Большое внимание Нестеренко уделял непосредственной связи с НИИ, КБ и предприятиями промышленности, где проходили подготовку офицеры-испытатели. Он осуществлял связь с Генштабом и аппаратом МО по вооружению, решал организационно-штатные вопросы, занимался главными проблемами перспективного развития Байконура, проявлял недюжинные способности хозяйственника, предвидя и устраняя многие сложности, вызванные недостатками проекта, контактируя с авторами проекта, вникая до мелочей во все вопросы планирования, строительства, быта, обеспечения и культуры.
Алексей Иванович был простым и доступным человеком для всех без исключения, не проявлял никакого чванства и высокомерия. Он был контактен и бесконфликтен, хорошо ладил со своими заместителями и начальниками. Как опытный организатор и деятельный руководитель, он вникал во все мелочи, влияющие на жизнь и работу подчиненных ему людей. Умелый учитель и воспитатель, он находил нужные слова и ключи к их душам. Требовательный к себе и подчиненным, он умел выслушивать их мнение и использовать рациональное зерно в своей работе. Особенно тепло он относился к молодежи, часто выступал на комсомольских собраниях, встречался со школьниками, солдатами, молодыми офицерами и откликался на все их чаяния и запросы. Его уважали и любили все, кто его знал.
Большинство ветеранов Байконура считают, что Алексей Иванович был достоин звания Героя Советского Союза. Но сам Нестеренко не был честолюбивым человеком, он никогда не требовал должность повыше, воинское звание посолиднее, хотя безусловно этого заслуживал. Он неоднократно говорил: «Лучше прожить год-два лишних, чем получить еще одну звезду или должность».
При Нестеренко был построен полигон в составе: сооружение № 1 площадки № 2 — старт ракеты Р-7, в обиходе называемый площадкой № 1 (хотя настоящая площадка № 1 находилась в 2,5 километра от старта и была жилой площадкой строителей); сооружение № 2 площадки № 2 — подземный бункер (командный пункт, пункт подготовки и управления пуском ракеты Р-7); сооружение № 3 площадки № 2 — техническая позиция сборки и испытаний ракеты Р-7, головной части или ИСЗ, называемая монтажно-испытательным корпусом площадки № 2 (МИК-2). Недалеко строился МИК-2а. На площадке № 18, в полутора километрах от старта был построен измерительный пункт № 1 (ИП-1), подвижные станции которого обеспечивали телеметрические измерения в МИКе, на старте, на активном участке и части пассивного участка траектории полета ракеты. На 2-й площадке был построен жилой городок.
К МИКу и старту были подведены железная дорога от станции Тюра-Там и бетонная шоссейная дорога от жилой площадки № 10 (более 30 километров до 2-й площадки). Кроме того, по трассе полета ракеты построено еще восемь измерительных пунктов в Казахстане на расстоянии от 30 до 800 километров от старта и шести измерительных пунктов на Камчатке — на расстоянии около 6500 километров от старта. Оборудована база падения первой ступени в районе Ладыженки в Казахстане и база падения головных частей на Камчатке. Все это было построено и начало работать менее чем за два года. На 2-й площадке был выстроен жилой городок, который при Нестеренко состоял из бараков и землянок, сборно-щитовых домиков для С. П. Королева и маршала артиллерии М. И. Неделина, а также пожарного депо и столовой.
Жилой площадке № 10, которая носила неофициальное название «поселок Заря», указом Президиума Верховного Совета Казахской ССР 29 января 1958 года было присвоено название «поселок Ленинский». Барачный «Шанхай», которым был первоначально жилой поселок, стал приобретать характер поселка городского типа. Были построены первые трехэтажные капитальные дома офицерского состава, четырехэтажная 30-я школа, двухэтажная вторая столовая, трехэтажное офицерское общежитие на улице Садовой (Носова), 5. Достраивалась ТЭЦ. Работали два энергопоезда. Были разбиты два парка — солдатский и комсомольский, посажены деревья на улицах и во дворах, причем за каждое дерево был ответственный и дежурный, обеспечивающий полив по расписанию. Все дороги поселка были заасфальтированы, все улицы освещены фонарями. Ночью длинная цепочка фонарей стрелой уходила в бесконечность. Был построен аэродром с металлической полосой вблизи площадки № 9 для приема самолетов Ли-2. Были созданы метеостанция, ионосферная станция, приемный и передающий центры. И это лишь неполный перечень того, что было сделано в районе старта на полигоне при Нестеренко.