К началу 1921 года в стране сложилась напряженная политическая и экономическая обстановка. Необходимо было на смену политике военного коммунизма выработать и реализовать новый курс, отвечавший условиям мирного времени.
На фабриках и заводах Петрограда возникали волнения, вызванные разрухой, голодом, закрытием предприятий и угрозой безработицы. В этой связи Петросовет объявил в городе военное положение, создал Совет обороны и районные тройки. Бюро губкома РКП(б) предложило Петрогубчека арестовывать активистов из числа эсеров и меньшевиков.
Информация о волнениях среди питерских рабочих просочилась в Кронштадт, где на митинге 1 марта 1921 года была принята резолюция, ставшая политической платформой выступления.
Выдвинутые лозунги на Якорной площади в Кронштадте — переизбрать Советы, дать свободу действий «левым социалистическим партиям», упразднить институт комиссаров и политотделы, ввести свободу торговли и пр., вовсе не были направлены против системы Советов. Они выражали массовое недовольство системой управления хозяйством внеэкономическими методами и диктатом одной партии, ее стремлением обеспечить себе беспрекословное повиновение.
Это выступление в Кронштадте руководящие круги однозначно расценили как контрреволюционное и приняли энергичные меры к ликвидации волнений на главной базе Балтийского флота. На основе указаний партийных и советских органов чекисты установили охрану побережья. Делегаты, посылавшиеся кронштадтцами в Петроград, арестовывались как «контрреволюционные агитаторы».
К Кронштадту были подтянуты части Красной Армии. К полудню 18 марта восстание было подавлено и военное положение отменено. Чекисты освободили задержанных, не причастных к кронштадским событиям. В течение продолжительного времени шла чистка личного состава Кронштадтской крепости и Балтийского флота специальной комиссией Петроградского губкома РКП(б), в которую входили и сотрудники Чрезвычайной комиссии.
Подавление внутренних угроз не отвлекло чекистов Петрограда от работы по пресечению враждебных происков иностранных разведок.
Так, в январе 1921 года чекисты арестовали румынского шпиона Рейнбергера (по кличке «Мелентович»), прибывшего с группой венгерских военнопленных в нашу страну. Ему было дано задание — выяснить политическое и военное положение Республики, состояние Красной Армии и т. д. В процессе следствия он сообщил о деятельности румынской разведки при Генеральном штабе, подробно рассказал о том, что вслед за ним прибудет шпионская группа для создания в Советской России своей резидентуры. Однако этому не довелось случиться благодаря бдительности сотрудников ЧК.
В мае 1921 года чекисты Петергофа арестовали шпиона Черникова, выполнявшего задание военно-политического характера франко-польской разведки. Ее филиал находился в Ревеле. По данному делу было выявлено 10 лиц, враждебная деятельность которых была своевременно пресечена.
В начале февраля 1922 года чекисты задержали нелегально прибывшего в Петроград из Польши Ф. Я. Иванова. В процессе следствия было установлено, что он состоит в контрреволюционной организации Савинкова, именуемой «Всероссийским народным союзом защиты родины и свободы» и одновременно является сотрудником французской разведки. Во время его нахождения в лагерях для интернированных белогвардейцев, расположенных в Польше, Иванов выявил и ликвидировал по своей инициативе подпольную революционную ячейку. Будучи видным агентом указанной Савинковской организации, он занимался вербовкой новых членов в эту организацию и участвовал в формировании бандитских отрядов, засылаемых в Советскую республику. В одном из таких отрядов под командованием царского полковника Васильева он находился с июня по август 1921 года. Этот отряд в количестве 35 человек занимался диверсионно-бандитской деятельностью на территории РСФСР в Витебской и Псковской губерниях. Бандиты расстреливали семьи, выражавшие симпатии к коммунистам. Они грабили личное имущество граждан, громили советские учреждения и кооперативы; убили сотрудника Себежского политбюро. Совершив ряд злодеяний, в которых принимал активное участие Иванов, бандиты в конце лета 1921 года вернулись в Польшу. В ноябре 1921 года Иванов, выполняя шпионское задание французской миссии, нелегально прибыл в Петроград. Согласно заданию, он должен был явиться на конспиративную квартиру французской разведки, и там встретиться с военнослужащим, работавшим в штабе Петроградского Военного Округа. От него он должен был получить секретные документы о расположении воинских частей, распоряжения Советского правительства о Красной Армии и другие. При этом Иванов знал, что указанный выше советский военнослужащий ранее передавал подобные сведения помощникам Савинкова — капитану Латутину и полковнику Павловскому. В свою очередь, эти шпионские материалы в Варшаве организация Савинкова передавала французской разведке, в частности, ее представителю капитану Деражу.