В сентябре 1992 года в Москву прибыла делегация из семи французских высокопоставленных масонов Великой Национальной Французской Ложи (в их числе были М.В. Гардер и великий секретарь Ив Трестурнель), которая 7 (8) сентября 1992 года инсталлировала, уже в Москве, регулярную ложу «Гармония», получившую в списке Великой Национальной Французской Ложи № 698.
В 1992–1993 годах в союзе Великой Национальной Ложи Франции были основаны новые ложи: в Москве — «Лотос» (12 октября 1993 г.), в Санкт-Петербурге — «Новая Астрея» (с 1995 года — «Астрея»), в Воронеже — «Гамаюн».
Рост числа «регулярных» масонов в России происходил благодаря посвящению новых членов и регуляризации масонов из союзов Великого Востока Франции и Великой Ложи Франции. Например, в 1994 году перешли в регулярный масонский союз многие члены харьковской «Геометрии» и петербургского «Сфинкса», в 1996 году московской «Северной Звезды»; 18 октября 1997 года произошла регуляризация архангельской «Полярной Звезды».
11 июня 1993 года Управление юстиции г. Москвы выдало свидетельство за № 2743 о регистрации устава общественного объединения «Великая национальная ложа».
В качестве своих основных целей данная организация провозглашала «нравственное совершенствование людей, развитие духовного потенциала личности, утверждение в своей практике идеалов мира, любви и братства».
Таким образом, масонство в России стало легальной организацией, что позволило Великой Национальной Французской Ложе, вслед за образованием Великих Лож в Габоне, Кот д’Ивуар, Того и Бенине приступить к созданию подобной организации и в России.
Первая Великая Ложа России (ВАР) была основана Великой Национальной Ложей Франции 24 июня 1995 года. В ее состав вошло 5 законно учрежденных символических мастерских.
На церемонию создания этой уже независимой Великой Ложи приехала большая делегация из Франции: великий мастер Великой Национальной Французской Ложи Клод Шарбонье, З.-А. Петрашевский, русские члены парижских лож А.А. Римский-Корсаков, Н.В. Горчаков, В.В. Успенский, B.C. Шидловский, С.С. Пельтцер, Н.М. Яшвиль, К.Н. Котляров и другие. Последний из упомянутых для этой торжественной церемонии перевел на русский язык специальный ритуал создания Великой Ложи. Сама торжественная церемония была проведена в одном из залов Центрального Дома работников искусств.
Появилась в России и вся структура мастерских высших степеней «Древнего и Принятого Шотландского Устава». Это — ложа совершенствования «Сократ» (4– 14-я степени, основана 15 июля 1993 года) (№ 902 в регистре Великой Национальной Ложи Франции), суверенный капитул розенкрейцеров «Роза России» (18-я степень, основан 16 июля 1993 года) (№ 903), ареопаг «Святой Георгий» (30-я степень, основан 17 июля 1993 года) (№ 904), трибунал «Озирис» (31-я степень, основан 3 мая 1993) (№ 910), консистория «Михаил Гардер» (32-я степень, основана 15 (14) мая 1994 года) (№ 911).
6 июля 1996 году десять русских масонов, посвященных еще М.В. Гардером в высшую, 33-ю степень Древнего и Принятого Шотландского Устава, составили Верховный Совет России. Таким образом, регулярное масонство в России состоялось полностью.
О влиянии Великой Ложи и Верховного Совета России свидетельствует тот факт, что, почти сразу после образования, они были признаны масонскими организациями подавляющего большинства стран мира, в том числе Великой «материнской» ложей Англии (ОВЛА) и первыми по времени основания Верховными Советами.
Основание Великой Ложи и Верховного Совета России повлияло на углубление кризиса русских лож Великого Востока Франции. За чередой новых регуляризаций бывших «либеральных» масонов стало очевидно, что планы по созданию Великого Востока России несостоятельны.
В ноябре 1996 года, после рассмотрения сложившейся ситуации, Великий Восток Франции постановил закрыть все свои ложи в России, однако в середине 1997 года вновь открыл ложу, получившую название «Москва», а летом 1998 года разрешил продолжить работы в ложе под традиционным названием «Северная Звезда».
Кризис переживало и масонство союза Великой Ложи Франции. Так, к 1997 году фактически прекратила свои работы московская ложа «Лютеция», и в составе этого «послушания» осталась лишь одна ложа «Николай Новиков» (Москва).
Начиная с 1991 года немецкое, итальянское, австрийское и финское масонство также начало активно проникать и на территорию бывших республик СССР.
Масонские ложи были открыты в Клайпеде, Вильнюсе, Таллинне, Риге, Львове, Киеве, Кишиневе, Одессе. Руководитель Великой Регулярной Ложи Италии, профессор Дж. Ди Бернардо открыл первые ложи в Кишиневе (июнь