Под руководством Ф. Э. Дзержинского были определены правовое положение, место и роль ВЧК, ГПУ и ОГПУ в советской политической системе, основные направления их деятельности, порядок комплектования кадров, сложилась единая система обучения и воспитания сотрудников. Несмотря на то что комиссия была названа чрезвычайной, никакими чрезвычайными полномочиями в начальный период своей деятельности она не наделялась. Естественно, власть, имеющая подавляющее превосходство над контрреволюционными силами, могла позволить себе проявление определенного великодушия и гуманизма по отношению к побежденным. В частности, это выражалось в применении арестов к контрреволюционерам в целях пресечения опасной для государства деятельности и изоляции их от общества на время локализации конкретной социально-политической ситуации. В случае если арестованные заявляли об отказе от дальнейшей борьбы с Советской властью — они освобождались. Элементы гуманного отношения к противникам проникли даже в инструкции ВЧК. Так, в одной из них, разработанной при участии Ф. Э. Дзержинского указывалось:
Вторжение вооруженных людей на частную квартиру и лишение свободы повинных людей есть зло, к которому и в настоящее время необходимо еще прибегать, чтобы восторжествовали добро и правда. Но всегда нужно помнить — это зло, что наша задача — пользуясь злом, избегать необходимость прибегать к этому средству в будущем. А поэтому пусть все те, кому поручено производить обыск, лишить человека свободы и держать в тюрьме, относятся бережно к людям, арестуемым и обыскиваемым, пусть будут с ними гораздо вежливее, чем с даже с близким человеком, помня, что лишенный свободы не может защищаться и что он в нашей власти. Каждый должен помнить, что он представитель Советской власти — рабочих и крестьян и что всякий окрик, грубость, нескромность, невежливость — пятно, которое ложится на эту власть…
…Виновные в нарушении данной инструкции подвергаются аресту до трех месяцев, удалению из Комиссии и высылки из Москвы.
Однако подобная гуманность продолжалась недолго. Новой государственной власти не удалось в силу собственной некомпетентности и отчасти в силу противодействия сотрудников прежнего государственного аппарата наладить эффективную работу предприятий, учреждений и организаций. Стране и армии угрожал голод. В обиход ВЧК вошло слово «саботаж».
В ноябре 1917 года в обращении Военно-революционного комитета «Ко всем гражданам России» говорилось:
Богатые классы оказывают сопротивление новому Советскому правительству — правительству рабочих, солдат и крестьян. Их сторонники останавливают работу государственных и городских служащих, призывают прекращать службу в банках, пытаются прервать железнодорожное и почтово-телеграфные сообщения. Мы предупреждаем богатые классы и их сторонников: если они не прекратят свой саботаж и доведут до приостановки подвоза продовольствия, первыми тяготу созданного ими положения почувствуют они сами — богатые классы и их прислужники. Они будут лишены права получать продукты. Все запасы, имеющиеся у них, будут реквизированы.
По данным ВЧК, в 1918 году в России вспыхнуло 245 восстаний, мятежей и других боестолкновений. Осложнение обстановки в стране привело к дальнейшему повышению активности контрреволюционных сил и возникновению политических объединений, преследовавших цели захвата государственной власти. 21 февраля 1918 года Совнарком принимает декрет «Социалистическое Отечество в опасности» — органам ВЧК было предоставлено право внесудебной расправы. Это право предоставлялось лишь в местностях, объявленных на военном положении. Оперативные меры, предпринятые ВЧК, в сочетании с административным воздействием и судебными процессами дали основание лидеру большевиков В. И. Ленину в апреле 1918 года заявить: «теперь мы саботаж сломили…». Осложнение обстановки в стране привело к повышению активности сил контрреволюции, а исполнение функций защиты пролетарской революции было поручено ВЧК. По постановлению коллегии ВЧК 26 февраля были расстреляны известный бандит, самозванец князь Эболи и его сообщница Бритт, а 28 февраля — В. Смирнов и И. Заноза, под видом чекистов занимавшиеся грабежами в гостинице «Метрополь». С мая 1918 года расстрел стал распространяться на лиц, совершающих контрреволюционные преступления. Первым в этом ряду было дело бывших офицеров лейб-гвардии Семеновского полка братьев Череп-Спиридовичей. Они были акционерами и членами правления Веселянских рудников, национализированных новой властью. Братья были задержаны при попытке продать акции предприятия на сумму 5 млн. рублей. Их действия были квалифицированы как государственная измена и 31 мая 1918 года Череп-Спиридовичей расстреляли. Так, с момента применения внесудебной расправы — расстрела, ВЧК превратилась из органа розыска и дознания в орган непосредственной расправы с наиболее опасными государственными преступниками. За первую половину 1918 года чекистами было расстреляно 22 человека, однако в дальнейшем рост заговоров и мятежей привел к усилению карательных мер. С течением времени сопротивление советскому государственному и общественному строю стало приобретать все более ожесточенный характер. Не сумев достигнуть превосходства в открытых боестолкновениях, контрреволюционеры взяли на вооружение террористические методы, направив их против государственных и партийных деятелей нового режима.