В ноябре 1920 года заместитель председателя ВСНХ В. П. Милютин сообщил Дзержинскому о том, что на Свирьстрое якобы существует контрреволюционная организация. Проверить данный сигнал Дзержинский поручил начальнику секретно-оперативного отдела ВЧК Т. П. Самсонову совместно с Петроградской ЧК.
Проведенной проверкой административного и технического персонала строительства Свирьской ГЭС было установлено наличие в его составе большого количества бывших буржуазных специалистов, царских чиновников и офицеров, получены сведения о связи некоторых руководящих работников строительства с лицами, проживавшими за границей. В частности, о связях главного инженера В. П. Шаверновского с враждебно настроенными лицами, находившимися на территории буржуазных Латвии, Эстонии и Польши. Материалов о существовании контрреволюционной подпольной организации на строительстве получено не было. Однако чекисты вскрыли там многочисленные факты служебных злоупотреблений и бесхозяйственности.
Деятельность Свирьстроя протекала вне надлежащего руководства со стороны вышестоящих хозяйственных органов, организационные формы строительства не соответствовали элементарным требованиям рациональной постановки дела и экономного расходования финансовых и материальных ресурсов, штаты были непомерно раздуты. При этом администрация сплошь и рядом принимала на строительство лиц по протекции (приятелей, родственников). Ответственные работники создавали для себя наиболее благоприятные бытовые и иные условия, в то время как рабочие порой не имели нормального жилья, плохо снабжались продовольствием. Администрация шла на явные нарушения, приписки и незаконные действия. Сотрудники умышленно направлялись в командировки в Ташкент, где они выменивали спецодежду и соль на рис и другие продукты, которые затем высылались в адрес руководителей стройки.
В марте 1921 года чекисты арестовали некоторых ответственных работников управления Свирьстроя.
6 мая 1921 года Ленин писал своему секретарю следующее:
По делу арестованных строителей гидростанций на Свири надо узнать:
1) в чьих руках и в какой стадии; 2) освобождены ли те, к которым не предъявлено до сих пор конкретного обвинения; 3) тоже: те, кого можно освободить условно; 4) солидно ли поставлена техническая экспертиза обвинения?
В тот же день заместитель председателя ВЧК И. С. Уншлихт направил Ленину копию заключения особоуполномоченного Экономического отдела ВЧК от 8 апреля с обвинением руководящих работников Свирьстроя в должностных преступлениях и свой доклад с выводом о необходимости доследования дела на месте специальной комиссией.
Указанная комиссия была создана. Она вынесла заключение о необходимости временно приостановить строительство на Свирьстрое.
В конце мая 1921 года Л. Б. Красин в письме к Ленину сообщал, что, будучи проездом через Петроград, ему пришлось познакомиться с делом Свирского строительства, по которому арестовали несколько десятков лиц инженерно-технического персонала. Несмотря на то, что большая часть арестованных была освобождена, он просил отпустить на поруки инженеров В. А. Погоржельского и А. И. Грабовского, которых хорошо знал. В заключение письма Красин высказал мнение, что это дело не представляет контрреволюционного характера, и что большую часть задержанных придется вернуть на свою работу.
В связи с данным обращением Ленин направил запрос Уншлихту, в котором просил срочно сообщить ему отзыв на письмо Красина.
Запрошенные Лениным сведения ВЧК выслала 23 августа 1921 года: главный инженер строительства В. П. Шаверновский, его помощник В. Ф. Погоржельский и ряд других лиц были осуждены к различным срокам лишения свободы. Большинство арестованных освободили за недоказанностью обвинения.
Выявленные в ходе следствия по делу Свирьстроя организационно-производственные и иные нарушения и недостатки были учтены на других строительных объектах, в том числе на строительстве Волховстроя.
Лица, совершавшие должностные преступления, нередко состояли в антисоветских организациях или были с ними связаны. В августе 1921 года сотрудники Петрогубчека закончили следствие по делу, возбужденному на группу лиц, работавших в Петротопе, которые обвинялись в дезорганизации работы Уральской и Сибирской экспедиций, занимавшихся заготовкой топлива, и в распространении анархистских листовок и документов. На их след вышли сотрудники отделения дорожно-транспортной ЧК станции Егоршино Пермской железной дороги.
Так, во время проведения обыска в поезде, в котором ехали Э. К. Айе, уполномоченный по погрузке и отправке угля для Петрограда, Н. П. Егоров, комендант маршрутных поездов, слесарь В. И. Иванов и канцелярский работник И. П. Степанов, за обшивкой вагона чекисты обнаружили листовки антисоветского содержания, чистые бланки документов с печатями, поддельные паспорта и удостоверения. Указанные лица были задержаны и препровождены в Петроградскую губчека, поскольку они являлись работниками заготовительной организации Петрограда. В процессе следствия выяснилось, что указанные граждане, используя свое служебное положение и фиктивные документы на чужие фамилии, занимались хищением и спекуляцией солью, являвшейся тогда дефицитным продуктом, а также провозили с собой прокламации «Позор» и «Предательская провокация», принадлежавшие группе «Непримиримых анархистов», с которыми они поддерживали контакты. Сведения, полученные в ходе следствия по данному делу, позволили пермским чекистам в августе 1921 года прямо на собрании арестовать группу анархистов. В числе задержанных оказался ряд лиц, работавших в Петротопе. С их помощью были установлены и другие работники Петротопа, связанные с деятелями этой антисоветской организации. Все арестованные, вина которых была доказана, понесли заслуженное наказание.