Все споры закончились 18 апреля 1942 года. В этот весенний день с борта самолета, на котором находился премьер-министр Японии генерал Тодзио, совершавший инспекторскую поездку, на подлете к порту Мито прямо по курсу обнаружили летящий впереди бомбардировщик, закамуфлированный в непривычные для японцев зелено-коричневые тона. Потребовалось несколько мгновений, чтобы все находящиеся в самолете премьер-министра Японии с ужасом убедились, что перед ними неизвестно откуда взявшийся бомбардировщик противника. Это был один из шестнадцати бомбардировщиков В-25, участвовавший в знаменитом рейде на Японию под командованием подполковника Джемса Дулиттла. Рейд потряс всю Японию, население которой впервые за всю войну смогло убедиться в мощи Америки. Конечно, особого материального ущерба доблестные летчики Дулиттла причинить противнику не могли, но морально-психологический эффект был огромным. И никто не был так потрясен этим событием, как адмирал Ямамото, считавший себя ответственным за безопасность императора. Если учесть почти религиозное преклонение японцев перед микадо, то можно понять, что пережил главнокомандующий Объединенным флотом, запершись в тот день в своей каюте на "Ямато". Старший вестовой адмирала Оми впоследствии рассказывал, что никогда не видел Ямамото столь бледным и подавленным.
Налет бомбардировщиков Дулиттла окончательно положил конец дискуссиям. Идея решительного сражения отступила на второй план перед идеей увеличения оборонительного периметра. Позднее офицеры, служившие с адмиралом Ямамото, уверяли, что желание обезопасить столицу от повторного воздушного нападения стало навязчивой идеей адмирала, которой он подчинял многие свои поступки. Не веря в то, что двухмоторные бомбардировщики базовой авиации могли подняться с палуб замеченных накануне авианосцев противника, Ямамото считал, что единственным местом, откуда они могли вылететь, был атолл Мидуэй, и категорически потребовал захвата этого "разбойничьего гнезда". После всех этих драматических событий Морской Генеральный штаб уже не осмелился возражать.
Начальник оперативного отдела штаба Объединенного флота капитан 1-го ранга Камето Куросима смог снова окунуться с головой в свою любимую работу. В его обязанности входила детальная разработка планов операций, и, по общему мнению, он был рожден для этого дела. Весь смысл своей жизни капитан 1-го ранга Куросима видел в этой работе. Занимаясь разработкой операции, он мог по несколько дней не выходить из своей каюты: он то сидел на линолеуме, зарывшись в бумаги, то размышлял в полной темноте, выкуривая при этом одну сигарету за другой и швыряя окурки в большую, наполненную водой вазу, поскольку никакая пепельница не могла вместить такого количества окурков и табачного пепла. Работая, Куросима забывал обо всем. Рассказывали, что он даже спал, не снимая ботинок, за что заслужил не очень лестное прозвище "боке-самбо" (неряха). Адмирал Ямамото смотрел сквозь пальцы на все странности Куросимы, разделяя общее мнение, что этот офицер - "Бог оперативных разработок".
Разработанный капитаном 1-го ранга Куросима план захвата Мидуэя был достоин своего создателя, напоминая сложный военно-морской балет. Для дезориентации противника к осуществлению плана привлекались 16 отдельных соединений флота, которым были поставлены, на первый взгляд, совершенно самостоятельные задачи, но чьи действия подчинялись единой цели и координировались из одного центра. Весь план строился вокруг так называемого дня N, назначенного для высадки десанта на Мидуэй. В день N - 3 (день N минус три дня) адмирал Хосогая должен был начать представление атакой на Алеутские острова, отвлекая внимание противника от направления главного удара. Затем, в день N - 2, адмирал Нагумо со своим сверхмощным ударным соединением из шести авианосцев должен был подойти к Мидуэю с северо-запада и нанести удар по атоллу, уничтожив опорные пункты и авиацию противника. Наконец, в день N к Мидуэю должны были подойти силы вторжения и, действуя под прикрытием линейных кораблей адмирала Кондо и авиации Нагумо, высадить десант на атолл. А между тем ядро флота, могучие линейные корабли под командованием самого адмирала Ямамото, должны были находиться в 300 милях позади сил вторжения с тем, чтобы перехватить американский флот, когда тот поспешит к Мидуэю. Севернее корабли, прикрывающие соединение адмирала Хосогая, должны были находиться в позиции, позволяющей быстро присоединиться к соединению Ямамото в случае появления американского флота. Для полного обеспечения операции план Куросима предусматривал развертывание двух завес подводных лодок между Мидуэем и Гавайскими островами. Подводные лодки должны были вести наблюдение за движением американского флота и, по возможности, атаковать корабли противника.
Вскоре разработанный в унылой, прокуренной каюте капитана 1-го ранга Куросима план захвата Мидуэя был отдан на доработку в оперативный отдел штаба, где им занялись флагманские специалисты Объединенного флота. Флагманский связист капитан 2-го ранга Есиро Вада думал о лучших способах обеспечения связи на безбрежных просторах океана, капитан 2-го ранга Акира Сасаке разрабатывал инструкции для летчиков, капитан 2-го ранга Ясуро Ватанабе обдумывал различные тактические варианты. Очень много приходилось думать об обеспечении и поддержке десантных соединений.
Адмирал Ямамото часто работал вместе со своими офицерами. Для Ямамото штаб не являлся "мозговым центром", чьи советы должны были питать оперативную мысль командующего. Он видел в своем штабе лишь исполнительный орган для воплощения в жизнь принятых им решений.
Иногда адмирал устраивал совещания со своими штабными офицерами. В такие дни столы в оперативной рубке сдвигались вместе, офицеры рассаживались на коричневом диване, который шел вдоль переборок рубки, на стол ставилась коробка с сигарами, вестовые приносили сыр и великий символ победы - бутылки виски "Джонни Уокер", большой запас которых был захвачен в Сингапуре. Адмирал Ямамото не пил и не курил, но никогда не навязывал своего образа поведения другим. Адмирал был прост в обращении, внимателен к своим офицерам, ценил юмор в себе и в других. И хотя вся жизнь адмирала принадлежала службе (никто ни разу не видел Ямамото в штатском костюме), он, военный до мозга костей, имел свои слабости: был неравнодушен, как уже говорилось, к азартным играм, считался сладкоежкой, любил пофлиртовать с дамами. Все это делало адмирала Ямамото более человеком из плоти и крови, нежели национальным монументом, каким его представляют сейчас.