Но Саргассо таит в себе и опасность. Сочетание густых водорослей в спокойной воде, окруженной океанскими течениями, означает, что он особенно склонен к накоплению пластика и другого мусора. Такие материалы могут быть перенесены на тысячи километров через Атлантический океан, а затем застрять в саргассовых водорослях, где они могут быть съедены или травмированы морскими животными. Химические вещества, такие как мышьяк и ртуть, также могут накапливаться в водах с саргассумом и, подобно пластиковым частицам, в конечном итоге попадать в пищевой цикл, вплоть до человека. Впервые североатлантическое мусорное пятно было обнаружено здесь в 1972 году и с тех пор продолжает расти, растянувшись сегодня на несколько сотен километров. А океанические течения, образующие гир, действуют как сдвигающиеся стены, не позволяющие детриту вырваться наружу, и представляют собой границу в дополнительном смысле. Среди других антропогенных угроз - чрезмерный вылов различных видов тунца и марлина по обе стороны Атлантики, а также опасность, связанная с судоходством, например, сброс сточных вод, нефти и смолы. Демаркация границ Саргассо, хотя бы приблизительная, стала важнейшим условием многосторонних усилий по охране природы в последние два десятилетия. К сожалению, это представляет собой серьезную проблему.
Отправной точкой в попытках составить карту Саргассо, как правило, является циркулирующий по часовому механизму Североатлантический гир, который ограничивает море. К западному краю гира примыкает остров Бермуды,который представляет собой самую северную точку Бермудского треугольника, еще одного нечетко определенного региона, печально известного необычными исчезновениями самолетов и кораблей, и который фактически граничит с Саргассовым морем. Проблема в том, что сила океанских течений колеблется в течение года, поэтому они не представляют собой стабильных границ и, следовательно, не могут быть прямолинейно проведены в виде линии; в лучшем случае, любая линия должна следоватьсреднему расположению этих смещающихся течений. Особенно сложно определить восточную границу Саргассова моря, так как Канарское течение относительно рассеяно и слабо. Иногда для решения этой проблемы используется Срединно-Атлантический хребет, где Североамериканская тектоническая плита отходит от своих евразийских и африканских собратьев. Дополнительную сложность представляют эдди - небольшие круговые течения воды, которые помогают сгладить разрыв между спокойной водой внутри гира и сильными течениями, которые его образуют.
Еще один аспект, который необходимо учитывать при составлении карты Саргассова моря, - это наличие в нем одноименного растения саргассум, но обычные методы, такие как спутниковая съемка, обычно способны обнаружить его только в высокой плотности у поверхности моря, в то время как его скопления могут перемещаться далеко за пределы гира. Несмотря на то, что саргассум наиболее распространен в Саргассовом море, иногда его выбрасывает на пляжи по обе стороны Атлантики, что подрывает местную туристическую экономику, поскольку при его разложении появляется запах тухлых яиц. Кроме того, ее пространственная протяженность колеблется в течение года и, возможно, в течение более длительных периодов времени. Следовательно, водоросли сами по себе не являются эффективной видимой границей аморфного Саргассо. Распределение мест нереста угря, теплых водных масс и участков с особенно соленой теплой водой - вот другие критерии, которые иногда рассматриваются в попытках отличить Саргассово море от широкой Атлантики.