1 января 1918 года был обстрелян автомобиль В. И. Ленина. В январе этого же года ВЧК была проведена операция по обезвреживанию подпольно действующей «Организации борьбы с большевиками и отправки войск на Дон генералу Каледину», действовавшей под прикрытием благотворительной организации, по оказанию помощи раненным офицерам и их семьям. Ее возглавляли бывшие офицеры царской армии Мешков, Ланской и Орел.
За период с начала июля до начала сентября 1918 года контрреволюционерами было убито свыше пяти тысяч сторонников Советской власти. Так, 20 июня 1918 года был убит член президиума Петроградского Совета, комиссар по делам печати пропаганды и агитации В. Володарский. Это побудило лидеров большевизма вновь заговорить о необходимости красного террора. В эти дни Ленин писал председателю Петросовета Г. Е. Зиновьеву и другим членам ЦК:
Только сегодня мы услыхали в ЦК, что в Питере рабочие хотели ответить на убийство Володарского массовым террором и что Вы (не лично, а питерские цекисты и чекисты) удержали. Протестую решительно. Мы компрометируем себя, грозим даже в резолюциях Совдепа массовым террором, а когда до дела, тормозим революционную инициативу масс, вполне правильную. Это невозможно — террористы будут считать нас тряпками. Время архиважное. Надо поощрять энергию и массовидность террора против контрреволюционеров, и особенно в Питере, пример коего решает.
Чекисты не успели найти убийц Володарского, как 30 августа 1818 года был убит М. С. Урицкий, возглавлявший Петроградский комиссариат внутренних дел и ЧК. Почти одновременно в Москве было совершено покушение на жизнь В. И. Ленина. 31 августа в средствах массовой информации было распространено сообщение ВЦИК, в котором прозвучал призыв к беспощадному массовому террору против врагов Революции. 1 сентября ВЧК выступила с заявлением:
Преступная авантюра с-р, белогвардейцев и всех других лжесоциалистов заставляет нас на преступные замыслы врагов рабочего класса отвечать массовым террором.
Народный комиссар внутренних дел Г. Петровский потребовал от местных властей взять заложников из буржуазии и офицерства и принимать в отношении заложников репрессии. Законность красного террора подтвердил Совнарком, принявший декрет, в котором указывалось, что обеспечение тыла путем террора является прямой необходимостью. Органам ВЧК предоставлялись чрезвычайные права:
право изолировать классовых врагов в концлагерях и расстреливать лиц, причастных к белогвардейским организациям, заговорам и мятежам, с опубликованием имен всех расстрелянных и оснований применения к ним данной меры.
Согласно официальным данным, в Москве и Петрограде было расстреляно около 600 человек, в основном это были дворяне (в том числе бывшие царские министры внутренних дел А. Н. Хвостов, А. Д, Протопопов, министр юстиции и председатель Государственного совета И. Г. Щегловитов, директор Департамента полиции С. П. Белецкий, протоиерей И. Восторгов и другие. Красный террор достиг пика в сентябре 1918 года, а потом пошел на спад. В дальнейшем в истории российского государства он не применялся. Кроме ВЧК, красный террор осуществляли Советы, революционные трибуналы, находившиеся в подчинении Льва Троцкого и Реввоенсовета Республики. Нередко такие меры применялись к арестованным военнослужащим Красной Армии и военнопленным, зачастую без достаточных на то оснований. Так, например, было с командармом Б. М. Думенко, расстрелянным в Бутырской тюрьме.