В попытках доказать существование секретного общества пускаются в ход старые доводы бэконианцев относительно криптограмм, имеющихся-де в тексте первого издания Собрания сочинений Шекспира, так называемого первого фолио, опубликованного в 1623 г. К прежним домыслам добавляются новые «аргументы», основанные на открытии тайных знаков и непонятных для непосвященных эмблем, якобы ставившихся на титульных листах произведений как самого Бэкона, так и Шекспира и других писателей, имена которых служили псевдонимами для участников секретного союза. Часть бэконианцев считает, будто в первом фолио содержится зашифрованное признание того, кто являлся их подлинным автором. Еще в 1888 г. американский политик из штата Миннесота И. Доннели опубликовал наделавшую много шума книгу «Великая криптограмма». Путем совершенно произвольного набора цифр, якобы указывающих место на соответствующих страницах и в строках тех слов, которые составляют закодированные послания, Доннели «открыл» следующее признание: «Шекспир никогда не написал ни слова в них» (пьесах). Используя ту же методику, Д. Д. Пайл в работе «Малая криптограмма» «вычитал» из текста шекспировского первого фолио совсем иное: «Доннели, автор, политик и шарлатан, раскроет тайну этой пьесы». Другой оппонент Доннели, А. Николсон, тоже пользуясь его приемами, прочел на тех же страницах фолио пять раз одну и ту же фразу, а именно, что пьесы написаны Шекспиром.
По мнению некоторых бэконианцев, Энтони Бэкон, годами болевший, не скончался вскоре после мятежа своего покровителя графа Эссекса, 27 мая 1601 г., как это обычно считается, а прожил еще восемь лет. Это «доказывается» намеками, которые якобы встречаются в сонетах и драмах Шекспира50. Умер же Энтони Бэкон будто бы в 1609 г., поскольку его брат писал в конце этого года своему близкому знакомому Тоби Мэттью о скорби в связи с кончиной «вашего и моего доброго друга Э. Б.»51. Однако информации, которая содержится об этом Э. Б. (его роли в переписке Фрэнсиса Бэкона с друзьями), явно недостаточно для отождествления его с Энтони Бэконом. Сообщая о смерти какого-то близкого ему лица с инициалами Э. Б., Фрэнсис Бэкон мог не связывать ее с братом, скончавшимся уже более восьми лет назад. «Часто, — пишет О. В. Драйвер, — задают вопрос: «Если Уильям Шекспир не написал ни одной пьесы, почему никто из современников не заподозрил этого?» Для всех, изучавших имеющиеся данные, ответ однозначен. Многие подозревали это, но среди членов секретного общества, которое включало бóльшую часть литературной Англии, существовал «заговор молчания»…»52
Духовник короля Якова I Джозеф Глэнвиль передает, что Бэкон создал общество для осуществления своих любимых идей. Миссис Потт и ее единомышленниками была выдвинута гипотеза о том, что Фрэнсис Бэкон изложил идеалы Братства розенкрейцеров в утопии «Новая Атлантида» (1624), изданной посмертно, в 1627 г. Эта гипотеза подкреплялась утверждением, будто Бэкон передал наследие розенкрейцеров масонам. Подобные домыслы были изложены, в частности, в книге У. Уигстона «Бэкон — Шекспир и розенкрейцеры» (1888). В ней Уигстон напоминает о сочинении Джона Гейдона «Путешествие в страну розенкрейцеров» (1660), являющемся пересказом «Новой Атлантиды» Бэкона, в котором слово «ученый» заменено на «розенкрейцер». Уигстон подает книгу Гейдона не как беллетристическое произведение, а как действительную историю общества розенкрейцеров, возглавлявшегося Бэконом. Автор сравнительно недавно вышедшей работы «Розенкрейцеровское просвещение» Ф. Иетс считает, что бэконовская утопия «Новая Атлантида» является конкретизацией манифестов розенкрейцеров, но нет сведений, что сам он принадлежал к этому или какому-либо другому ордену 53.
Утверждают, будто в «Новой Атлантиде» воспроизводятся символы розенкрейцеров, которые потом были заимствованы у них масонами, — солнце, луна, звезда, куб, угломер. А вот среди самих знаков и символов надо обнаружить изобретенные Бэконом с целью ввести в заблуждение того, кто хотел бы проникнуть в тайны общества. А. Вебер-Эбенхоф, считавший Бэкона сыном королевы Елизаветы I и графа Лейстера, приписывавший ему произведения Шекспира, а также многих других писателей-современников (Кида, Грина, Спенсера, Нэша и даже «Дон Кихота» Сервантеса), в книге «Бэкон - Шекспир - Сервантес» «разъяснял», что знаменитый философ не умер в 1626 г. в возрасте 65 лет. Это была лишь ловкая инсценировка. При раскопках в его могиле в церкви святого Павла в Сен-Олбене была найдена свинцовая кукла. Кроме того, на надгробии Бэкона написано по-латыни: «Бэкон обычно сидел здесь» — вместо традиционного: «Здесь покоится». По мнению Вебер-Эбенхофа, это юмористический намек на мнимую смерть Бэкона. После 1626 г. он якобы провел еще четыре с лишним десятилетия в чайном убежище розенкрейцеров и дожил до 106 лет. Вебер-Эбенхоф ссылается на биографию Бэкона, изданную в 1645 г. Мозером. В ней имеются четыре гравюры, изображающие Бэкона в разные периоды его жизни. На последней — глубокий старик в монашеском одеянии.