В течение двух последующих лет в самых разных местностях было установлено присутствие иридия в пластах нужного возраста, но у других ученых возникли новые вопросы. Усилились сомнения в том, что иридий мог оставаться в атмосфере долгое время, достаточное, чтобы от единственного места удара метеорита разнестись по всему земному шару. Однако компьютерные модели показали, что «баллистическое рассеяние» иридия вполне возможно. В ходе этих дебатов оставалась одна более серьезная проблема: где найти требуемый кратер? Ни один из известных на суше кратеров не имел подходящего возраста или размера. Только в 1989 г. на северном берегу полуострова Юкатан океанографы, проводившие здесь съемку местности, обнаружили подводный кратер. После проведенных в 1993 г. измерений было объявлено, что диаметр этого кратера Chicxulub paвен 180 км, т. е. он больше штата Западная Виргиния и практически является самым большим из известных кратеров в Солнечной системе. Более того, исследования показали, что он образовался 65 млн. лет назад, а значит, в точности тогда, когда произошло массовое вымирание, уничтожившее динозавров. В течение еще четырех лет изучался материал, поднятый из кратера, и в 1997 г. уже другие ученые пришли к выводу, что отложения иридия и других элементов совместимы с геологическими находками в Губбио, Дании и Новой Зеландии, о которых в 1980 г. объявили Луис и Уолтер Альваресы и их коллеги — химики Фрэнк Азаро и Элен Мишель. С этого момента большинство ученых признало, что падение метеорита сыграло, по крайней мере, какую-то роль в исчезновении динозавров. С этим выводом согласовались и обнародованные в ноябре 1996 г. результаты исследований, показавшие, что Юкатанский метеорит врезался в Землю под острым утлом, вследствие чего над Северной Америкой могла пронестись колоссальная огненная буря.
Однако данный вывод не означал, что крупный спор о массовых вымираниях разрешен. Некоторые ученые, в том числе Дэвид Рауп, решили, что теперь стал ясен физический механизм, способный объяснить все массовые вымирания. Ученые не надеялись найти кратеры, которые образовались на Земле в периоды, совпадающие с более ранними массовыми вымираниями: изменения земной поверхности за миллионы лет неизбежно стерли все следы метеоритных ударов, имевших место в периоды более древних вымираний. Дрейф континентов, обнаруженный в исследованиях XX века, показал, что 200 млн. лет назад не только существовал единый суперконтинент Пангея, но и что он возник из обломков еще ранее существовавшего суперконтинента Родиния. Эти грандиозные преобразования земной поверхности вполне могли бы объяснить, почему у нас нет надежных доказательств возникновения других кратеров типа Chicxulub.
Несмотря на эти находки и выводы, попытка приписать все пять массовых вымираний, произошедших за 500 млн. лет, ударам метеоритов была довольно дерзкой и действовала раздражающе. Ученые, по крайней мере, отчасти сохранившие скептическое отношение к этому сценарию даже относительно динозавров, получили повод говорить более открыто и громко. Эти ученые были склонны признать, что падение метеорита сыграло некоторую роль в исчезновении динозавров, однако только некоторую. Плоскогорье в западной части Индии покрыто обширными потоками лавы, известными как Деканские траппы, и некоторые ученые утверждают, что такая интенсивная вулканическая деятельность могла бы создать столь же неблагоприятные атмосферные условия, что и столкновение с метеоритом. Хотя датировка Деканских траппов несколько проблематична, некоторые полагают, что для того, чтобы решить исход дела, необходимо сочетание вулканических извержений и падения метеоритов. Придерживаясь иной точки зрения, некоторые специалисты обращали внимание на то, что в других частях света динозавры погибали медленнее, чем в Северной Америке, где удар при падении Юкатанского метеорита, видимо, был самым сильным. Согласно еще одной точке зрения, динозавры начинали вымирать еще до падения этого метеорита и исчезли бы с лица Земли и без подобной катастрофы, лишь ускорившей их гибель. Это мнение часто связывают с идеей о том, что многие динозавры во вред себе оказались чересчур велики, и совсем незначительных изменений окружающей среды было достаточно, чтобы возник недостаток их пищи. Согласно этим рассуждениям, в процессе эволюции динозавры меньших размеров уже стали превращаться в животных, подобных современным пресмыкающимся, а также в первых настоящих птиц.
Мнение, по которому одни динозавры достигли чрезмерных размеров, тогда как другие эволюционировали в новые виды, свидетельствует в пользу теории вымирания, обусловленного неудачными генами. Гигантский размер, возможно, был неудачной генетической особенностью, поскольку создавал повышенную уязвимость по отношению к изменениям окружающей среды, тогда как организмы меньших размеров могли со временем лучше адаптироваться к новым условиям. Даже Дэвид Рауп допускает, что некоторые виды всегда вымирали из-за генетических проблем, свойственных конкретному виду. В диапазон таких проблем входят, с одной стороны, болезни, воздействующие лишь на один какой-нибудь вид или несколько видов, а с другой — изменения среды обитания, которые могут приводить к летальному исходу для вида, занимающего очень узкую нишу. И те и другие проблемы в наше время угрожают многим видам, например змеешейке (разрушение среды обитания) и флоридской пантере (наследственное нарушение половых органов). Рауп считает, что трилобиты оказались жертвой неудачных генов. Среди ископаемых остатков кембрийского периода найдено шесть тысяч видов трилобитов, но их число резко сократилось во время двух последовавших за этим массовых вымираний, а в конце палеозойской эры 325 млн. лет назад они и вовсе исчезли.