Для ВЧК этот период стал кровавым. Любой террор по отношению к человеку является антигуманным актом. Это в равной мере относится к белому и к красному террору. Ибо ненависть всегда порождала ненависть. Поэтому в сферу террора нередко попадали не только прямые участники военного и политического противостояния, но и совершенно посторонние люди, далекие от идеалов противоборствующих сторон.
Особо следует отметить, что преданность власти и жестокость в проведении репрессивной политики привели не к укреплению авторитета лидеров ВЧК в глазах власти, а к стремлению руководства государства при первых признаках стабилизации избавиться от лиц и органов, скомпрометировавших себя излишней жестокостью, пусть даже во имя государственных интересов, как они понимались в тот исторический период. Эта особенность взаимоотношений власти и спецслужб, ведущая к регулярному реформированию последних, с устранением зачастую, в основном физическим, их руководящего звена, неоднократно повторялась в отечественной истории. В то же время руководители секретного ведомства не замечали или не хотели замечать эту особенность, по-видимому, они наивно надеялись, что им в силу каких- либо причин удастся избежать трагической судьбы своих предшественников, и платили за свои заблуждения — кто карьерой, кто здоровьем, кто свободой, а кто и жизнью.
В состав ВЦИК и других советских учреждений, кроме большевиков, входили левые эсеры, порвавшие с правым большинством своей партии после Октябрьского переворота. После конфликта с большевиками по поводу методов деятельности ВЧК, левые эсеры провели в ВЧК в январе 1918 года постановлением Совнаркома от своей партии М. Ф. Емельянова, В. Д. Волкова, В. А. Александровича и П. Ф. Сидорова. Из 20 членов ВЧК левые эсеры составляли половину. Боевой отряд ВЧК насчитывал до 600 человек, его возглавлял член партии левых эсеров Д. И. Попов. После IV съезда Советов левые эсеры в знак протеста демонстративно вышли из состава советского правительства и призвали к разрыву мирного договора с Германией. Левые эсеры подняли мятеж, одним из руководителей которого был заместитель Ф. Э. Дзержинского, начальник Отдела борьбы с преступлениями по должности В. А. Александрович. После убийства германского посла графа Вильгельма Мирбаха расследование взял на себя Ф. Э. Дзержинский. Чекисты быстро установили, что наряду с подлинными документами некоторые оказалась поддельными. Отряд вышел из повиновения главе спецслужбы. Сам Дзержинский был арестован вместе с чекистами А. Я. Беленьким, А. М. Трепаловым и Г. В. Хрусталевым. Вооруженные отряды эсеров захватили здание ВЧК и Центральный телеграф.
Утром 7 июля власть применила силу. После короткого обстрела мятежники сдались. Александрович и 12 участников восстания, захваченные с оружием в руках, были расстреляны по приговору ВЧК, утвержденному ВЦИК. Впоследствии 28 ноября 1918 года участники мятежа были амнистированы. Существенную роль в дестабилизации обстановки в стране вносили анархисты. При помощи красноармейских отрядов 12 апреля 1918 года ВЧК разоружила анархистские вооруженные группы и арестовала около 400 человек.
В мае 1819 года ВЧК раскрыла ряд явочных квартир и арестовала 15 заговорщиков. Инициатива заговора принадлежала «Союзу защиты родины и свободы». Фактическая подготовка заговора осуществлялась иностранными дипломатами, в ней участвовали посол США Френсис, руководитель миссии Красного Креста Вордвел, Генеральный консул США Пул, глава миссии Великобритании Локкарт, военный атташе Хилл, разведчик Сидней Рейли и военно-морской атташе Кроми, а также французские дипломаты — посол Нуланс, генерал Лавернь, генеральный консул Гренар.
Дальнейшее расследование позволило установить, что организация заговора, помимо Москвы, имела отделения в Казани, Ярославле, Рыбинске, Рязани, Челябинске, Муроме и других городах Руководителем заговора оказался Борис Савинков. Он был хорошо известен в России и за рубежом как один из руководителей Боевой организации эсеров. Рыбинская ЧК, имевшая своих агентов, была своевременно предупреждена и смогла самостоятельно под руководством начальника ЧК Н. П. Кустова ликвидировать начавшийся в ночь на 8 июля мятеж. Потерпели поражения восстания в Муроме и Ярославле. Жесткие меры подавления мятежа позволили органам государственной безопасности прекратить существование «Союза защиты родины и свободы».