Новгородская верхушка была искренна в своем желании видеть на русском престоле шведского принца. Два года шведской оккупации не разочаровали горожан в заключении соглашения с Делагарди, который честно выполнял условия договора. Православная церковь не притеснялась и даже сумела построить несколько новых церквей и монастырь — невиданное явление для страны, охваченной гражданской войной, — лучшие люди от имени Карла Филиппа получали новые земельные угодья, иностранных наемников удавалось держать в узде. Шведы сохранили также низовое городское самоуправление, основу которого составляли пятиконецкие старосты, которых каждый год выбирало посадское население. Старосты заседали в Земской избе, назначали чиновников в различные городские службы — от мельниц и бань до винокурен и тюрем — и следили за их работой. Чиновничество стало главной опорой шведской администрации в Новгороде. Эта прослойка сильно разрослась в годы оккупации, подьячие и дьячки вместо прежних денежных окладов получали поместья, крепостных и дворянский статус. Бывшие «иваны» и «петры», отчества которых прежде писались с простым окончанием «сын», например Иван Самсонов сын, могли отныне пользоваться почетным окончанием «вич», подобно их главному благодетелю — «великому боярину Якову Пунтусовичу Делагарди», как шведского полководца величали в Новгороде.
Впрочем, новгородцев привлекали в шведах не столько достоинства их администрации, сколько мушкеты, защищавшие от ужасов казачьего разгула. По землям Новгородского государства бродили бесчисленные казачьи отряды, главным образом запорожцы, формально состоявшие на службе у польского короля. Этот «рыцарский военный народ польской национальности», как гордо называли себя запорожцы, отличался в своих рейдах такими немыслимыми жестокостями, что перед ними меркли похождения шведских наемников, набранных по всей Европе. Казачьи «полковники», возглавлявшие армии головорезов по тысяче и две тысячи человек, соревновались между собой в изощренной изобретательности, с которой они мучили свои жертвы. Запорожцы, к примеру, развлекались следующим образом: насыпали во рты и уши своим русским братьям по вере порох и поджигали его. Абстрактная угроза насаждения шведами лютеранства меркла на фоне подобных зверств единоверцев.
Пик запорожского нашествия на русский северо-запад пришелся на 1611 год, но постепенно шведам удалось вытеснить самые крупные отряды чубатых «лыцарей» со значительной части Новгородского государства.
Шведскими военными операциями в России после захвата Новгорода руководил фельдмаршал Эверт Горн, в то время как Якоб Делагарди вместе с воеводой Иваном Одоевским занимался административной рутиной. Прошения, челобитчики, резолюции… Все решения скреплялись подписями и печатями двух человек — Делагарди и Одоевского. Так называемый Новгородский оккупационный архив, вывезенный в Стокгольм после возвращения Новгорода России в 1617 году в сундуке, обитом красным бархатом, содержит более 30 тысяч страниц документов, которые дают представление о быте этого города при шведах. Сутки напролет работали три городских кабака, были открыты общественные бани, действовала таможня, проверявшая английские и голландские товары, поступавшие через Архангельск. Даже в эти тяжелые годы в Новгороде не переводились модницы, заказывавшие из-за рубежа западноевропейские и восточные ткани, гребни слоновой кости, зеркала, мыло «грецкое» и иглы «шпанские», а их мужья не могли отказать себе в удовольствии приобрести новые игральные карты и шахматы. Последние, по наблюдениям иностранцев, побывавших в Московии, были излюбленным развлечением русских.
Каких только дел не приходилось разбирать Делагарди и Одоевскому! Вот некий Федор жалуется на шантажиста, совратившего его в детстве, а теперь вымогающего деньги за то, что не раскроет эту интимную тайну его отцу. Макарко Гаврилов умоляет заплатить ему за изготовление 22 прикладов к мушкетам, иначе он умрет с голоду. Плавильщик с монетного двора требует наказать троих шведских солдат, которые помогли попу избить его во время кабацкой потасовки. Нищий старик помещик не смог выехать из Новгорода в свое псковское имение из-за новых границ между городами и просит дать ему один рубль на пострижение в монахи и похороны.
Среди челобитных, составляющих значительную часть документов «Новгородского архива», большинство касается так называемых «измен». Шведы запретили населению покидать оккупированную территорию без особого на то разрешения, опасаясь, что это приведет к падению сбора налогов. Одним из инструментов удержания дворян в новгородских границах стала круговая порука: помещики были вынуждены давать так называемые «поручные записи» друг на друга, ручаясь своей собственностью и свободой, что такой-то человек не отъедет за новгородский рубеж, а, проживая в указанных ему пределах, «в мире никаких смутных речей никому» не станет говорить. За неисполнение этих обещаний «порутчики» несли наказание: «и на нас порутчиках пеня пресветлейшего и высокорожденного государя королевича и великого князя Карлуса Филиппа Карлусовича, и наши порутчиковы головы в их головы место».