Главным противником Фрейда стал прежний его руководитель в области церебральной анатомии профессор Мейнерт, который сказал, что Зигмунд «уехал из Вены как врач с образованием по физиологии», чтобы вернуться «практиком по гипнозу». Мейнерт видел в гипнозе «собачью преданность» одного человека другому, и с тех пор отношения между ними испортились. Следует сказать, что Мейнерт на протяжении 30 лет выступал рьяным противником гипноза, утверждая, что гипноз — это «шлюха», которую нельзя пускать в респектабельные медицинские круги. Отношение Мейнерта было продиктовано главным образом тем, что сто лет назад его земляк Антон Месмер своим «животным магнетизмом» вверг Вену в скандал, вследствие чего гипнотизм стал надолго неприемлемым словом в австрийских медицинских кругах. В целом Мейнерт, как и Шарко, считал гипноз неврозом, искусственной истерией, а некоторые проявления истерии определял как спонтанный гипноз. Профессор Мейнерт настроил весь австрийский медицинский мир против Фрейда, высмеяв его на лекциях в Медицинском обществе и на страницах медицинского журнала.
Критика такого авторитетного ученого, как Теодор Мейнерт, не могла не уронить гипноз в общественном мнении. Фрейд нашел случай отреагировать на нападки Мейнерта, которого считал гениальным нейрофизиологом, но посредственным психиатром. Составляя обзор книги «Гипноз» Огюста Фореля, Фрейд кратко изложил ее содержание и в заключение написал: «Движение, старающееся ввести лечение посредством убеждения в терапевтический арсенал медицины, добивалось успеха в других странах и вскоре добьется своей цели в Германии и Вене». Далее он обращает внимание читателя на эскапады Мейнерта, в которых Форель обвиняется в том, что он прибегает «к уловкам и к ненаучному образу мыслей». В этой связи Фрейд позволил себе выпад в адрес учителя: «Когда среди оппонентов оказываются люди вроде советника Мейнерта, завоевавшего своими печатными работами большой авторитет… в таком случае делу гипноза неизбежно наносится ущерб. Большинству людей трудно представить себе, чтобы ученый с большим опытом в некоторых областях невропатологии, показавший свою проницательность, полагал возможным для себя не считаться с авторитетами в других областях».
Непонимание Фрейда со стороны венских врачей, находившихся под властью физикохимического детерминизма в духе школы Гельмгольца, могло повредить его будущей карьере. Эта «радужная» перспектива вызвала в нем клокочущую досаду. Однако не таков характер Фрейда, чтобы отказываться от своих идей, даже невзирая на возможные последствия. Может быть, такая ситуация льстила Фрейду, оппозиционеру от природы. 2 февраля 1886 года он писал из Парижа невесте: «Уже в школе я всегда был среди самых дерзких оппозиционеров. Я неизменно выступал в защиту какой-нибудь крайней идеи и, как правило, готов был платить за это… Мне часто казалось, что я унаследовал дух непокорности и всю ту страсть, с которой наши предки отстаивали свой Храм, и что я мог бы с радостью пожертвовать своей жизнью ради великой цели…» (Freud, orrespondance, p. 215). Кроме «страха перед сексуальностью» у Фрейда была еще одна важная причина, из-за которой он отказался от гипноза — боязнь не «отрезать пуповину», связывающую пациента с терапевтом. К тому же индукция гипноза, что использовалась школой Нанси, признавалась Фрейдом утомительной. Ее механический, стереотипный, однообразный характер не соответствовал характеру Фрейда. Есть и другие причины. Фрейд был прагматиком, он страстно хотел делать открытия, однако гипноз не поддался ему, как истерия, и он отказался от него, назвав непознаваемым и мистическим. Об той стороне личности Фрейда говорит его биограф Джонс: «Фрейд был прежде всего первооткрывателем: его всегда привлекали такие проблемы, которые открывали возможность интересных научных исследований. Если же он такой озможности не предвидел… его интерес быстро угасал; размышлять над непостижимым было для него лишь тратой времени и умственных сил» (Jones, 1953–1958, III, р. 358).