апреле 1956 г. на полигон «Песчаная Балка» стали поступать первые образцы ракет КСЩ.
Для проведения пусков четвертого этапа экспериментальных (заводских) испытаний в поселок Черноморск на объекты была доставлена почти точная копия пусковой установки СМ-59–1, то есть такая, которая планировалась к монтажу на эсминце проекта 56Э «Бедовый».
Пусковая была ангарного типа с направляющими ферменной конструкции, которые были примерно в два раза длиннее самой ракеты. Установка стабилизированная, с броневой защитой основных механизмов и ракеты. Стабилизированная часть служила для стабилизации ракеты по углу вертикального наведения и по углу поперечного крена и состояла из направляющей балки и фермы, скрепленной болтами. Расчетное время перезарядки 8–10 минут. В ЦНИИАГ была создана система дистанционного управления Д-59, которая обеспечивала автоматическое наведение установки по данным поста управления стрельбой в двух плоскостях и стабилизацию по крену. Ошибки при качке: 4–6 точек дальномера.
Первый пуск изделия КСЩ в ходе четвертого этапа заводских испытаний состоялся 19 сентября 1956 г. Согласно полетному заданию ракета должна была пролететь 15 км, но из-за неправильно выбранного угла установки стабилизаторов она на 40-й секунде полета поднялась на высоту 1180 м и с этой высоты начала плавно снижаться до приводнения. В итоге ракета пролетела 60 150 м за 240,2 с.
В ходе второго пуска 7 августа 1956 г. стартовый двигатель ПРД-19М при отделении на секунду зацепился за «гребни» ракеты. Поэтому изделие КСЩ не выполнило расчетную «горку» и преждевременно приводнилось, пролетев за 40,5 секунд 9,3 км вместо запланированных 15 км.
В третьем старте 22 августа ракета также должны была пролететь 15 км, но из-за ненормальной работы рулевой машинки по каналу тангажа ракета не вышла в горизонтальный полет и преждевременно приводнилась, пролетев всего 1800 м за 7,8 с.
Неудачным оказался и четвертый пуск 19 сентября 1956 г. Стартовик опять зацепился за гребень ракеты после окончания работы. В результате ракета вместе со стартовиком, не долетев до среза воды, упала на боевом поле полигона в 680 м от места старта на 5,6-й секунде полета.
Зато последующие четыре старта (29 ноября, 10,19 и 23 декабря 1956 г.) прошли удачно. Дальность стрельбы постепенно увеличивалась — 15 км, 20 км, 30 км. Соответственно, ракеты пролетели 14 800 м, 19 700 м, 31 200 м и 29 700 м.
Официально летно-конструкторские испытания с участием эсминца «Бедовый» начались 5 января 1957 г. Основанием для проведения этих испытаний стало Постановление Совмина № 1238–629 от 31 августа 1956 г.
В те годы на испытаниях крылатых ракет (особенно это было распространено во время испытаний ракет КСС из состава комплексов «Стрела» и «Сопка») вошел в моду контроль полета ракеты по всей траектории движения с помощью двух истребителей сопровождения. Делалось это так: в момент пуска ракеты (с корабля или с берега) над точкой старта появлялись два самолета, которые пристраивались в 120–150 м сзади ракеты и чуть сбоку, держа ракету в поле зрения до самого попадания ее в цель (или промаха). По возможности полет ракеты снимался на пленку кинофотопулеметом.
Была у этих самолетов и вторая задача: если ракета в полете начинала выполнять не предписанные ей эволюции (по мнению летчиков, опасные для стреляющего корабля, береговой ПУ, кораблей охраны водного района испытаний и т.д.), то летчики были обязаны такую ракету уничтожить.
По возвращении самолетов на аэродром летчики должны были представить в комиссию по проведению испытаний необходимые документы: письменные донесения о наведении ракеты в полете и пленку кинофотопулемета.
На летно-конструкторских испытаниях ракет КСЩ промышленность очень хотела заполучить такие самолеты, и это тоже потребовало дополнительного времени для решения вопроса о выделении самолетов, оформления полетных заданий, инструктажей летчиков и т.д.
Следует отметить, что самолеты выделили, но услугами их воспользовались только в шести пусках этапа летно-конструкторских испытаний. Причиной отказа от услуг самолетов послужил трагический случай, происшедший при испытаниях ракет КСС в филиале полигона на мысе Фиолент.