Само собой разумеется, что высшие учебные заведения, в которых готовились церковные сановники, не могли остаться в стороне от большого дела защиты католицизма, предпринятого королем. После отъезда Эразма в Базель в 1521 г. имевшаяся в Лувене небольшая группа новаторов, питавшая еще некоторые симпатии к протестантизму, вскоре распалась. Уже в 1545 г. университет дал совершенно недвусмысленные доказательства своей верности католической церкви, потребовав от каждого студента присяги в ненависти к ереси. В результате этого он вскоре ощутил на себе признаки королевской заботливости. Число его профессоров было увеличено, и их материальное положение улучшено[853]. Но уже давно пришли к убеждению, что одного университета недостаточно было для такой большой и населенной страны, как Нидерланды. Уже в царствование Карла V поднимался вопрос о создании факультетов в Турнэ, а затем в Дуэ[854]; в 1561 г. вопрос был опять поднят в пользу города Девентера[855]. Проект создания новых факультетов диктовался в частности королю теми соображениями, что это был способ отвлечь множество молодых людей от поездок за границу, откуда многие из них возвращались страстными приверженцами подозрительных учений. Стремление изучить французский язык побуждало многих фламандских студентов направляться в Париж и другие французские университеты. Вероятно по этой причине Филипп решил учредить именно в валлонской части, в Дуэ, новое высшее учебное заведение. Согласие папы было обеспечено. 31 июля 1559 г. Павел IV одобрил этот проект, и его преемник Пий IV буллой от 6 января 1560 г. признал существование нового университета[856]. Король дал ему 19 января 1562 г. устав, отвел ему место и наметил ему определенные доходы[857]. Уже в августе 1563 г. Маргарита Пармская могла сообщить в Мадрид, что этому делу положено «очень хорошее начало»[858].
Церковные реформы Филиппа предшествовали закрытию Тридентского собора (декабрь 1563 г.). Они были его личным делом, и есть основания думать, что он очень заинтересован был в том, чтобы довести их до конца, прежде чем закончит свои работы собор, созванный для точного определения догм и улучшения церковной дисциплины. Каким бы ревностным католиком он ни был, но он совершенно не намерен был подчинять свои верховные права духовной власти и признать в том виде, как они были приняты, все решения собора, касавшиеся взаимоотношений государства и духовных властей. Но «чтобы подать хороший пример», он тотчас же и без всяких оговорок приказал опубликовать их в Испании, отложив на некоторое время решение вопроса, как они будут применяться[859]. Он хотел, чтобы точно так же было поступлено и в Нидерландах. Но здесь невозможно было опубликовать решения собора, не установив предварительно, каковы будут их последствия для публичного права различных провинций. 23 апреля 1564 г. Маргарита получила приказ поручить произвести соответствующее расследование, и 9 июня следующего года она передала этот вопрос на усмотрение судебных советов[860].