Шутовская маска, которой прикрыли обезображенное побоями лицо Дмитрия, теперь оказалась главным аргументом в пользу чудесного спасения царя. «Зачем закрыли лицо царя, если подмены не было! Недаром бояре сожгли тело человека, которого они выдавали за Дмитрия, — они боялись, что их уличат в обмане», — слух полз по базарам и кабакам русской столицы, и шпионы нового царя ничего не могли с этим поделать. Схватит стража одного смутьяна, а на его месте тут же появляются двое других! Казни и пытки лишь убеждали чернь в боярском заговоре. Царь Василий Шуйский, носивший обидное прозвище Шубник из-за развернутого в его вотчинах выгодного шубного производства, не знал, что предпринять для успокоения страны. Он запутался в интригах, пробивая себе путь к престолу. «Царь Василий изолгался!» — говорили в Москве, вспоминая, как Шуйский, возглавлявший в свое время комиссию по расследованию обстоятельств гибели царевича Дмитрия в Угличе, уверял, что мальчик погиб, напоровшись на собственный нож. Затем, когда из Польши пошел на Москву победоносный претендент на престол, объявивший себя Дмитрием, Шуйский объявил, что истинный царевич спасся и лично выехал встречать польского ставленника в Тулу, готовя его торжественное вступление в Москву.
Народ мог бы простить Шуйскому прежний обман, если бы его выбрал в цари Собор, представлявший всю страну. Но кучка бояр, решившая сделать Шуйского царем, боялась проиграть и потому торопилась с утверждением его на троне. Даже среди московских бояр единства по поводу кандидатуры Шуйского не было. За депутатами в другие российские города посылать не стали. Еще не стерлась с деревянных московских мостовых кровь убитых поляков, как Шуйского провозгласила царем толпа его московских сторонников. «Другого царя князя Василия Ивановича Шуйского избрали. На этом избрании было очень мало бояр и народа; без позволения всех избрав, царя сразу представили миру», — сообщает дневниковая запись одного из поляков, находившегося в те дни в Москве. Тот же автор так рассказывает о действе, с помощью которого новый царь решил окончательно развеять слухи о спасении Дмитрия. В Углич послали комиссию, которая разыскала могилу погибшего два десятка лет назад царевича, и мощи торжественно привезли в Москву, объявив Дмитрия святым. Главным доказательством «мученичества» царевича, приблизившего его к Богу, считалась нетленность тела — и потому останки Дмитрия подменили: «…здесь бьш свежий труп. С великим обрядом проводили тело в церковь, в которой хоронят московских царей. Там надолго встали. Торжество, церемония, крестный ход со звонами возвещали о больших чудесах, творившихся около того тела. Наняли мужика, который притворился слепым, как мы узнали об этом, и когда его подвели к гробу, прозрел. Но другим — хромым, немощным — никому не помогало. Эти уловки и плутовство, которыми чернь ослепляли, продолжались до следующего дня».
Тех, кто сомневался в истинности организованных чудес, ждало суровое наказание. Патриарх объявил об отлучении от церкви особенно злостных скептиков, а колеблющимся было предложено для чтения наскоро составленное житие нового святого, в котором говорилось, что неповинным страданием убиенный царевич стяжал себе нетление и дар чудес.
Москва окончательно хоронила Дмитрия, а на южных окраинах России происходило его новое рождение. Многие города не признали власть Шуйского, отказавшись верить в смерть первого Лжедмитрия. Спасшегося царя еще никто не видел, но его именем уже начался захват территорий, верных Шуйскому. Волна восстания пошла из Северской области, пограничной с Польшей. Во главе многотысячного разношерстного войска, состоявшего из запорожских и донских казаков, беглых крестьян и мелких помещиков, встал Иван Болотников, бывший боярский холоп, испытавший и седло казачьего коня, и скамью турецкой галеры. Он объявил себя воеводой царя Дмитрия и двинул свою армию на Москву. «Убивайте бояр и дворян, берите себе их жен и дочерей!» — эти воззвания Болотникова к крестьянам и городской бедноте срабатывали лучше всяких петард, открывая перед ним ворота крепостей. Взяв город, воеводы Болотникова устраивали «народный суд» над приверженцами Шуйского. Их затаскивали на колокольни и спрашивали собравшихся внизу горожан: «Судить или миловать?» Чаще всего разъяренные массы орали «Судить», и тогда несчастного тут же сбрасывали вниз, к ногам толпы.