Генералы и офицеры Научно-технического комитета работали в составе уставной группы Генерального штаба, разрабатывавшей Наставление по особенностям боевых действий войск в условиях применения атомного оружия, Наставление по ведению армейских операций, проект Полевого устава Вооруженных сил СССР (корпус — дивизия). В 1964 году вышло в свет подготовленное Наставление по полевой службе штабов, единое для штабов объединений, соединений и частей Сухопутных войск, войск ПВО и Военно-воздушных сил.
Во всем этом Алексей Иванович принимал самое активное участие. Но главными для него оставались Ракетные войска, оснащение их самыми современными образцами вооружения и боевой техники.
Не секрет, что главные конструкторы — разработчики ракетных комплексов вели жесткую конкурентную борьбу. В начале 1960-х годов значительно укрепились позиции В. Н. Челомея. За короткий временной период вышло более пятидесяти постановлений правительства о разработке в его конструкторском бюро систем и комплексов вооружения «всех видов Вооруженных Сил страны». Под эти разработки ему передали два из пяти конструкторских бюро Министерства авиационной промышленности (КБ Лавочкина, в котором работал сын Н. С. Хрущева Сергей, и КБ Мясищева), а также крупнейший завод имени Хруничева.
Назначенный начальником Генерального штаба Маршал Советского Союза С. С. Бирюзов поручил Научно-техническому комитету Генерального штаба изучить состояние дел с разработкой в КБ Челомея заданных постановлениями правительства образцов вооружения и представить ему доклад по этому вопросу. Подготовку такого доклада поручили группе НТК Генштаба во главе с Нестеренко. Алексей Иванович отнесся к поручению ответственно. Изучение вопроса показало, что ни одна из заданных разработок в установленные сроки не была выполнена, а большая часть их даже не начиналась. Многие задания не были доведены до коллективов, которые должны были заниматься этими разработками.
После начала работы группы Челомей начал нервничать, отказался от разговора с Нестеренко, а затем, пригласив своего секретаря, приказал срочно вызвать к нему доктора, так как «прибывшие товарищи своим поведением серьезно навредили его здоровью». Несмотря на все уловки Челомея и его команды, начальнику Генерального штаба был представлен объективный доклад. Разразился скандал, потому что до этого времени ряд представлений Министерства обороны и промышленности блокировался в правительстве со ссылкой на то, что подобные разработки ведутся уже в КБ Челомея. Было предложено вопрос о состоянии работ в КБ Челомея вынести для рассмотрения в Совет обороны страны. Однако Челомею удалось избежать неприятного разговора на заседании Совета обороны.
Мало того, ЦК КПСС и Совет министров спустя некоторое время приняли постановление из трех пунктов:
принять предложение генерального конструктора В. Н. Челомея о разработке ракетного комплекса с ракетой УР-100;
работы по комплексу с ракетой Р-37 КБ «Южное» прекратить, а конструкторские разработки, результаты лабораторной и стендовой отработки узлов и агрегатов ракеты Р-37 передать из КБ «Южное» в КБ Челомея;
министерствам авиационной промышленности и обороны в месячный срок представить в ЦК и Совмин план мероприятий, обеспечивающих разработку комплекса с ракетой УР-100 в короткие сроки.
Для спасения положения дел в НТК ГШ было созвано совещание всех главных конструкторов, участников разработки комплекса УР-100, включая и М. К. Янгеля. На совещании принято согласованное совместное решение — сделать все возможное и невозможное для успешной разработки этого комплекса. На совещании с рядом конкретных деловых предложений выступил и генерал-лейтенант А. И. Нестеренко.
Этот этап деятельности Нестеренко хорошо иллюстрируют аттестации, выданные ему Генеральным штабом Вооруженных сил.
«АТТЕСТАЦИЯ
За период с ноября 1950 года по ноябрь 1962 года на члена Научно-технического комитета Генерального штаба генерал-лейтенанта артиллерии НЕСТЕРЕНКО Алексея Ивановича
Генерал-лейтенант артиллерии НЕСТЕРЕНКО А. И. из 37-летнего пребывания в рядах Советской Армии примерно половину прослужил в строевых частях артиллерии, занимая последовательно должности от командира огневого взвода до заместителя командующего артиллерией округа. Участник боев в Маньчжурии в 1929 году и с белофиннами в 1939 году. В Великой Отечественной войне участвовал с 1941 по 1945 год на Западном, Южном, Закавказском, Брянском и 2-м Прибалтийском фронтах в должности начальника оперативной группы фронта и заместителя командующего артиллерией фронта по гвардейским минометным частям. Боевыми аттестациями характеризуется как способный генерал, с хорошей оперативно-тактической подготовкой, с высоко развитым сознанием долга, с разумной инициативой, смелым и решительным, дисциплинированным и требовательным командиром. За участие в боевых действиях награжден 7-ю орденами. После войны генерал НЕСТЕРЕНКО А. И. 5 лет работал начальником Научно-исследовательского института реактивного вооружения (НИИ-4), 2 года — начальником факультета академии им. Дзержинского и 3 года — начальником Научно-исследовательского и испытательного полигона Ракетных войск. На всех этих должностях он проявил большую инициативу, настойчивость и исключительную добросовестность и зарекомендовал себя хорошим руководителем, способным организовать работу больших коллективов людей и своевременно решать поставленные задачи.