Конечно, и Мартин Лютер имел последователей в Низинных Землях, но первых протестантов здесь вдохновлял женевский реформатор Жан Кальвин. Его учение замечательно гармонировало с независимым гражданским образом мысли, который формировался здесь на протяжении веков, особенно в голландских торговых городах. Самым главным для кальвинистов была прямая связь между человеком и Богом, без посредничества папы или короля. Большое значение придавалось также греху и милости Божией, отрицанию роскоши, тщеславия и суетных восторгов, а также стремления к наживе за счет Богом данных талантов. Выражение этих и им подобных идей немедленно грозило самым строгим наказанием, хотя мера жестокости, с которой преследовали еретиков, в разных городах была различной. В Амстердаме, например, с первыми лютеранами обошлись относительно мягко; методы ужесточились только тогда, когда так называемые «перекрещенцы» (анабаптисты) попытались с применением насилия взять в свои руки управление городом.
Сквозь шум этих конфликтов между религиозными течениями были слышны также слегка ироничные голоса роттердамского ученого Дезидерия Эразма и амстердамского мыслителя и поэта Дирка Фолкертсзоона Коорнхерта, которые призывали прежде всего к взаимному уважению и проповедовали примирение на основе умеренности и толерантности. Их направление мысли, гуманизм, имело целью более чистое, человечное христианство, но одновременно оно в значительной мере вдохновлялось заново открытыми шедеврами античной классики. Эразм пользовался славой по всей Европе благодаря его новому изданию оригинального греческого текста Нового Завета. Его «Похвала Глупости» (1511), сатира на всевозможные проявления тупоумия и в церкви, и в миру, посвященная его английскому другу Томасу Мору, может рассматриваться как один из первых мировых бестселлеров после изобретения книгопечатания.
Все эти движения, какими бы многообразными они ни были, являлись отражением набиравшей обороты эмансипации элиты в тех краях. Речь идет о власть имущих — центры власти находились в Дижоне, Мадриде и Брюсселе, — но также и о музыкантах и художниках (которые часто работали за пределами Нидерландов и там, как композитор Ян ван Окегем, иногда пользовались большой известностью), об интеллектуалах (Эразм, Коорнхерт и другие) и не в последнюю очередь о купцах, которые постоянно расширяли и укрепляли свои международные связи. Амстердамская торговля с Балтийским регионом, как говорилось выше, в начале XVI века уже являлась оживленной и интенсивной, и именно тогда была заложена основа экономического и культурного взрыва, который позже стали именовать «нидерландским золотым веком».
Принципы терпимости и толерантности, которые проповедовали Эразм и Коорнхерт, были валены для всей Европы. Их гуманистические идеи предлагали выход из ситуации, когда большинство верующих, говоря нашим языком, имели явно фундаменталистский взгляд на другие религии. Ни протестанты, ни католики не были в состоянии в этот ранний период Новой истории и это касалось всей Европы — толком представить себе, как в одном городе или княжестве могут сосуществовать разные религии, не вызывая на себя гнева Всевышнего безбожными ритуалами, которые исполняют другие. Однако в то же время конфессиональное многообразие встречалось уже практически повсюду: в Великобритании, Швейцарии, во Франции и в Германской империи существовали города и регионы, где мирно проживали католики, протестанты и иудеи. В Нидерландах, и особенно в купеческих городах, смешение было еще большим.
Иногда проблема многообразия веры разрешалась таким образом, что группы разделялись, для каждой конфессии отводилась отдельная территория и создавалось свое правовое уложение. Аугсбургский мир, например, исходил из принципа — cuius regio, eius religio: чья земля, того и вера. Но чаще пытались все же — и это, конечно, относится к Нидерландам — отрицать религиозные различия и делать их незаметными. Тем самым сохранялась иллюзия некоего религиозного единства, избегались слишком вызывающие проявления непохожести, и в то же время инакомыслящие граждане благодаря некоторым ухищрениям могли спокойно жить в обществе, в котором доминировали католики или протестанты.
Например, в Амстердаме, после того как католическое испанское господство закончилось, кальвинизм стал официальной религией, но менталитет торгового города не терпел какого бы то ни было религиозного подавления. «Свобода совести» была не только правилом, но также частью гражданской культуры. Официально «папистская месса» считалась проклятым идолопоклонством, но, пока католики ежегодно платили отступное городским властям, никто не чинил им препятствий. Свои службы они проводили в так называемых потайных церквах, которые были спрятаны за фасадами обычных домов, но пение во время обедни и вечерней службы было слышно издалека. О таких известных амстердамцах, как Йоост ван ден Вондел и городской архитектор Хендрик де Кейзер, всем было известно, что они католики. И тем не менее не возникло никаких проблем с предоставлением де Кейзеру заказа на постройку трех важнейших протестантских церквей.