Небольшое отступление: приказом наркома обороны от 29 июля 1941 года № 0061 (подписан лично И. В. Сталиным) при Главном артиллерийском управлении Красной армии был создан отдел специального артиллерийского вооружения, начальник которого одновременно являлся заместителем начальника Главного артиллерийского управления Красной армии по специальному артиллерийскому вооружению. Перед отделом специального артиллерийского вооружения были поставлены следующие задачи:
а) формирование и боевая подготовка специальных частей, вооруженных машинами М-8 и М-13, и инспектирование частей, действующих на фронте;
б) обеспечение вновь формируемых частей материальной частью, боеприпасами и специальным артиллерийским вооружением;
в) снабжение действующих на фронте специальных частей материальной частью и боеприпасами;
г) организация валового производства и военной приемки материальной части и специальных артиллерийских выстрелов;
д) ведение опытных работ, обеспечивающих как упрощение валового производства, так и дальнейшее развитие специального вооружения.
Заместителем начальника ГАУ Красной армии и начальником отдела специального артиллерийского вооружения был назначен военинженер 1-го ранга В. В. Аборенков.
Первые полки и батареи полевой реактивной артиллерии были непосредственно подчинены Ставке Верховного главнокомандования. Материально-техническое обеспечение и руководство их боевой подготовкой в августе 1941 года были возложены на начальника Главного артиллерийского управления.
8 сентября 1941 года Государственный Комитет Обороны принял решение о создании специальных органов управления полевой реактивной артиллерией во главе с командующим и военным советом гвардейских минометных частей. Командующий гвардейскими минометными частями, он же заместитель наркома обороны, подчинялся непосредственно Ставке Верховного главнокомандования. На него возлагалась ответственность за формирование и боевую подготовку частей, за обеспечение их вооружением, автотранспортом и боеприпасами. Он контролировал и боевое применение этого нового вида артиллерии, отвечал за сохранение боевой техники и боеприпасов. Командующим гвардейскими минометными частями был назначен военинженер 1-го ранга (с 19 января 1942 года — генерал-майор артиллерии, с 25 марта 1943 года — генерал-лейтенант артиллерии) Василий Васильевич Аборенков; членами военного совета — полковой комиссар (с 1 декабря 1941 года — бригадный комиссар, с 24 марта 1942 года — дивизионный комиссар, с 25 июля 1942 года — генерал-майор артиллерии) Петр Алексеевич Дегтярев, начальник отдела общего машиностроения Управления кадров ЦК ВКП(б) (генерал-майор артиллерии) Лев Михайлович Гайдуков, секретарь Московского областного комитета партии Николай Павлович Фирюбин. Начальником штаба был полковник (с 4 марта 1942 года — генерал-майор артиллерии) Александр Андреевич Быков, начальником оперативно-инспекторского отдела — полковник (с 31 марта 1943 года — генерал-майор артиллерии) Павел Гаврилович Любимцев. Командующему гвардейскими минометными частями подчинялось также Главное управление вооружения, которое возглавлял военинженер 1-го ранга (с 7 декабря 1942 года — генерал-майор инженерно-артиллерийской службы) Николай Николаевич Кузнецов.
Верховный главнокомандующий И. В. Сталин лично утверждал распределение гвардейских минометных частей по фронтам, планы производства боевых машин и боеприпасов, а также план формирования новых полков. Поэтому деятельность штаба командующего ГМЧ и Главного управления вооружения была очень напряженной. Командующий и члены военного совета должны были в любое время суток иметь исчерпывающие сведения по всем вопросам. В штабе, управлении и отделах было установлено непрерывное дежурство. Место нахождения каждого работника всегда было точно известно оперативному дежурному.
29 апреля 1943 года решением Государственного Комитета Обороны гвардейские минометные части были переданы в оперативное подчинение командующему артиллерией Красной армии маршалу артиллерии Н. Н. Воронову. Обособленность управления и снабжения была сохранена, так как центральные органы управления гвардейских минометных частей успешно справлялись со своими задачами. Решение Государственного Комитета Обороны способствовало более тесному взаимодействию гвардейских минометных частей с артиллерийскими и, одновременно, обязывало командующих артиллерией фронтов и армий изучать особенности боевого применения, знать их состояние. Такие организационные мероприятия постепенно подготавливали необходимые условия для объединения ГМЧ с артиллерией. Командующим гвардейскими минометными частями Красной армии был назначен генерал-майор артиллерии (с 28 сентября 1943 года — генерал-лейтенант артиллерии) П. А. Дегтярев, его заместителем генерал-майор артиллерии П. Н. Кулешов, членом военного совета — генерал-майор артиллерии Л. М. Гайдуков. Они возглавляли ГМЧ до конца войны.