Карательная политика региона подчинялась общим направлениям, диктуемым Москвой, но в Сибири была значительно жёстче в течение всего десятилетия. В начале 20-х годов это было связано с размахом повстанческого движения, а также с отношением властей к населению как «кулацкому» и «спекулянтскому», в середине и второй половине 20-х — с постоянными кампаниями внесудебных расправ над уголовными элементами. Официальную карательную политику усугубляли проявления крайне распространённого в Сибири «красного бандитизма».
В ходе первой масштабной социальной чистки 1919–1922 гг. в Сибири были уничтожены многие десятки тысяч политических противников коммунистического режима, причём основная часть репрессированных приходится на жертвы подавления Западносибирского и других восстаний. Чекисты внесли существенный вклад в разгром крестьянских мятежей, а также в борьбу с организованной уголовной преступностью. Для стиля работы ЧК того периода были характерны повальные аресты, пыточное следствие, преимущественно заочное осуждение обвиняемых коллегиями уездных и губернских чека, массовые бессудные расправы. Количество сфабрикованных «контрреволюционных заговоров» исчислялось сотнями.
В отдельных случаях за фабрикацию дел чекисты могли понести ответственность, но в целом картина, рисовавшая обилие «заговоров», никогда не корректировалась. В практике репрессий начала 1920-х гг., как и позднее, карательные органы сохраняли высокую степень автономности. Уничтожение агентов-провокаторов вместе с членами «заговоров» давало известные гарантии того, что фабрикации дел останутся чекистской тайной. Региональные и центральные власти знали о специфических методах работы ЧК с арестованными и закрывали на это глаза.
С 1922 г. чекистам приходилось согласовывать свои действия с прокуратурой, часто вынуждавшей ОГПУ прекращать заведённые дела. Однако привычные методы получения признательных показаний — угрозы, шантаж, провокации, избиения — сохранялись в арсенале чекистов. Прежним оставалось их отношение и ко всем непролетарским слоям, которые рассматривались как потенциально опасные и подлежащие преследованиям.
Поскольку доктринальные установки большевиков были куда ближе к «военному коммунизму», нэп для большинства из них являлся именно отступлением, тактическим шагом. Поэтому, когда режим почувствовал угрозу своему существованию в связи с сопротивлением деревни, он применил силу и с помощью чекистов физически ликвидировал целые социальные слои и группы, сопротивлявшиеся тотальному огосударствлению жизни. Таким образом, нэповский поворот весны 1921 г. противоречил основной тенденции коммунистической власти, а перелом осени 1929 г. соответствовал её внутренней логике.
Чекисты являлись важной частью аппарата управления и всегда претендовали на особое положение в нём. Партийно-советское руководство старалось контролировать чекистов, часто вмешиваясь даже в агентурно-оперативную деятельность, однако конспиративность работы ВЧК-ОГПУ позволяла органам безопасности иметь известную свободу манёвра, а слежка за номенклатурой, обладание специфической информацией и независимыми каналами её переправки в высшие инстанции позволяли чекистским начальникам активно участвовать в политических интригах. Если в середине 1920-х гг. численность и влияние ОГПУ были наименьшими, то затем обострение политической обстановки вновь привело к возрастанию их роли. При этом органы безопасности оставались под партийным контролем, исполняя установки правящей верхушки.
Чекисты, характеризовавшие себя как «передовой вооружённый отряд партии», являлись специфической частью советского чиновничества. В их среде существовал кастовый дух, воспитывались традиции избранности и жертвенности. Кадры вербовались в основном за счёт военнослужащих, особенно из внутренних войск, а также партийно-комсомольских и профсоюзных активистов. Многие из оперативников начинали с сексотов — зарекомендовав себя толковыми поставщиками агентурных сведений, а то и резидентами, они логичным образом переходили на гласную оперативную работу.
Изучение внутренней жизни чекистов Сибири позволяет сделать вывод о том, что отрицательная селекция, вообще характерная для советской кадровой политики (отбор послушных, серых и безынициативных в ущерб талантливым и самостоятельно мыслящим) в чекистских органах была представлена в максимальной степени. Требования лояльности и послушания возводились в абсолют. Негативно сказывалось на качестве чекистских кадров рекрутирование сотрудников преимущественно из рабоче-крестьянской среды, имевших как правило начальное образование.
Однако малограмотный чекистский аппарат в целом отвечал потребностям карательной политики, поскольку был достаточен для пресечения — зачастую превентивного — политической нелояльности, а большой нужды в реальной контрразведывательной работе не было: Монголия являлась союзным государством, раздробленному Китаю было не до шпионажа, а перед эффективной японской разведкой находился мощный буфер в лице чекистов Дальнего Востока. Многочисленные разоблачённые «шпионы» обычно не имели отношения к зарубежным спецслужбам.
Для чекистских кадров было характерно наличие мощной партизанской прослойки, что приводило к дополнительной криминализации оперсостава и частому проявлению «красного бандитизма». Заметен и значительный уровень политических репрессий внутри самого чекистского коллектива, связанный с доносительством и попытками руководства связывать собственных работников с различными «контрреволюционными заговорами». Руководство на местах осуществляли назначенцы центра, проводился принцип сменяемости кадров, но примечательно, что руководители полпредства Павлуновский и сменивший его Заковский — сразу после выстраивания основ карательной системы и отбраковывания из неё первых начальников Сибчека Левитина и Уралова работали по шесть лет каждый, что сильно нарушало традицию сменяемости начальствующих кадров. (В том же русле находилось многолетнее нахождение на Украине В.А. Балицкого.) Такие факты говорят об определённой стабилизации кадровой политики и встраивании отдельных крупных чекистов в систему лубянских сдержек и противовесов.
Увольнение массы ветеранов ЧК в первой половине 20-х гг. не привело к прерыванию основных чекистских традиций. Кадровый состав, оставаясь преимущественно малограмотным, хотя и получал лучшую чекистскую подготовку, по-прежнему воспитывался в духе правового нигилизма и ненависти к инакомыслящим. Моральный облик чекистов характеризовался крайней распространённостью в их среде не только пьянства, но и разнообразных криминальных проявлений. Уровень преступности внутри чекистского ведомства всё время являлся экстремально высоким. Фактическая вседозволенность и безнаказанность толкали очень многих оперативных работников и на злоупотребления властью, связанные с нарушениями законности, и на всевозможные корыстные преступления.
На ответственных должностях в ВЧК-ОГПУ в Сибири в 20-е гг. подвизались яркие личности с богатым революционным и боевым прошлым, резко отличавшиеся от функционеров МГБ-КГБ последующих десятилетий. Однако бюрократический аппарат нивелировал личностные отличия, требуя повиновения и умения следовать генеральной линии партии. Поэтому тип регионального начальника, независимо от происхождения, национальности, образования, партстажа, революционного прошлого (меньшевик М.Ф. Левитин, межрайонец И.П. Павлуновский, анархист Л.М. Заковский), в основном выглядел единым. Это был классический чиновник советской системы — беспрекословно выполняющий поставленные перед ним задачи, старающийся проявлять инициативу в карательных операциях, нечуждый внутриведомственным интригам, скрывающий промахи подчинённых и формирующий аппарат под свои представления и потребности, наполняя его хорошо знакомыми и лично преданными кадрами.