Однако уже в книге 1929 г. Мещанинов формулирует теорию о том, что «индоевропейские языки Средиземноморья никогда и ниоткуда не явились. Н. Я. Марр признает, что индоевропейские языки составляют особую семью, но не расовую, а как порождение особой степени, более сложной, скрещения, вызванного переворотом в общественности в зависимости от новых форм производства» [Мещанинов 1929: 55]. Поэтому постепенно Марр переходит от идей гибридизованности к идеям переходных типов и переходных стадий. «Индоевропейские языки, равно как и языки других семей, признаются дальнейшей стадией развития яфетических, а сама яфетидология обращается в общее учение об языке» [там же: 74]. Таким образом, термин «яфетический» уже начинает терять свой объект.
С самого начала было ясно, что яфетический субстрат не может расширяться бесконечно. И тогда теория стадиальности была распространена и на генетический статус языков: как уже говорилось выше, переходя от одной стадии к другой, языки могли менять свою принадлежность. Постепенно индоевропейский язык сам становился как бы промежуточным этапом. Эту логическую ловушку «нового учения» в 1949 г. трезво оценил сам И. И. Мещанинов. «Яфетиды с их яфетическими языками оказались повсеместным субстратом в его уже более ярко выраженном изначальном положении» [Мещанинов 1949: 29]. Таким образом, отрицая праязык, Марр к 1922 г. в этот статус неизбежно возвел свой яфетический слой. (Предвосхищая ностратику сегодняшнего дня, в 1910 г. Марр объединил языки семитские, хамитские и кавказские и назвал их ноетическими.) Потом яфетическим объявлялось уже все: «Единство глоттогонического процесса получило праязыковое содержание» [там же: 30]. «Остроумным» выходом из положения явилось различение систем и стадий. «Наиболее ясное различие существа систем и стадий будет, при таких условиях, заключаться в том, что стадии представляют собой ступени в историческом ходе развития единого языкового процесса и потому прослеживаются на всем языковом материале, тогда как под системою понимается определенная языковая группировка со специфическими характеризующими ее признаками» [Мещанинов 1934: 10]. Так, например, кельтские языки объявляются переходной ступенью стадиального развития между древнейшими языками Европы и языками индоевропейской системы. Они, оказывается, находятся на той же ступени, что и языки Кавказа [там же: 13].
В более поздних работах часть марристов стремится как бы «вработать» компаративистику в их собственную теорию, считая, что «индоевропейская школа лишь дополняет» новое учение о языке [Мещанинов 1934: 5]. Критика индоевропеистов сводится к тому, что они восстанавливают достаточно поздний период общеязыковой эволюции («Начало же языка не идет глубже древнейшего обнаруженного письменного источника или, в крайнем случае, искусственно восстанавливаемого праязыка, уже носящего в себе все характеризующие основы последующего эволюционного развития речи узко взятой группировки» [там же: 5]. Некоторые упреки, обращенные к индоевропеистам, — это и упреки в том, что реконструируемое состояние объявляется ими стабильным, в то время как оно было и остается непрерывно изменчивым [там же].