Такая политика по сути мало, чем отличалась от отношения государства Романовых к религии самих старых великорусов — древлеправославию, названному «расколом». Однако если гонения против татар-мусульман и староверов носили религиозно-социальный характер, то башкирский народ вел войну буквально за жизненное пространство и выживание как этносоциальный организм. И ее причины были не столько идеологическими, сколько экономическими в виде классического капиталистического колониализма империи, эпицентром и ресурсно-промышленной базой которого стал Урал. Тут фактически — примерно одновременно с ней — формируется русский аналог британской Ост-Индийской компании в виде настоящей империи Строгановых. Развитие их производства, разработка новых источников сырья требуют присвоения земель, которые башкиры воспринимают как свои вотчинные. Хотя, следует отметить, что отношения башкир с Россией складывались негладко с самого начала, как потому, что их присоединение к ней было не таким уж добровольным (точнее, консенсусным внутри самих башкир), так и потому, что характер этого присоединения башкиры и русские цари видели по-разному. Для башкир оно, если и было приемлемо, то только как вассалитет или союз, Россия же последовательно стремилась распространить на их земли свою власть. Как следствие, чисто башкирские восстания почти не прекращаются два века: 1572, 1581, 1616, 1645, 1662–1664, 1681–1684, 1704–1706, 1707–1708, 1709–1710, 1711, 1735–1736, 1737–1738, 1739–1740 и до 1755–1756 гг.
Действия российских сил по подавлению этих восстаний зачастую сопровождались классическим геноцидом, пусть и не всего башкирского народа, но отдельных его частей. Вот как очевидец этих событий русский чиновник и историк П. Рычков описал действия российских сил (кстати, при участии верноподданных тюрок и под руководством такового — Тевкелева «Алексея Михаловича», урожденного Кутлу-Мухаммеда) в башкирской деревне Сеянтус: «…близ тысячи человек с женами и с детьми их во оной деревне перестреляно, и от драгун штыками, а от верных башкирцев и мещеряков копьями переколото. Сверх того сто пять человек забраны были в один амбар и тут огнем сожжены. …И таким образом вся деревни Сеянтус жители с их женами и с детьми от мала до велика чрез одну ночь огнем и оружием погублены а жилища их в пепел обращено». По официальным данным, после подавления восстания 1735–40 гг. было убито 16 тыс. повстанцев, продано в рабство и сослано — 14 тыс., не считая тысяч тех, кому в назидание «просто» отрезали уши, язык и нос.
Схожей, хотя, возможно, менее брутальной в силу относительной кровно-религиозной общности была история отношений России и вольных казаков до того, как их удалось жестко встроить в российский государственный механизм. Наступление на казачью вольницу начинается с Бориса Годунова и приводит к серии казачьих восстаний по аналогии с башкирскими. Именно казаки на первом этапе стали ударной силой воображаемого Дмитрия I, который мобилизовал их обещаниями восстановить прежние вольности и привилегии, существовавшие при Рюриковичах. Казаки же были ударной силой и восстания Болотникова, который и сам был, если не урожденным казаком, то в значительной степени ментально оказаченным. Казачьими же по своим природе и целям, вопреки советской мифологии, представляющей их «крестьянскими», были восстания Разина и Булавина.
Однако империя относительно успешно нейтрализует разрозненные восстания: казачьи, башкирские и смешанные мусульманские, такие как восстание Батырши. Весьма интересным по своему характеру является такое малоизвестное событие как заговор сибирского губернатора Матвея Гагарина из рода Рюриковичей, планировавшего создать в Сибири независимое королевство, воцарив в нем правящий дом своих праотцов, и казненного за это Петром I Романовым. В этой истории показательно то, что в одном (хотя, признаем, что достаточно неоднозначном) лице соединяются две столь разные идеи как русский сибирский сепаратизм и реваншизм Рюриковичей, оттесненных от правления своим родовым уделом Романовыми.
Но ни одна из этих разрозненных попыток не смогла остановить железную поступь московско-петербургской империи, максимум замедляя ее на непродолжительное время, а то и ускоряя, как в некоторых случаях. Однако в 1773–1775 гг. происходит эпохальное событие — антиколониальная война коренных народов России — Северной Евразии против Петербургской империи во главе с Софией Августой Фредерикой Ангальт-Цербстской, более известной как Екатерина II («Великая»).