В сентябре 1941 года с Вилли встретился сотрудник органов госбезопасности и предложил вернуться в НКВД. Нелегко было решиться принять это предложение, но его убедили, что обстановка в органах сейчас иная и его опасения совершенно излишни. Вилли был зачислен во вновь созданное подразделение, занимавшееся организацией боевых разведывательно-диверсионных групп и партизанских отрядов в тылу врага. Начались дни упорной, напряженной работы, требовавшей отдачи всех сил, опыта, знаний.
В «холостяцкой» квартире Вилли (семья эвакуировалась в Куйбышев) нашел временный приют его близкий друг, товарищ по работе Рудольф Иванович Абель, которому впоследствии суждено было стать двойником Фишера, когда тот попал в американскую тюрьму.
Вскоре после окончания войны Вильям Генрихович вновь становится сотрудником внешней разведки органов государственной безопасности СССР.
Не успели смолкнуть орудийные залпы на полях сражений с фашистской Германией, как вчерашние союзники, в первую очередь США и Англия, взяли курс на конфронтацию, на развязывание «холодной войны», чреватой опасностью возникновения нового мирового кошмара. Уже в 1945 году Пентагон разрабатывал конкретные планы атомного нападения на СССР. Документ «Основа для формулирования военной политики США», одобренный комитетом начальников штабов 19 сентября 1945 г. и представленный на рассмотрение президенту Г. Трумэну, рекомендовал проводить все приготовления, чтобы в случае необходимости нанести первый удар с применением атомного оружия. Позднее, в 1949 году, был разработан план «Дропшот», намечавший сбросить на Советский Союз 300 атомных и 250 тыс. тонн обычных бомб.
Резкое обострение международной обстановки и усилившаяся активность разведывательных органов противника потребовали от всех подразделений органов государственной безопасности, в том числе и внешней разведки, принятия мер противодействия, с тем чтобы своевременно выявлять замыслы противника, парализовать его действия и обеспечить безопасность нашей страны.
В этот сложный период ряд работников внешней разведки подали рапорт руководству о зачислении их в штат разведчиков-нелегалов для работы за кордоном. Среди них был и Вилли. В своем рапорте он писал: «Я, Фишер Вильям Генрихович, вполне осознавая важность для моей Родины — Союза ССР нелегальной разведывательной работы и отчетливо представляя все трудности и опасность этой работы, добровольно соглашаюсь стать в ряды нелегальных работников МГБ СССР.
Я обязуюсь, став нелегальным разведчиком, подчинить всю свою жизнь, все свои стремления и поведение интересам моей Родины.
Я обязуюсь строго соблюдать конспирацию, ни при каких обстоятельствах не раскрою врагам доверенную мне тайну и лучше приму смерть, чем предам интересы моей Родины».
Рапорт был принят, и сразу же началась интенсивная работа по программе подготовки разведчика-нелегала. Через 2 года он был готов к выполнению заданий с нелегальных позиций. Учитывая его личные и деловые качества, оперативный опыт и степень подготовки, руководство внешней разведки приняло решение направить Марка (новый псевдоним Фишера) на ответственный участок работы — в США, тогда страну главного противника. Еще четыре месяца напряженной подготовки, и в ноябре 1948 года Марк выехал в командировку, которой суждено было продлиться 14 лет.
Через некоторое время в Нью-Йорке появился свободный художник Голдфус Эмиль Роберт, гражданин США, родившийся в Нью-Йорке 2 августа 1902 г. в семье немца-маляра, прибывший с Запада Америки в поисках лучших условий жизни.
Первые дни пребывания в чужой стране, период так называемой легализации, всегда трудны для нелегала. Помимо чисто психологических наслоений, связанных с волнением и естественной настороженностью, огромные усилия тратятся на быстрое вживание в среду, чтобы не выделяться, не обращать на себя внимания людей из своего окружения, что требует большого напряжения, внутренней мобилизованности, постоянного самоконтроля. В этот период решаются организационные вопросы, связанные с устройством на постоянное жительство, созданием прикрытия и отработкой каналов связи.